Team:Judd UK/Pages/InterLab

InterLab

Introduction

As a bronze medal requirement, iGEM teams have to partake in the InterLab study. These experiments carried out by laboratories across the world ensure that their studies are reliable and repeatable, a key component of scientific disciplines.

Fluorescence is a property commonly measured in synthetic biology however data from different studies often cannot be compared because different units have been used, the data has been processed differently and results are given in ‘relative expression’. The InterLab study aims to address this by using a detailed protocol and data analysis to yield absolute units for measuring GFP, this year focussing on how close the numbers can be when fluorescence is measured all around the world.

Experiments

Note: Due to being a high school team we did not own a plate reader so our InterLab study was carried out at the University of Kent in conjunction with their iGEM team’s InterLab study.

Firstly we had to transform the 8 plasmids (positive control, negative control, 6 test devices) into E. coli DH5-alpha cells. This took several attempts using the parts on both Kit Plate 6 and 7.

OD600 Reference Point: This was carried out in order calculate a conversion ratio from our absorbance data (measured by LUDOX-S40) to a standard OD600 (optical density) measurement.

Plate reader Settings:

 - Wavelength: 600nm

 - Path Length Correction: Off

Fluorescein Fluorescence Standard Curve: This was done to measure the fluorescence of varying fluorescein concentrations produced from a serial dilution. A standard curve was then produced so that cell based fluorescence readings could be converted to a fluorescein concentration and therefore a GFP concentration.

Plate reader Settings:

 - Path Length Correction: Off

 - Number of Flashes per Well: 22

 - Orbital Averaging: 600nm

 - Emission Wavelength: 520nm

 - Excitation Wavelength: 485nm

Cell Measurement: This was done to look at the fluorescence of the different test devices over time. It involved taking regular readings of the Abs600 and the fluorescence.

Plate Reader Settings:

 - Path Length Correction: Off

 - Number of Flashes per Well: 22

 - Orbital Averaging: 600nm

 - Emission Wavelength: 520nm

 - Excitation Wavelength: 485nm

Results

OD600 Reference Point:

<tbody></tbody>

LUDOX-S40H2O
Replicate 10.0920.083
Replicate 20.0930.082
Replicate 30.0930.08
Replicate 40.0920.078
Arith. mean0.09250.08075
Corrected Abs6000.01175
Reference OD6000.0425
OD600/Abs600 3.617021277

Fluorescein Fluorescence Standard Curve:

<tbody> </tbody>

uM Fluorescein

50.0000

25.0000

12.5000

6.2500

3.1250

1.5625

0.7813

0.3906

0.1953

0.0977

0.0488

0.0000

Replicate 1

0.753

0.396

0.285

0.195

0.144

0.119

0.091

0.088

0.087

0.087

0.098

0.089

Replicate 2

0.733

0.376

0.231

0.155

0.126

0.105

0.091

0.101

0.394

0.098

0.091

0.109

Replicate 3

0.719

0.375

0.260

0.157

0.120

0.136

0.100

0.096

0.088

0.088

0.152

0.112

Replicate 4

0.721

0.376

0.255

0.170

0.128

0.107

0.098

0.093

0.094

0.088

0.087

0.098

Mean

0.732

0.381

0.258

0.169

0.130

0.117

0.095

0.095

0.166

0.090

0.107

0.102


<img src="Judd_UK_Interlab_graphs.jpeg" width="100%">

Cell Measurement:

C1, R1 = Colony 1, Replicate 1          -ve = Negative Control          +ve = Positive Control          D1 = Device 1          LB+Cm. = LB and Chloramphenicol


Fluorescence Raw Readings


<tbody> </tbody>

Hour 0:

-ve

+ve

D1

D2

D3

D4

D5

D6

LB + Cm.

C1, R1

0.101

0.112

0.118

0.107

0.105

0.101

0.113

0.101

0.103

C1, R2

0.138

0.101

0.098

0.106

0.103

0.138

0.108

0.103

0.100

C1, R3

0.102

0.096

0.095

0.114

0.100

0.102

0.115

0.101

0.101

C1, R4

0.101

0.103

0.097

0.104

0.097

0.101

0.101

0.097

0.100

C2, R1

0.119

0.103

0.097

0.103

0.107

0.119

0.106

0.099

0.096

C2, R2

0.099

0.100

0.108

0.103

0.100

0.099

0.102

0.105

0.104

C2, R3

0.105

0.100

0.098

0.105

0.099

0.105

0.101

0.097

0.103

C2, R4

0.107

0.102

0.109

0.100

0.099

0.107

0.103

0.109

0.095
















<tbody> </tbody>

Hour 2:

-ve

+ve

D1

D2

D3

D4

D5

D6

LB + Cm.

C1, R1

0.115

0.117

0.134

0.111

0.115

0.115

0.103

0.106

0.096

C1, R2

0.096

0.119

0.123

0.107

0.111

0.096

0.129

0.109

0.093

C1, R3

0.112

0.116

0.143

0.110

0.109

0.011

0.107

0.104

0.092

C1, R4

0.128

0.117

0.169

0.116

0.113

0.128

0.107

0.105

0.092

C2, R1

0.102

0.116

0.120

0.106

0.112

0.102

0.119

0.103

0.092

C2, R2

0.102

0.118

0.130

0.132

0.117

0.102

0.108

0.105

0.099

C2, R3

0.103

0.118

0.131

0.117

0.117

0.103

0.010

0.106

0.105

C2, R4

0.109

0.120

0.106

0.113

0.121

0.109

0.103

0.106

0.093
















<tbody> </tbody>

Hour 4:

-ve

+ve

D1

D2

D3

D4

D5

D6

LB + Cm.

C1, R1

0.149

0.253

0.098

0.263

0.288

0.149

0.213

0.319

0.101

C1, R2

0.157

0.253

0.102

0.256

0.375

0.157

0.234

0.369

0.102

C1, R3

0.149

0.241

0.101

0.251

0.298

0.149

0.209

0.285

0.107

C1, R4

0.162

0.228

0.102

0.280

0.301

0.162

0.240

0.293

0.108

C2, R1

0.161

0.248

0.092

0.233

0.296

0.161

0.238

0.265

0.109

C2, R2

0.159

0.257

0.095

0.237

0.292

0.159

0.239

0.278

0.092

C2, R3

0.160

0.253

0.104

0.238

0.294

0.160

0.244

0.290

0.101

C2, R4

0.159

0.269

0.108

0.255

0.313

0.159

0.258

0.271

0.099



























<tbody> </tbody>

Hour 6:

-ve

+ve

D1

D2

D3

D4

D5

D6

LB + Cm.

C1, R1

0.308

0.379

0.100

0.352

0.385

0.183

0.332

0.380

0.104

C1, R2

0.278

0.364

0.096

0.347

0.377

0.221

0.329

0.384

0.103

C1, R3

0.280

0.376

0.104

0.350

0.334

0.252

0.336

0.392

0.104

C1, R4

0.286

0.369

0.105

0.379

0.402

0.241

0.336

0.383

0.103

C2, R1

0.315

0.459

0.097

0.335

0.460

0.250

0.363

0.364

0.109

C2, R2

0.324

0.431

0.124

0.341

0.280

0.238

0.353

0.359

0.106

C2, R3

0.304

0.436

0.097

0.341

0.371

0.249

0.350

0.351

0.103

C2, R4

0.298

0.404

0.097

0.346

0.382

0.281

0.282

0.361

0.103

















Abs600 Raw Readings

<tbody> </tbody>

Hour 0:

-ve

+ve

D1

D2

D3

D4

D5

D6

LB + Cm.

C1, R1

0.087

0.092

0.095

0.089

0.087

0.084

0.090

0.083

0.084

C1, R2

0.107

0.083

0.083

0.088

0.082

0.107

0.110

0.084

0.087

C1, R3

0.084

0.080

0.081

0.104

0.083

0.084

0.082

0.083

0.078

C1, R4

0.080

0.087

0.079

0.087

0.081

0.080

0.082

0.083

0.082

C2, R1

0.092

0.083

0.080

0.087

0.087

0.092

0.086

0.082

0.079

C2, R2

0.084

0.080

0.093

0.086

0.080

0.084

0.086

0.083

0.080

C2, R3

0.082

0.083

0.083

0.085

0.081

0.082

0.083

0.082

0.082

C2, R4

0.088

0.086

0.085

0.085

0.083

0.088

0.083

0.088

0.078
















<tbody> </tbody>

Hour 2:

-ve

+ve

D1

D2

D3

D4

D5

D6

LB + Cm.

C1, R1

0.090

0.094

0.085

0.102

0.094

0.090

0.083

0.086

0.081

C1, R2

0.087

0.098

0.083

0.088

0.091

0.087

0.105

0.091

0.081

C1, R3

0.097

0.094

0.079

0.087

0.089

0.097

0.091

0.087

0.084

C1, R4

0.122

0.095

0.081

0.095

0.093

0.122

0.089

0.091

0.076

C2, R1

0.085

0.095

0.077

0.088

0.089

0.085

0.100

0.086

0.082

C2, R2

0.085

0.096

0.083

0.098

0.094

0.085

0.088

0.093

0.086

C2, R3

0.085

0.096

0.116

0.098

0.097

0.085

0.085

0.086

0.079

C2, R4

0.098

0.097

0.091

0.093

0.100

0.098

0.087

0.087

0.078
















<tbody> </tbody>

Hour 4:

-ve

+ve

D1

D2

D3

D4

D5

D6

LB + Cm.

C1, R1

0.118

0.192

0.081

0.193

0.218

0.118

0.163

0.228

0.085

C1, R2

0.121

0.191

0.090

0.194

0.290

0.121

0.176

0.300

0.091

C1, R3

0.116

0.183

0.086

0.186

0.216

0.116

0.159

0.211

0.091

C1, R4

0.126

0.174

0.086

0.213

0.221

0.126

0.164

0.215

0.084

C2, R1

0.124

0.186

0.080

0.183

0.223

0.124

0.183

0.197

0.092

C2, R2

0.127

0.191

0.085

0.179

0.216

0.127

0.182

0.206

0.077

C2, R3

0.123

0.187

0.088

0.177

0.215

0.123

0.186

0.212

0.077

C2, R4

0.121

0.202

0.087

0.194

0.229

0.121

0.195

0.200

0.084



























<tbody> </tbody>

Hour 6:

-ve

+ve

D1

D2

D3

D4

D5

D6

LB + Cm.

C1, R1

0.379

0.308

0.083

0.270

0.293

0.140

0.249

0.275

0.098

C1, R2

0.364

0.278

0.082

0.276

0.275

0.170

0.253

0.273

0.083

C1, R3

0.376

0.280

0.085

0.268

0.248

0.187

0.255

0.280

0.087

C1, R4

0.369

0.286

0.081

0.290

0.291

0.188

0.254

0.277

0.086

C2, R1

0.459

0.315

0.080

0.258

0.333

0.202

0.279

0.274

0.092

C2, R2

0.431

0.324

0.102

0.257

0.291

0.189

0.262

0.268

0.090

C2, R3

0.436

0.304

0.082

0.260

0.279

0.211

0.272

0.269

0.096

C2, R4

0.404

0.298

0.081

0.263

0.286

0.209

0.210

0.273

0.087


















<script data-run="false">window.location='/Team:Judd_UK/InterLab'</script>
<script data-run="false">window.location='/Team:Judd_UK/InterLab'</script>
<script data-run="false">window.location='/Team:Judd_UK/InterLab'</script>