Difference between revisions of "Team:SZU-China/Parts"

 
(14 intermediate revisions by 3 users not shown)
Line 15: Line 15:
 
         }
 
         }
  
 +
        body {
 +
            background-color: #fff;
 +
        }
 +
 +
        .table a:hover {
 +
            color: rgb(75, 151, 165) !important;
 +
        }
 +
 +
 +
 +
        .table a {
 +
            font-size: 15px !important;
 +
            font-weight: 600 !important;
 +
        }
 +
 +
        .font1 {
 +
            font-size: 17px;
 +
        }
 +
        td{
 +
            font-size:15px
 +
        }
 
     </style>
 
     </style>
  
Line 83: Line 104:
 
                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:SZU-China/Demonstrate">DEMONSTRATE</a></li>
 
                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:SZU-China/Demonstrate">DEMONSTRATE</a></li>
 
                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:SZU-China/Protocol">PROTOCOL</a></li>
 
                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:SZU-China/Protocol">PROTOCOL</a></li>
 +
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:SZU-China/Notebook">NOTEBOOK</a></li>
  
 
                     </ul>
 
                     </ul>
Line 110: Line 132:
 
         </div>
 
         </div>
 
         <div>
 
         <div>
−
             <a href="https://2017.igem.org/Team:SZU-China"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/1/17/T--SZU-China--team-logo.png" style="height: 45px;width: auto;padding-top: 12px;padding-left:10px;"></a>
+
             <a href="https://2017.igem.org/Team:SZU-China"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/1/17/T--SZU-China--team-logo.png" style="height: 36px;width: auto;padding-top: 12px;padding-left:10px;"></a>
 
         </div>
 
         </div>
 
     </div>
 
     </div>
−
 
  
  
 
     <div style="position: relative;top: 40px;">
 
     <div style="position: relative;top: 40px;">
−
       
+
 
−
         <section id="overview" style="padding:96px 0;background-color:white;">
+
         <section id="overview" style="padding:106px 0 80px 0;background-color:white;">
 
             <div class="container">
 
             <div class="container">
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
Line 132: Line 153:
  
 
         <p></p><br /><br />
 
         <p></p><br /><br />
−
         <div style="position: relative;margin: 30px 14%;">
+
         <section id="overview" class="cd-section" style="padding: 66px 0 50px 0; background-color: rgba(245,245,245,0.45);">
−
            <span class="font1">This year, our team creates a mathematical representation of our concrete self-healing system. This representation, or model, constructs a judging scale in which we can utilize to regulate the four main environmental factors affecting our final concrete healing rate (reflected on mineralization activity). </span><br /><br />
+
            <div style="position: relative;margin: 30px 14%;">
  
−
            <p></p>
+
                <p></p>
 +
                <div class="col-sm-12">
 +
                    <h3 class="uppercase color-primary mb40 " style="margin-bottom: 40px;font-size:28px;font-weight:500"><center>Basic Parts</center> </h3>
 +
                    <span class="font1">This year, our team ultilizes 2 kinds of new parts: one is for carbonic anhydrase expression, another is for Na<sup>+</sup>-H<sup>+</sup> antiporter, which can help improve alkaline resistance.You can click on the part number to see the details.</span><br /><br />
 +
                    <br/>
 +
                </div>
 +
                <p></p>
 +
                <table class="table" style="width:75%;margin:0 auto">
 +
                    <tbody>
 +
                        <tr>
 +
                            <th style="width:120px">Part Number</th>
 +
                            <th style="width:150px">Name</th>
 +
                            <th style="width:80px">Type</th>
  
−
            <table>
+
                            <th style="width:300px">Part Description</th>
−
                <tbody>
+
−
                    <tr>
+
−
                        <th>Part Number</th>
+
−
                        <th>Name</th>
+
−
                        <th>Type</th>
+
  
−
                        <th>Description</th>
 
  
 +
                        </tr>
 +
                        <tr>
 +
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232000">BBa_K2232000</a></td>
 +
                            <td>TSLV1-CA</td>
 +
                            <td>Basic</td>
  
−
                    </tr>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">Coding sequence for Carbonic Anhydrase α from<i> Bacillus Subtilus TSLV1 </i></td>
−
                    <tr>
+
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232000">BBa_K2232000</a></td>
+
−
                        <td>TSLV1-CA-&#945;</td>
+
−
                        <td>Basic</td>
+
  
−
                         <td>Native sequence from <i> Mycobacterium NBB4 </i>, contained within the ethylene metabolism operon</td>
+
                         </tr>
 +
                        <tr>
 +
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232005">BBa_K2232005</a></td>
 +
                            <td>OF4-CA</td>
 +
                            <td>Basic</td>
  
−
                    </tr>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">Coding sequence for Carbonic Anhydrase α from<i> Bacillus Subtilus OF4 </i></td>
−
                    <tr>
+
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232005">BBa_K2232005</a></td>
+
−
                        <td>OF4-CA-&#945;</td>
+
−
                        <td>Basic</td>
+
  
−
                         <td>Coding sequence of EtnR1 from <i>Mycobacterium NBB4 </i>, codon-optimised for expression in <i> E. coli</i> K12</td>
+
                         </tr>
 +
                        <tr>
 +
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232001">BBa_K2232001</a></td>
 +
                            <td>OF4-nhaC</td>
 +
                            <td>Basic</td>
  
−
                    </tr>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">Coding sequence for Na<sup>+</sup> - H<sup>+</sup> antiporter nhaC from<i> Bacillus Subtilus OF4 </i></td>
−
                    <tr>
+
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232001">BBa_K2232001</a></td>
+
−
                        <td>OF4-nhaC</td>
+
−
                        <td>Basic</td>
+
  
−
                         <td>Coding sequence of EtnR1 from <i>Mycobacterium </i> NBB4, codon-optimised for expression in<i> E. coli </i>K12</td>
+
                         </tr>
  
−
                    </tr>
+
                        <tr>
 +
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232002">BBa_K2232002</a></td>
 +
                            <td>C125-nhaC</td>
 +
                            <td>Basic</td>
  
−
                    <tr>
+
                            <td>Coding sequence for Na<sup>+</sup> - H<sup>+</sup> antiporter nhaC from<i> Bacillus Subtilus C125</i></td>
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232002">BBa_K2232002</a></td>
+
−
                        <td>c125-nhaC</td>
+
−
                        <td>Basic</td>
+
  
−
                         <td>Coding region of the pink mutant version of amilCP</td>
+
                         </tr>
 +
                        <tr>
 +
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232007">BBa_K2232007</a></td>
 +
                            <td>BS168-nhaC</td>
 +
                            <td>Basic</td>
  
−
                    </tr>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">Coding sequence for Na<sup>+</sup> - H<sup>+</sup> antiporter nhaC from<i> Bacillus Subtilus 168 </i></td>
−
                    <tr>
+
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232003">BBa_K2232003</a></td>
+
−
                        <td>c125-TupA</td>
+
−
                        <td>Basic</td>
+
  
−
                         <td>Coding region of the purple mutant version of amilCP</td>
+
                         </tr>
  
−
                    </tr>
+
                        <tr>
−
                    <tr>
+
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232003">BBa_K2232003</a></td>
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232007">BBa_K2232007</a></td>
+
                            <td>C125-tupA</td>
−
                        <td>BS168-nhaC</td>
+
                            <td>Basic</td>
−
                        <td>Basic</td>
+
  
−
                        <td>Coding region of the green mutant version of amilCP</td>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">Coding sequence for another Na<sup>+</sup> - H<sup>+</sup> antiporter TupA from<i> Bacillus Subtilus C125 </i></td>
  
−
                    </tr>
+
                        </tr>
 +
                       
  
  
−
                </tbody>
+
                    </tbody>
−
            </table>
+
                </table>
  
−
            <br /><br />
+
                <br /><br />
−
            <p></p><p></p>
+
                <p></p><p></p>
−
            <span class="font1"></span>
+
                <span class="font1"></span>
−
            <span></span><br />
+
                <span></span><br />
−
            <span></span><br />
+
                <span></span><br />
−
            <span></span><br />
+
                <span></span><br />
−
        </div>
+
            </div>
  
−
        <div style="position: relative;margin: 30px 14%;">
+
            <div style="position: relative;margin: 30px 14%;">
−
            <span class="font1">This year, our team creates a mathematical representation of our concrete self-healing system. This representation, or model, constructs a judging scale in which we can utilize to regulate the four main environmental factors affecting our final concrete healing rate (reflected on mineralization activity). </span><br /><br />
+
  
−
            <p></p>
+
                <p></p>
 +
                <div class="col-sm-12">
 +
                    <h3 class="uppercase color-primary mb40 " style="margin-bottom: 40px;font-size:28px;font-weight:500"><center>Composite Parts</center> </h3>
 +
                    <span class="font1">The 2 kinds of basic parts described above is assembled together with promoter, ribosome binding site or terminator, which are presented in the following table. You can click on the part number to see the details.</span><br /><br />
  
−
            <table>
+
                </div>
−
                 <tbody>
+
                 <p></p>
−
                     <tr>
+
                <br />
−
                         <th>Part Number</th>
+
                <table class="table" style="width:75%;margin:0 auto">
−
                        <th>Name</th>
+
                     <tbody>
−
                        <th>Type</th>
+
                         <tr>
 +
                            <th style="width:120px">Part Number</th>
 +
                            <th style="width:150px">Name</th>
 +
                            <th style="width:80px">Type</th>
  
−
                        <th>Description</th>
+
                            <th style="width:300px;padding-left:5px">Part Description</th>
  
  
−
                    </tr>
+
                        </tr>
−
                    <tr>
+
                        <tr>
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232011">BBa_K2232011</a></td>
+
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232011">BBa_K2232011</a></td>
−
                        <td>RBS-c125-TupA-T1</td>
+
                            <td>RBS-C125-tupA-T1</td>
−
                        <td>Composite</td>
+
                            <td>Composite</td>
  
−
                        <td>Native sequence from <i>  Mycobacterium NBB4 </i>, contained within the ethylene metabolism operon</td>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">Encoded by the gene tupA from the facultative alkaliphilic strain Bacillus lentus C-125</td>
  
−
                    </tr>
+
                        </tr>
−
                    <tr>
+
                        <tr>
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232012">BBa_K2232012</a></td>
+
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232012">BBa_K2232012</a></td>
−
                        <td>P43-OF4-nhaC-T1</td>
+
                            <td>P43-OF4-nhaC-T1</td>
−
                        <td>Composite</td>
+
                            <td>Composite</td>
  
−
                        <td>Coding sequence of EtnR1 from <i>Mycobacterium NBB4 </i>, codon-optimised for expression in <i> E. coli</i> K12</td>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">The gene nhaC from the Bacillus pseudofirmus OF4 encodes the Na+/H+ antiporter</td>
  
−
                    </tr>
+
                        </tr>
−
                    <tr>
+
                        <tr>
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232013">BBa_K2232013</a></td>
+
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232013">BBa_K2232013</a></td>
−
                        <td>p43-nhaC-T1</td>
+
                            <td>P43-nhaC-T1</td>
−
                        <td>Composite</td>
+
                            <td>Composite</td>
  
−
                        <td>Coding sequence of EtnR1 from <i>Mycobacterium </i> NBB4, codon-optimised for expression in<i> E. coli </i>K12</td>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">This part is the Na+/H+ antiporter coding sequence (CDS) from the B. subtilis strain 168</td>
  
−
                    </tr>
+
                        </tr>
  
−
                    <tr>
+
                        <tr>
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232014">BBa_K2232014</a></td>
+
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232014">BBa_K2232014</a></td>
−
                        <td>p43-TSLV1-CA-&#945;</td>
+
                            <td>P43-TSLV1-CA</td>
−
                        <td>Composite</td>
+
                            <td>Composite</td>
  
−
                        <td>Coding region of the pink mutant version of amilCP</td>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">Coding region of the pink mutant version of amilCP</td>
  
−
                    </tr>
+
                        </tr>
−
                    <tr>
+
                        <tr>
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232015">BBa_K2232015</a></td>
+
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232015">BBa_K2232015</a></td>
−
                        <td>P43-OF4-CA-&#945;</td>
+
                            <td>P43-OF4-CA</td>
−
                        <td>Composite</td>
+
                            <td>Composite</td>
  
−
                        <td>Coding region of the purple mutant version of amilCP</td>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">Coding region of the purple mutant version of amilCP</td>
  
−
                    </tr>
+
                        </tr>
  
−
                    <tr>
+
                        <tr>
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232026">BBa_K2232026</a></td>
+
                            <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232026">BBa_K2232026</a></td>
−
                        <td>p43-CA-&#914;</td>
+
                            <td>P43-CA-β</td>
−
                        <td>Composite</td>
+
                            <td>Composite</td>
  
−
                        <td>Coding region of the green mutant version of amilCP</td>
+
                            <td style="width:300px;padding-left:5px">Coding region of the green mutant version of amilCP</td>
  
−
                    </tr>
+
                        </tr>
−
                </tbody>
+
                    </tbody>
−
            </table>
+
                </table>
  
  
  
  
−
            <br /><br />
+
                <br /><br />
−
            <p></p><p></p>
+
                <p></p><p></p>
−
            <span class="font1"></span>
+
                <span class="font1"></span>
−
            <span></span><br />
+
                <span></span><br />
−
            <span></span><br />
+
                <span></span><br />
−
            <span></span><br />
+
                <span></span><br />
−
        </div>
+
            </div>
−
        <div style="position: relative;margin: 30px 14%;">
+
            <div style="position: relative;margin: 30px 14%;">
−
            <span class="font1">This year, our team creates a mathematical representation of our concrete self-healing system. This representation, or model, constructs a judging scale in which we can utilize to regulate the four main environmental factors affecting our final concrete healing rate (reflected on mineralization activity). </span><br /><br />
+
                <div class="col-sm-12">
 +
                    <h3 class="uppercase color-primary mb40 " style="margin-bottom: 40px;font-size:28px;font-weight:500"><center>Improved Parts</center> </h3>
  
 +
                </div>
 +
                <span class="font1">This year, our team have improved the existing parts by either chracterization or optimize their sequence. The improved parts (in black) and original existing parts (<span style="color:#808080">in grey</span>) are presented below. You can click on the part number to see the details.</span><br /><br />
  
−
            <table>
+
                <p></p><br/>
−
                 <tbody>
+
                 <table class="table" style="width:75%;margin:0 auto">
−
                     <tr>
+
                     <tbody>
−
                         <th>Part Number</th>
+
                         <tr>
−
                        <th>Name</th>
+
                            <th style="width:120px;">Part Number</th>
−
                        <th>Type</th>
+
                            <th style="width:120px">Name</th>
 +
                            <th style="width:85px">Type</th>
  
−
                        <th>Description</th>
+
                            <th style="width:200px">Part Description</th>
 +
                            <th style="width:150px">Improvement</th>
  
 +
                        </tr>
 +
                        <tr>
 +
                            <td style="padding-top: 5px; padding-bottom: 5px;"><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232020">BBa_K2232020</a><br /><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php/Part:BBa_K911008" style="color:#808080;font-size:12px!important;font-style:italic">BBa_K911008</a></td>
 +
                            <td>PsspB-gerAa</td>
 +
                            <td>Composite</td>
  
−
                    </tr>
+
                            <td style="padding-left:5px">Germination-promoting  receptor (gerA) expression system</td>
−
                    <tr>
+
                            <td>Optimize its sequence</td>
−
                         <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232020">BBa_K2232020</a></td>
+
                        </tr>
−
                        <td>PsspB-gerAa</td>
+
                       
−
                        <td>Composite</td>
+
                         <tr>
 +
                            <td style="padding-top: 5px; padding-bottom: 5px;"><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232022">BBa_K2232022</a><br /><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php/Part:BBa_K1465205" style="color:#808080;font-size:12px!important;font-style:italic">BBa_K2465205</a></td>
 +
                            <td>RBS-CsoS3-T1</td>
 +
                            <td>Composite</td>
  
−
                         <td>Coding region of the green mutant version of amilCP</td>
+
                            <td style="padding-left:5px">Carbonic anhydrase (csoS3) expression system</td>
 +
                            <td>Optimize its sequence</td>
 +
                         </tr>
 +
                        <tr>
 +
                            <td style="padding-top: 5px; padding-bottom: 5px;"><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232025">BBa_K2232025</a><br /><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K302035" style="color:#808080;font-size:12px!important;font-style:italic">BBa_K302035</a></td>
 +
                            <td>Sucrose-limitation induced kill switch</td>
 +
                            <td>Composite</td>
  
−
                    </tr>
+
                            <td style="padding-left:5px">Coding region of Sucrose-limitation induced kill switch</td>
−
                    <tr>
+
                            <td>Characterize in <i>Bacillus Subtilus</i></td>
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232021">BBa_K2232021</a></td>
+
                         </tr>
−
                         <td>PsspB-spoVa</td>
+
                    </tbody>
−
                        <td>Composite</td>
+
Encoded by the gene tupA from the facultative alkaliphilic strain Bacillus lentus C-125
 +
                </table>
  
−
                        <td>Coding region of the green mutant version of amilCP</td>
+
            </div>
 +
        </section>
  
−
                    </tr>
+
</div>
−
                    <tr>
+
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232022">BBa_K2232022</a></td>
+
−
                        <td>p43-csos3</td>
+
−
                        <td>Composite</td>
+
−
 
+
−
                        <td>Coding region of the green mutant version of amilCP</td>
+
−
 
+
−
                    </tr>
+
−
                    <tr>
+
−
                        <td><a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_K2232025">BBa_K2232025</a></td>
+
−
                        <td>mazEF</td>
+
−
                        <td>Composite</td>
+
−
 
+
−
                        <td>Coding region of the green mutant version of amilCP</td>
+
−
 
+
−
                    </tr>
+
−
                </tbody>
+
−
 
+
−
            </table>
+
−
 
+
−
        </div>
+
−
 
+
−
 
+
−
    </div>
+
  
 
     <div class="arrow-div">
 
     <div class="arrow-div">

Latest revision as of 04:01, 2 November 2017

PARTS



Basic Parts

This year, our team ultilizes 2 kinds of new parts: one is for carbonic anhydrase expression, another is for Na+-H+ antiporter, which can help improve alkaline resistance.You can click on the part number to see the details.


Part Number Name Type Part Description
BBa_K2232000 TSLV1-CA Basic Coding sequence for Carbonic Anhydrase α from Bacillus Subtilus TSLV1
BBa_K2232005 OF4-CA Basic Coding sequence for Carbonic Anhydrase α from Bacillus Subtilus OF4
BBa_K2232001 OF4-nhaC Basic Coding sequence for Na+ - H+ antiporter nhaC from Bacillus Subtilus OF4
BBa_K2232002 C125-nhaC Basic Coding sequence for Na+ - H+ antiporter nhaC from Bacillus Subtilus C125
BBa_K2232007 BS168-nhaC Basic Coding sequence for Na+ - H+ antiporter nhaC from Bacillus Subtilus 168
BBa_K2232003 C125-tupA Basic Coding sequence for another Na+ - H+ antiporter TupA from Bacillus Subtilus C125





Composite Parts

The 2 kinds of basic parts described above is assembled together with promoter, ribosome binding site or terminator, which are presented in the following table. You can click on the part number to see the details.


Part Number Name Type Part Description
BBa_K2232011 RBS-C125-tupA-T1 Composite Encoded by the gene tupA from the facultative alkaliphilic strain Bacillus lentus C-125
BBa_K2232012 P43-OF4-nhaC-T1 Composite The gene nhaC from the Bacillus pseudofirmus OF4 encodes the Na+/H+ antiporter
BBa_K2232013 P43-nhaC-T1 Composite This part is the Na+/H+ antiporter coding sequence (CDS) from the B. subtilis strain 168
BBa_K2232014 P43-TSLV1-CA Composite Coding region of the pink mutant version of amilCP
BBa_K2232015 P43-OF4-CA Composite Coding region of the purple mutant version of amilCP
BBa_K2232026 P43-CA-β Composite Coding region of the green mutant version of amilCP





Improved Parts

This year, our team have improved the existing parts by either chracterization or optimize their sequence. The improved parts (in black) and original existing parts (in grey) are presented below. You can click on the part number to see the details.


Encoded by the gene tupA from the facultative alkaliphilic strain Bacillus lentus C-125
Part Number Name Type Part Description Improvement
BBa_K2232020
BBa_K911008		 PsspB-gerAa Composite Germination-promoting receptor (gerA) expression system Optimize its sequence
BBa_K2232022
BBa_K2465205		 RBS-CsoS3-T1 Composite Carbonic anhydrase (csoS3) expression system Optimize its sequence
BBa_K2232025
BBa_K302035		 Sucrose-limitation induced kill switch Composite Coding region of Sucrose-limitation induced kill switch Characterize in Bacillus Subtilus