Difference between revisions of "Team:Shanghaitech/InterLab"

 
(20 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 1: Line 1:
{{Shanghaitech}}
+
{{Shanghaitech/custom}} {{Shanghaitech/css}} {{Shanghaitech/js}}
 +
 
 
<html lang="en">
 
<html lang="en">
  
<head>
 
    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
 
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, maximum-scale=1">
 
    <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="ie=edge">
 
    <title>Shanghaitech</title>
 
    <meta name="description" content="">
 
    <!-- HTML5 Shim and Respond.js IE8 support of HTML5 elements and media queries -->
 
    <!-- WARNING: Respond.js doesn't work if you view the page via file:// -->
 
    <!--[if lt IE 9]>
 
    <script src="https://oss.maxcdn.com/html5shiv/3.7.2/html5shiv.min.js"></script>
 
    <script src="https://oss.maxcdn.com/respond/1.4.2/respond.min.js"></script>
 
    <![endif]-->
 
    <link rel="stylesheet" href="css/demo.css">
 
    <link rel="stylesheet" href="css/footer-distributed-with-address-and-phones.css">
 
    <link rel="stylesheet" href="http://maxcdn.bootstrapcdn.com/font-awesome/4.2.0/css/font-awesome.min.css">
 
    <link href="http://fonts.googleapis.com/css?family=Cookie" rel="stylesheet" type="text/css">
 
    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2017.igem.org/Template:Shanghaitech/CSS/DEMO?action=raw&ctype=text/css ">
 
 
    <style type="text/css">
 
    #menu-bar {
 
        width: 100%;
 
        margin: -1px 0px 0px -6px;
 
        padding: 1.5px 0px 10px 260px;
 
        height: 30px;
 
        line-height: 100%;
 
        border-radius: 0px;
 
        -webkit-border-radius: 0px;
 
        -moz-border-radius: 0px;
 
        box-shadow: 0px 2px 3px #666666;
 
        -webkit-box-shadow: 0px 2px 3px #666666;
 
        -moz-box-shadow: 0px 2px 3px #666666;
 
        background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/0/07/T--Shanghaitech--nav.png/795px-T--Shanghaitech--nav.png);
 
 
 
        border: solid 0px #6D6D6D;
 
        position: fixed;
 
        z-index: 999;
 
    }
 
 
    #menu-bar li {
 
        margin: 0px 0px 10px 0px;
 
        padding: 5px 5px 0px 6px;
 
        float: left;
 
        position: relative;
 
        list-style: none;
 
    }
 
 
    #menu-bar a {
 
        font-weight: bolder;
 
        font-family: arial;
 
        font-style: normal;
 
        font-size: 15px;
 
        color: #000000;
 
        text-decoration: none;
 
        display: block;
 
        padding: 4px 19px 6px 16px;
 
        margin: 0;
 
        margin-bottom: 10px;
 
        border-radius: 50px;
 
        -webkit-border-radius: 50px;
 
        -moz-border-radius: 50px;
 
        text-shadow: 2px 2px 25px #3E17FF;
 
    }
 
 
    #menu-bar li ul li a {
 
        margin: 0;
 
    }
 
 
    #menu-bar .active a,
 
    #menu-bar li:hover>a {
 
 
 
        /*菜单悬浮颜色*/
 
        background: #D47272;
 
        background: linear-gradient(top, #EB672F, #A1A1A1);
 
        background: -ms-linear-gradient(top, #EB672F, #A1A1A1);
 
        background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, from(#EB672F), to(#A1A1A1));
 
        background: -moz-linear-gradient(top, #EB672F, #A1A1A1);
 
        color: #140044;
 
        -webkit-box-shadow: 0 1px 1px rgba(0, 0, 0, .2);
 
        -moz-box-shadow: 0 1px 1px rgba(0, 0, 0, .2);
 
        box-shadow: 0 1px 1px rgba(0, 0, 0, .2);
 
        text-shadow: 0px 0px 0px #FFFFFF;
 
    }
 
 
    #menu-bar ul li:hover a,
 
    #menu-bar li:hover li a {
 
        background: none;
 
        border: none;
 
        color: #666;
 
        -box-shadow: none;
 
        -webkit-box-shadow: none;
 
        -moz-box-shadow: none;
 
    }
 
 
    #menu-bar ul a:hover {
 
        /*子菜单悬浮颜色*/
 
        background: #0399D4 !important;
 
        background: linear-gradient(top, #346BEC, #0186BA) !important;
 
        background: -ms-linear-gradient(top, #346BEC, #0186BA) !important;
 
        background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, from(#346BEC), to(#0186BA)) !important;
 
        background: -moz-linear-gradient(top, #346BEC, #0186BA) !important;
 
        color: #000000 !important;
 
        border-radius: 0;
 
        -webkit-border-radius: 0;
 
        -moz-border-radius: 0;
 
        text-shadow: 2px 2px 9px #FFFFFF;
 
    }
 
 
    #menu-bar li:hover>ul {
 
        display: block;
 
    }
 
 
    #menu-bar ul {
 
        background: #DDDDDD;
 
        background: linear-gradient(top, #FFFBC4, #CFCFCF);
 
        background: -ms-linear-gradient(top, #FFFBC4, #CFCFCF);
 
        background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, from(#FFFBC4), to(#CFCFCF));
 
        background: -moz-linear-gradient(top, #FFFBC4, #CFCFCF);
 
        display: none;
 
        margin: 0;
 
        padding: 0;
 
        width: 185px;
 
        position: absolute;
 
        top: 33px;
 
        left: 0;
 
        border: solid 1px #B4B4B4;
 
        border-radius: 10px;
 
        -webkit-border-radius: 10px;
 
        -moz-border-radius: 10px;
 
        -webkit-box-shadow: 0px 2px 3px #222222;
 
        -moz-box-shadow: 0px 2px 3px #222222;
 
        box-shadow: 0px 2px 3px #222222;
 
    }
 
 
    #menu-bar ul li {
 
        float: none;
 
        margin: 0;
 
        padding: 0;
 
    }
 
 
    #menu-bar ul a {
 
        padding: 10px 0px 10px 15px;
 
        color: #424242 !important;
 
        font-size: 11px;
 
        font-style: normal;
 
        font-family: arial;
 
        font-weight: bold;
 
        text-shadow: 2px 2px 3px #FFFFFF;
 
    }
 
 
    #menu-bar ul li:first-child>a {
 
        border-top-left-radius: 10px;
 
        -webkit-border-top-left-radius: 10px;
 
        -moz-border-radius-topleft: 10px;
 
        border-top-right-radius: 10px;
 
        -webkit-border-top-right-radius: 10px;
 
        -moz-border-radius-topright: 10px;
 
    }
 
 
    #menu-bar ul li:last-child>a {
 
        border-bottom-left-radius: 10px;
 
        -webkit-border-bottom-left-radius: 10px;
 
        -moz-border-radius-bottomleft: 10px;
 
        border-bottom-right-radius: 10px;
 
        -webkit-border-bottom-right-radius: 10px;
 
        -moz-border-radius-bottomright: 10px;
 
    }
 
 
    #menu-bar:after {
 
        content: ".";
 
        display: block;
 
        clear: both;
 
        visibility: hidden;
 
        line-height: 0;
 
        height: 0;
 
    }
 
 
    #menu-bar {
 
        display: inline-block;
 
    }
 
 
    html[xmlns] #menu-bar {
 
        display: block;
 
    }
 
 
    * html #menu-bar {
 
        height: 1%;
 
    }
 
    </style>
 
    <style type="text/css">
 
        .content {
 
        background-color: rgba(255, 255, 255, 0.90);
 
        width: 73%;
 
        border: 1px solid #cccccc;
 
        border-radius: 10px;
 
        box-shadow: 1px 1px 3px rgba(0, 0, 0, 0.35);
 
        color: #3d3d3d;
 
        font-size: 18px;
 
        margin-left: 2%;
 
        margin-top: 50px;
 
        text-align: justify;
 
        padding: 10px 70px 30px 70px;
 
    </style>
 
    <style type="text/css">
 
 
    </style>
 
</head>
 
  
 
<body>
 
<body>
<ul id="menu-bar">
+
    <div id="main-content-wrapper">
         <li class="active"><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech">Home</a></li>
+
         <div class="content" id="content-block">
        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Project">Project</a>
+
<h1>InterLab<h1>
            <ul>
+
             <h2 id="abstract">Abstract</h2>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Overview">Overview</a></li>
+
            <br>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Background">Background</a></li>
+
            <p align="left" style="text-indent: 21pt;"> Repeatability is one of the most important part of biological experiment, however, it’s difficult to repeat the
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Experiment_and_Modeling">Experiment and Modeling</a></li>
+
                measurement data in different labs. As for the measurement of fluorescence, it can be influenced by various
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Device">Device</a></li>
+
                factors: bacterial strain, culture medium, plate reader and so on. Therefore, following a standard protocol
            </ul>
+
                strictly is one of the guarantee of the repeatable experimental conclusion. This year, we use plate reader
        </li>
+
                rather than flow cytometry in 2016 (<a href="https://2016.igem.org/Team:ShanghaitechChina/InterLab">click here to view</a>).
        <li><a href="#">Drylab</a>
+
                Except for individual settings, we follow the standard protocol by iGEM authority completely, the data is
            <ul>
+
                reliable.
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Hardware">Hardware</a></li>
+
                </br>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Software">Software</a></li>
+
            </p>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Drylab">Drylab</a></li>
+
            <h2 id="plasmids"><span>Plasmids and the prediction of results</span></h2>
            </ul>
+
            <div align="center">
        </li>
+
                <h4>
        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Modeling">Modeling</a>
+
                    <font size="3">All the eight plasmids are shown below:</font>
            <ul>
+
                </h4>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Introduction">Introduction</a></li>
+
                <br>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/#">Model of parameter filling and simulation</a></li>
+
                <img align="middle" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/d/d1/T--Shanghaitech--interlab1.jpg" width="800" height="400" alt=""></img>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/#">Theoretical Calculation of Modeling</a></li>
+
                <br>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/#">Model for Our Project</a></li>
+
                <br>
            </ul>
+
                <p align="left" style="text-indent: 21pt;">From the table above, there are three different constitutive promotors (pcons) and two different ribosome
        </li>
+
                    binding sites (RBSs), which form six different combinations as Test Device 1-8. </p>
        <li><a href="#">HumanPractice</a>
+
                <br>
            <ul>
+
                <br>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Overview">Overview</a></li>
+
                <div align="center">
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Public_Education">Public Education</a></li>
+
                    <img align="middle" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/8/83/T--Shanghaitech--interlab2.jpg" width="250" height="400" alt="">
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Workshop">Workshop</a></li>
+
                </div>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Interview">Interview</a></li>
+
                <div align="center">
            </ul>
+
                    <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_J23101">(http://parts.igem.org/Part:BBa_J23101)</a></img>
        </li>
+
                    <br>
        <li><a href="#">Collaboration</a>
+
                </div>
            <ul>
+
            </div>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Safety">Safety</a></li>
+
            <br>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Library">Library</a></li>
+
            <br>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Meet-Up">Meet-Up</a></li>
+
            <div>
            </ul>
+
                <p class="MsoNormal" align="left" style="text-indent: 21pt;">
        </li>
+
                    <span lang="EN-US">According
        <li><a href="#">Notebook</a>
+
                         to the data of iGEM parts, we know that the strength of these three pcons: J23101</span>>
             <ul>
+
                    <span lang="EN-US">J23106</span>>
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Calendar">Calendar</a></li>
+
                    <span lang="EN-US">
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Protocol">Protocol</a></li>
+
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Parts">Parts</a></li>
+
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/RawMaterial">Raw Material</a></li>
+
            </ul>
+
        </li>
+
        <li><a href="#">Notebook</a>
+
            <ul>
+
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Calendar">Calendar</a></li>
+
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Pro">Protocol</a></li>
+
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Parts">Parts</a></li>
+
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/RawMaterial">Raw Material</a></li>
+
            </ul>
+
        </li>
+
        <li><a href="#">Team</a>
+
              <ul>
+
            <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/TeamMeber">Team Member</a></li>
+
            <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Attributions">Attribution</a></li>
+
            <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Acknowledgement">Ackknowledgement</a></li>
+
        </ul>
+
          </li>
+
        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Achievement">Achievement</a>
+
            <ul>
+
                <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Shanghaitech/Achievement">Achievement</a></li>
+
            </ul>
+
        </li>
+
    </ul>
+
    <div id="mySidenav" class="sidenav">
+
        <a href="javascript:void(0)" class="closebtn" onclick="closeNav()">&times;</a>
+
        <a href="#">A</a>
+
        <a href="#">S</a>
+
        <a href="#">Cl</a>
+
        <a href="#">Co</a>
+
    </div>
+
+
    <br>
+
    <br>
+
    <br>
+
    <br>
+
    <br>
+
    <br>
+
    <br>
+
 
+
<div class="content">
+
<h4>Abstract</h4>
+
    <br>
+
    <p align="left" style="text-indent: 21pt;"> Repeatability is one of the most important part of biological experiment, however, it’s difficult to repeat the measurement data in different labs. As for the measurement of fluorescence, it can be influenced by various factors: bacterial strain, culture medium, plate reader and so on. Therefore, following a standard protocol strictly is one of the guarantee of the repeatable experimental conclusion. This year, we use plate reader rather than flow cytometry in 2016 (<a href="https://2016.igem.org/Team:ShanghaitechChina/InterLab">click here to view</a>). Except for individual settings, we follow the standard protocol by iGEM authority completely, the data is reliable.</br>
+
    </p>
+
<p>
+
    <h4><span>Plasmids and the prediction of results</span></h4>
+
    <div align="center">
+
        <h4><font size="3">All the eight plasmids are shown below:</font></h4>
+
        <br>
+
        <img align="middle" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/d/d1/T--Shanghaitech--interlab1.jpg" width="800" height="400" alt=""></img>
+
 
+
    <br>
+
    <br>
+
    <p align="left" style="text-indent: 21pt;">From the table above, there are three different constitutive promotors (pcons) and two different ribosome binding sites (RBSs), which form six different combinations as Test Device 1-8. </p>
+
    <br>
+
    <br>
+
    <div align="center">
+
        <img align="middle" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/8/83/T--Shanghaitech--interlab2.jpg" width="250" height="400" alt="">
+
    </div>
+
    <div align="center">
+
        <a href="http://parts.igem.org/Part:BBa_J23101">(http://parts.igem.org/Part:BBa_J23101)</a></img>
+
        <br>
+
    </div>
+
    </div>
+
    </div>
+
    <br>
+
    <br>
+
    <div>
+
        <p class="MsoNormal" align="left" style="text-indent: 21pt;">
+
            <span lang="EN-US">According
+
                         to the data of iGEM parts, we know that the strength of these three pcons: J23101</span>><span lang="EN-US">J23106</span>>
+
            <span lang="EN-US">
+
 
                           J23117. However, there lacks the
 
                           J23117. However, there lacks the
 
                           reliable data of the strength of pcon (J23151) and the comparison of three RBSs
 
                           reliable data of the strength of pcon (J23151) and the comparison of three RBSs
Line 336: Line 54:
 
                           <o:p></o:p>
 
                           <o:p></o:p>
 
                         </span>
 
                         </span>
        </p>
+
                </p>
        <p class="MsoNormal" align="left">
+
                <p class="MsoNormal" align="left">
            <span lang="EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a name="OLE_LINK2"></a><a name="OLE_LINK1">Test Device 1 </a></span>> <span lang="EN-US">Test Device 2 </span>><span lang="EN-US"> Test Device 3</span>
+
                    <span lang="EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a name="OLE_LINK2"></a><a name="OLE_LINK1">Test Device 1 </a></span>>
            <span lang="EN-US">
+
                    <span lang="EN-US">Test Device 2 </span>><span lang="EN-US"> Test Device 3</span>
 +
                    <span lang="EN-US">
 
                           <o:p></o:p>
 
                           <o:p></o:p>
 
                         </span>
 
                         </span>
        </p>
+
                </p>
        <p class="MsoNormal" align="left" style="text-indent: 21pt;">
+
                <p class="MsoNormal" align="left" style="text-indent: 21pt;">
            <span lang="EN-US">Test Device 4 </span>> <span lang="EN-US">Test Device 5 </span>>
+
                    <span lang="EN-US">Test Device 4 </span>> <span lang="EN-US">Test Device 5 </span>>
            <span lang="EN-US">
+
                    <span lang="EN-US">
 
                           Test Device 6
 
                           Test Device 6
 
                           <o:p></o:p>
 
                           <o:p></o:p>
 
                         </span>
 
                         </span>
        </p>
+
                </p>
        <p class="MsoNormal" align="left" style="text-indent: 21pt;">
+
                <p class="MsoNormal" align="left" style="text-indent: 21pt;">
            <span lang="EN-US">
+
                    <span lang="EN-US">
 
                           All the plasmid sequences (.dna file) can be download from: <a href="https://drive.google.com/file/d/0Bxb6U-RiSYsgQ1pTU0FsTG1SY1k/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/0Bxb6U-RiSYsgQ1pTU0FsTG1SY1k/view?usp=sharing</a>
 
                           All the plasmid sequences (.dna file) can be download from: <a href="https://drive.google.com/file/d/0Bxb6U-RiSYsgQ1pTU0FsTG1SY1k/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/0Bxb6U-RiSYsgQ1pTU0FsTG1SY1k/view?usp=sharing</a>
 
                           <o:p></o:p>
 
                           <o:p></o:p>
 
                         </span>
 
                         </span>
        </p>
+
                </p>
    </div>
+
            </div>
    <br>
+
            <br>
    <br>
+
            <br>
    <div class="col-xs-12">
+
            <div class="col-xs-12">
        <div class="dividerHeading">
+
                <div class="dividerHeading">
            <h4><span>Component cell strain &amp; 96 well plate &amp; Plate reader</span></h4>
+
                    <h2 id="component"><span>Component cell strain &amp; 96 well plate &amp; Plate reader</span></h2>
        </div>
+
                </div>
        <br>
+
                <br>
    </div>
+
            </div>
    <br>
+
            <br>
    <p style="text-indent: 21pt;">
+
            <p style="text-indent: 21pt;">
        <strong>Component cell strain</strong>
+
                <strong>Component cell strain</strong>
    </p>
+
            </p>
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
        Brand: 康为世纪 (cwbiotech)
+
                Brand: 康为世纪 (cwbiotech)
    </p>
+
            </p>
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
        Strain: <em>E.coli</em> K-12 DH5α
+
                Strain: <em>E.coli</em> K-12 DH5α
    </p>
+
            </p>
    <p style="text-indent: 21pt;">
+
            <p style="text-indent: 21pt;">
        <strong>96 well plate</strong>
+
                <strong>96 well plate</strong>
    </p>
+
            </p>
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
        Brand: Corning
+
                Brand: Corning
    </p>
+
            </p>
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
        -Black plate
+
                -Black plate
    </p>
+
            </p>
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
        -Flat-bottomed wells
+
                -Flat-bottomed wells
    </p>
+
            </p>
    <p align="center">
+
            <p align="center">
        <img width="265" height="354" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/9/97/T--Shanghaitech--interlab3.jpg/449px-T--Shanghaitech--interlab3.jpg" />
+
                <img width="265" height="354" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/9/97/T--Shanghaitech--interlab3.jpg/449px-T--Shanghaitech--interlab3.jpg"
    </p>
+
                /><img width="350" height="263" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/2/23/T--Shanghaitech--interlab5.jpg/320px-T--Shanghaitech--interlab5.jpg"
    <p align="center">
+
                />
        <img width="350" height="263" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/2/23/T--Shanghaitech--interlab5.jpg/320px-T--Shanghaitech--interlab5.jpg" />
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 21pt;">
    <p style="text-indent: 21pt;">
+
                <strong>Plate reader</strong>
        <strong>Plate reader</strong>
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Brand: BioTek
        Brand: BioTek
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Instrument model: Cytation 5
        Instrument model: Cytation 5
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Serial number: 1511021F
        Serial number: 1511021F
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Pathlength correction: No
        Pathlength correction: No
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Number of flashes per well: 10
        Number of flashes per well: 10
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Orbital averaging (mm): 3.5
        Orbital averaging (mm): 3.5
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Fluorescence reading: top optic
        Fluorescence reading: top optic
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Filter: Yes
        Filter: Yes
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Excitation wavelength (nm): 485/9
        Excitation wavelength (nm): 485/9
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-indent: 37pt;">
    <p style="text-indent: 37pt;">
+
                Emission wavelength (nm): 528/9
        Emission wavelength (nm): 528/9
+
            </p>
    </p>
+
            <p style="text-align:center">
    <p align="center">
+
                <img width="426" height="567" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/8/86/T--Shanghaitech--interlab4.jpg/449px-T--Shanghaitech--interlab4.jpg"
        <img width="426" height="567" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/8/86/T--Shanghaitech--interlab4.jpg/449px-T--Shanghaitech--interlab4.jpg" />
+
                />
    </p>
+
            </p>
    <br>
+
            <br>
    <br>
+
            <br>
    <h2 align="center">
+
            <h2 align="center" id="protocol">
                    Protocol
+
                Protocol
                  </h2>
+
            </h2>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         (Some of the following steps are different
 
                         (Some of the following steps are different
 
                         from standard protocol from iGEM authority, the changes and the reasons are
 
                         from standard protocol from iGEM authority, the changes and the reasons are
 
                         shown as <span style="color:red">red</span>.)
 
                         shown as <span style="color:red">red</span>.)
        <o:p></o:p>
+
                <o:p></o:p>
        </span>
+
                </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
        <b>
+
                <b>
 
                         <span lang="EN-US">Calibration </span>——
 
                         <span lang="EN-US">Calibration </span>——
 
                         <span lang="EN-US">
 
                         <span lang="EN-US">
Line 452: Line 171:
 
                         </span>
 
                         </span>
 
                     </b>
 
                     </b>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <b>
+
                <b>
 
                         <span lang="EN-US">
 
                         <span lang="EN-US">
 
                           Materials
 
                           Materials
Line 460: Line 179:
 
                         </span>
 
                         </span>
 
                     </b>
 
                     </b>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         1ml LUDOX
 
                         1ml LUDOX
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         ddH<sub>2</sub>O
 
                         ddH<sub>2</sub>O
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         96 well plate
 
                         96 well plate
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <b>
+
                <b>
 
                         <span lang="EN-US">
 
                         <span lang="EN-US">
 
                           Method
 
                           Method
Line 486: Line 205:
 
                         </span>
 
                         </span>
 
                     </b>
 
                     </b>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Add 100 µl LUDOX into wells A1, B1, C1, D1
 
                         Add 100 µl LUDOX into wells A1, B1, C1, D1
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        ◻<span lang="EN-US">
+
                ◻<span lang="EN-US">
 
                     Add 100 µl of H</span><sub><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                     Add 100 µl of H</span><sub><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">2</span></sub><span style="font-family:
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">2</span></sub><span style="font-family:
 
                         &quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
 
                         &quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         O into
 
                         O into
 
                         wells A2, B2, C2, D2
 
                         wells A2, B2, C2, D2
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Measure absorbance 600 nm of all samples in all standard measurement modes in instrument
 
                         Measure absorbance 600 nm of all samples in all standard measurement modes in instrument
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Record the data in the table below
 
                         Record the data in the table below
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        ◻<span lang="EN-US">
+
                ◻<span lang="EN-US">
 
                     Import data into Excel (</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                     Import data into Excel (</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">OD600 reference point tab</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">OD600 reference point tab</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         ) Sheet_1 provided
 
                         ) Sheet_1 provided
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
        <b>
+
                <b>
 
                         <span lang="EN-US">Calibration </span>——  
 
                         <span lang="EN-US">Calibration </span>——  
 
                         <span lang="EN-US">
 
                         <span lang="EN-US">
Line 538: Line 257:
 
                         </span>
 
                         </span>
 
                     </b>
 
                     </b>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <b>
+
                <b>
 
                         <span lang="EN-US">
 
                         <span lang="EN-US">
 
                           Materials
 
                           Materials
Line 546: Line 265:
 
                         </span>
 
                         </span>
 
                     </b>
 
                     </b>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         fluorescein
 
                         fluorescein
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         10mL 1X PBS
 
                         10mL 1X PBS
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         96 well plate
 
                         96 well plate
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <b>
+
                <b>
 
                         <span lang="EN-US">
 
                         <span lang="EN-US">
 
                           Method
 
                           Method
Line 572: Line 291:
 
                         </span>
 
                         </span>
 
                     </b>
 
                     </b>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <b>
+
                <b>
 
                         ——
 
                         ——
 
                         <span lang="EN-US">
 
                         <span lang="EN-US">
Line 582: Line 301:
 
                         </span>
 
                         </span>
 
                     </b>
 
                     </b>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Spin down fluorescein stock tube to make sure pellet is at the bottom of tube.
 
                         Spin down fluorescein stock tube to make sure pellet is at the bottom of tube.
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:15.75pt;mso-char-indent-count:1.5">
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:15.75pt;mso-char-indent-count:1.5">
        <span lang="EN-US" style="color:red">
+
                <span lang="EN-US" style="color:red">
 
                         (5000rpm, 5min)
 
                         (5000rpm, 5min)
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Prepare 2X fluorescein stock solution (100 µM) by resuspending fluorescein in 1 mL of 1X PBS.
 
                         Prepare 2X fluorescein stock solution (100 µM) by resuspending fluorescein in 1 mL of 1X PBS.
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Dilute the 2X fluorescein stock solution with 1X PBS to make a 1X fluorescein solution and resulting concentration of fluorescein
 
                         Dilute the 2X fluorescein stock solution with 1X PBS to make a 1X fluorescein solution and resulting concentration of fluorescein
 
                         stock solution 50 µM.
 
                         stock solution 50 µM.
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <b>
+
                <b>
 
                         ——
 
                         ——
 
                         <span lang="EN-US">
 
                         <span lang="EN-US">
Line 620: Line 339:
 
                         </span>
 
                         </span>
 
                     </b>
 
                     </b>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        ◻<span lang="EN-US">
+
                ◻<span lang="EN-US">
 
                     Add 100 µl of PBS</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                     Add 100 µl of PBS</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span>
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span>
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         into wells A2, B2, C2, D2....A12, B12,
 
                         into wells A2, B2, C2, D2....A12, B12,
 
                         C12, D12
 
                         C12, D12
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        ◻<span lang="EN-US">
+
                ◻<span lang="EN-US">
 
                     Add 200 µl</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                     Add 200 µl</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span> <span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span> <span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">of fluorescein 1X stock</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
 
                         &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">of fluorescein 1X stock</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         solution into A1, B1, C1, D1
 
                         solution into A1, B1, C1, D1
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Transfer 100 µl of fluorescein stock solution from A1 into A2.
 
                         Transfer 100 µl of fluorescein stock solution from A1 into A2.
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Mix A2 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A3…
 
                         Mix A2 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A3…
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Mix A3 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A4...
 
                         Mix A3 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A4...
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Mix A4 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A5...
 
                         Mix A4 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A5...
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Mix A5 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A6...
 
                         Mix A5 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A6...
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Mix A6 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A7...
 
                         Mix A6 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A7...
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Mix A7 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A8...
 
                         Mix A7 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A8...
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Mix A8 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A9...
 
                         Mix A8 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A9...
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Mix A9 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A10...
 
                         Mix A9 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A10...
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Mix A10 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A11...
 
                         Mix A10 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A11...
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        ◻<span lang="EN-US">
+
                ◻<span lang="EN-US">
 
                     Mix A11 by pipetting up and down 3X and transfer 100 µl into </span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
 
                     Mix A11 by pipetting up and down 3X and transfer 100 µl into </span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         liquid waste
 
                         liquid waste
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Repeat dilution series for rows B, C, D
 
                         Repeat dilution series for rows B, C, D
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Measure fluorescence of all samples in all standard measurement modes in
 
                         Measure fluorescence of all samples in all standard measurement modes in
 
                         instrument
 
                         instrument
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
       
+
               
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Record the data in your notebook
 
                         Record the data in your notebook
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        ◻<span lang="EN-US">
+
                ◻<span lang="EN-US">
 
                     Import data into Excel (fluorescein</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;
 
                     Import data into Excel (fluorescein</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;
                         mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US"> standard curve tab</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
+
                         mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US"> standard curve tab</span>
        <span lang="EN-US">
+
                <span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
 +
                <span lang="EN-US">
 
                         ) Sheet_1 provided
 
                         ) Sheet_1 provided
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <br>
+
            <br>
    <h2>Cell measurement</h2>
+
            <h2 id="cellmeasurement">Cell measurement</h2>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <b>
+
                <b>
 
                         <span lang="EN-US">
 
                         <span lang="EN-US">
 
                           Materials
 
                           Materials
Line 759: Line 479:
 
                         </span>
 
                         </span>
 
                     </b>
 
                     </b>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <i><span lang="EN-US">E.coli</span></i><span lang="EN-US"> K-12 DH5</span>α
+
                <i><span lang="EN-US">E.coli</span></i><span lang="EN-US"> K-12 DH5</span>α
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         component cells
 
                         component cells
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         LB (Luria Bertani) medium
 
                         LB (Luria Bertani) medium
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
                         Chloramphenicol (stock concentration<span style="color:red"> 30</span> mg/mL dissolved in EtOH - working stock <span style="color:red">30</span> ug/mL)
+
                         Chloramphenicol (stock concentration<span style="color:red"> 30</span> mg/mL dissolved
        <o:p></o:p>
+
                in EtOH - working stock <span style="color:red">30</span> ug/mL)
        </span>
+
                <o:p></o:p>
    </p>
+
                </span>
    <p class="MsoNormal">
+
            </p>
        <span lang="EN-US" style="color:red">
+
            <p class="MsoNormal">
 +
                <span lang="EN-US" style="color:red">
 
                         (This concentration
 
                         (This concentration
 
                         refers to one of our PIs, and it’s the common concentration in my lab.)
 
                         refers to one of our PIs, and it’s the common concentration in my lab.)
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US" style="color:red">
+
                <span lang="EN-US" style="color:red">
 
                         (The file can be download
 
                         (The file can be download
 
                         here:  
 
                         here:  
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         <a href="https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbjEzU0o4eVNYNWc">https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbjEzU0o4eVNYNWc</a>
 
                         <a href="https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbjEzU0o4eVNYNWc">https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbjEzU0o4eVNYNWc</a>
 
                         <span style="color:red">
 
                         <span style="color:red">
Line 800: Line 521:
 
                           <o:p></o:p>
 
                           <o:p></o:p>
 
                         </span>
 
                         </span>
        </span>
+
                </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US" style="color:red">
+
                <span lang="EN-US" style="color:red">
 
                         14 mL polypropylene
 
                         14 mL polypropylene
 
                         round-bottom tube with aluminum foil cover
 
                         round-bottom tube with aluminum foil cover
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US" style="color:red">
+
                <span lang="EN-US" style="color:red">
 
                         (Comparing with 50mL
 
                         (Comparing with 50mL
 
                         falcon tube, it is much more suitable for incubation, the reason is that its cover
 
                         falcon tube, it is much more suitable for incubation, the reason is that its cover
Line 816: Line 537:
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <br>
+
            <br>
    <br>
+
            <br>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
        <span lang="EN-US" style="color:red;mso-no-proof:yes">
+
                <span lang="EN-US" style="color:red;mso-no-proof:yes">
 
                         <!--[if gte vml 1]>
 
                         <!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shapetype id="_x0000_t75"
 
                         <v:shapetype id="_x0000_t75"
Line 848: Line 569:
 
                               o:title="IMG_1494"/>
 
                               o:title="IMG_1494"/>
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img align="center" width="248" height="330" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/f/fc/T--Shanghaitech--interlab6.jpg/449px-T--Shanghaitech--interlab6.jpg" v:shapes="图片_x0020_7"><!--[endif]--></span><span lang="EN-US" style="color:red">&nbsp;<!--[if gte vml 1]>
+
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img align="center" width="248" height="330" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/f/fc/T--Shanghaitech--interlab6.jpg/449px-T--Shanghaitech--interlab6.jpg" v:shapes="图片_x0020_7"><!--[endif]--></span>
 +
                <span lang="EN-US" style="color:red">&nbsp;
 +
                    <!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape
 
                         <v:shape
 
                           id="图片_x0020_8" o:spid="_x0000_i1025" type="#_x0000_t75" style='width:185.4pt;
 
                           id="图片_x0020_8" o:spid="_x0000_i1025" type="#_x0000_t75" style='width:185.4pt;
Line 854: Line 577:
 
                           <v:imagedata src="fhttps://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/2/2e/T--Shanghaitech--interlab7.jpg/180px-T--Shanghaitech--interlab7.jpg"/>
 
                           <v:imagedata src="fhttps://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/2/2e/T--Shanghaitech--interlab7.jpg/180px-T--Shanghaitech--interlab7.jpg"/>
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img align="center" width="247" height="330" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/2/2e/T--Shanghaitech--interlab7.jpg/180px-T--Shanghaitech--interlab7.jpg" v:shapes="图片_x0020_8"><!--[endif]--><o:p></o:p></span></p>
+
                         <![endif]-->
    <br>
+
                    <!--[if !vml]--><img align="center" width="247" height="330" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/2/2e/T--Shanghaitech--interlab7.jpg/180px-T--Shanghaitech--interlab7.jpg"
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Incubator at 37</span>℃<span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
                        v:shapes="图片_x0020_8">
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">1.5 mL eppendorf tubes for sample storage<o:p></o:p></span></p>
+
                    <!--[endif]-->
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Ice bucket with ice<o:p></o:p></span></p>
+
                    <o:p></o:p>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Pipettes<o:p></o:p></span></p>
+
                    </span>
    <p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">Method<o:p></o:p></span></b></p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">Day
+
            <br>
                           1: </span></b><span lang="EN-US">Transform </span><i><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">E.coli</span></i><i><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span></i><span lang="EN-US"> DH5</span>α<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Incubator at 37</span>℃<span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">1.5 mL eppendorf tubes for sample storage<o:p></o:p></span></p>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Ice bucket with ice<o:p></o:p></span></p>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Pipettes<o:p></o:p></span></p>
 +
            <p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">Method<o:p></o:p></span></b></p>
 +
            <p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">Day
 +
                           1: </span></b><span lang="EN-US">Transform </span><i><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">E.coli</span></i><i><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span></i>
 +
                <span lang="EN-US"> DH5</span>α<span lang="EN-US">
 
                           with eight kinds of plasmids from 2017 iGEM kit, plate 7.<o:p></o:p></span></p>
 
                           with eight kinds of plasmids from 2017 iGEM kit, plate 7.<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">Day
+
            <p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">Day
 
                           2: </span></b><span lang="EN-US">Pick 2 colonies from each of plate and inoculate
 
                           2: </span></b><span lang="EN-US">Pick 2 colonies from each of plate and inoculate
 
                           it on 5 mL LB medium + chloramphenicol <span style="color:red">in 14mL
 
                           it on 5 mL LB medium + chloramphenicol <span style="color:red">in 14mL
                           polypropylene round-bottom tube.</span> Grow the cells overnight for 18 hours at 37°C and 220 rpm.
+
                           polypropylene round-bottom tube.</span> Grow the cells overnight for 18 hours at 37°C and 220
        <o:p></o:p>
+
                rpm.
        </span>
+
                <o:p></o:p>
    </p>
+
                </span>
    <p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">Day
+
            </p>
 +
            <p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">Day
 
                           3</span></b><b><span style="font-family:
 
                           3</span></b><b><span style="font-family:
                           &quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">: </span></b><span lang="EN-US">Cell growth, sampling, and assay.<o:p></o:p></span></p>
+
                           &quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">: </span></b>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">Cell growth, sampling, and assay.
 +
                    <o:p></o:p>
 +
                    </span>
 +
            </p>
 +
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Set the instrument to read OD600 (as OD calibration setting)<o:p></o:p></span></p>
 
                           Set the instrument to read OD600 (as OD calibration setting)<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Measure OD600 of the overnight cultures<o:p></o:p></span></p>
 
                           Measure OD600 of the overnight cultures<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Record data in the notebook<o:p></o:p></span></p>
 
                           Record data in the notebook<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Import data into Excel (</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                           Import data into Excel (</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
                           &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">Dilution Calculation</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">) Sheet_1 provided<o:p></o:p></span></p>
+
                           &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">Dilution Calculation</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">) Sheet_1 provided
 +
                    <o:p></o:p>
 +
                    </span>
 +
            </p>
 +
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Dilute the cultures to a target OD</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;
 
                           Dilute the cultures to a target OD</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;
                           mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">600 of 0.02 in </span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US" style="color:red">5 m</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;
+
                           mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">600 of 0.02 in </span>
                           mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;;color:red">​</span><span lang="EN-US" style="color:red">L </span><span lang="EN-US">LB medium + Chloramphenicol 14mL
+
                <span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
                          polypropylene round-bottom tube with aluminum foil cover.<o:p></o:p></span></p>
+
                <span lang="EN-US" style="color:red">5 m</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:red">(Overmuch cultures in
+
                           mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;;color:red">​</span><span lang="EN-US" style="color:red">L </span>
 +
                <span lang="EN-US">LB medium + Chloramphenicol 14mL polypropylene round-bottom tube with aluminum foil cover.
 +
                        <o:p></o:p>
 +
                        </span>
 +
            </p>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:red">(Overmuch cultures in
 
                           tube leads to anaerobic environment. Therefore, about 1/3 cultures here.)</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
 
                           tube leads to anaerobic environment. Therefore, about 1/3 cultures here.)</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Incubate the cultures at 37°C and 220 rpm.<o:p></o:p></span></p>
 
                           Incubate the cultures at 37°C and 220 rpm.<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Take 500 µL samples of the cultures at 0, 2, 4, and 6 hours of incubation.<o:p></o:p></span></p>
 
                           Take 500 µL samples of the cultures at 0, 2, 4, and 6 hours of incubation.<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Place samples on ice.<o:p></o:p></span></p>
 
                           Place samples on ice.<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           At the end of sampling point, measure the samples (OD and Fl measurement).<o:p></o:p></span></p>
 
                           At the end of sampling point, measure the samples (OD and Fl measurement).<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Record data in the notebook.<o:p></o:p></span></p>
 
                           Record data in the notebook.<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
+
            <p class="MsoNormal">◻<span lang="EN-US">
 
                           Import data into Excel (</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
 
                           Import data into Excel (</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:
                           &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">cell measurement tab</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">) Sheet_1 provided.<o:p></o:p></span></p>
+
                           &quot;MS Gothic&quot;">​</span><span lang="EN-US">cell measurement tab</span><span style="font-family:&quot;MS Gothic&quot;;mso-bidi-font-family:&quot;MS Gothic&quot;">​</span>
    <h1 align="center">Results</h1>
+
                <span lang="EN-US">) Sheet_1 provided.
    <h2 align="center">Calibration —— OD600 reference point</h2>
+
                    <o:p></o:p>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
                    </span>
 +
            </p>
 +
            <h2 align="center">Results</h2>
 +
            <h3 align="center" id="calibrationod600">Calibration —— OD600 reference point</h3>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shapetype
 
                         <v:shapetype
 
                           id="_x0000_t75" coordsize="21600,21600" o:spt="75" o:preferrelative="t"
 
                           id="_x0000_t75" coordsize="21600,21600" o:spt="75" o:preferrelative="t"
Line 932: Line 680:
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]-->
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]-->
                           <p align="center"><img  align="center"  width="599" height="180" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/a/a4/T--Shanghaitech--interlab8.jpg" v:shapes="图片_x0020_9"></p><!--[endif]--></span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
                           <p align="center"><img  align="center"  width="599" height="180" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/a/a4/T--Shanghaitech--interlab8.jpg" v:shapes="图片_x0020_9"></p><!--[endif]--></span>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Raw data link: <a href="https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgTFlyeVRGeXlscGs">https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgTFlyeVRGeXlscGs</a><o:p></o:p></span></p>
+
                <span lang="EN-US">
    <br>
+
                    <o:p></o:p>
    <br>
+
                    </span>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
            </p>
    <h2 align="center">Calibration —— fluorescein fluorescence standard curve</h2>
+
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Raw data link: <a href="https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgTFlyeVRGeXlscGs">https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgTFlyeVRGeXlscGs</a><o:p></o:p></span></p>
    <br>
+
            <br>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <br>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
 +
            <h3 align="center" id="calibrationflorescein">Calibration —— fluorescein fluorescence standard curve</h3>
 +
            <br>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape
 
                         <v:shape
 
                           id="图片_x0020_10" o:spid="_x0000_i1026" type="#_x0000_t75" style='width:415.8pt;
 
                           id="图片_x0020_10" o:spid="_x0000_i1026" type="#_x0000_t75" style='width:415.8pt;
Line 945: Line 697:
 
                           <v:imagedata src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/a/a0/T--Shanghaitech--interlab9.jpg"/>
 
                           <v:imagedata src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/a/a0/T--Shanghaitech--interlab9.jpg"/>
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><p align="center"><img  align="center" border="0" width="800" height="300" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/a/a0/T--Shanghaitech--interlab9.jpg" v:shapes="图片_x0020_10"></p><!--[endif]--></span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><p align="center"><img  align="center" border="0" width="800" height="300" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/a/a0/T--Shanghaitech--interlab9.jpg" v:shapes="图片_x0020_10"></p><!--[endif]--></span>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Raw data link: <a href="https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgVGl6RG1aQ1dxVFE">https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgVGl6RG1aQ1dxVFE</a><o:p></o:p></span></p>
+
                <span lang="EN-US">
    <br>
+
                    <o:p></o:p>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
                    </span>
 +
            </p>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Raw data link: <a href="https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgVGl6RG1aQ1dxVFE">https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgVGl6RG1aQ1dxVFE</a><o:p></o:p></span></p>
 +
            <br>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape
 
                         <v:shape
 
                           id="图片_x0020_11" o:spid="_x0000_i1025" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;
 
                           id="图片_x0020_11" o:spid="_x0000_i1025" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;
Line 954: Line 710:
 
                           <v:imagedata src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/f/f9/T--Shanghaitech--interlab10.jpg/314px-T--Shanghaitech--interlab10.jpg"/>
 
                           <v:imagedata src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/f/f9/T--Shanghaitech--interlab10.jpg/314px-T--Shanghaitech--interlab10.jpg"/>
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><p align="center"><img border="0" width="554" height="424" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/f/f9/T--Shanghaitech--interlab10.jpg/314px-T--Shanghaitech--interlab10.jpg" v:shapes="图片_x0020_11"></p><!--[endif]--></span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><p align="center"><img border="0" width="554" height="424" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/f/f9/T--Shanghaitech--interlab10.jpg/314px-T--Shanghaitech--interlab10.jpg" v:shapes="图片_x0020_11"></p><!--[endif]--></span>
    <br>
+
                <span lang="EN-US">
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; According
+
                    <o:p></o:p>
 +
                    </span>
 +
            </p>
 +
            <br>
 +
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; According
 
                           to the diagram above, we can notice that when the concentration of fluorescein
 
                           to the diagram above, we can notice that when the concentration of fluorescein
 
                           is high (</span>><span lang="EN-US">10</span>μ<span lang="EN-US">M), the curve
 
                           is high (</span>><span lang="EN-US">10</span>μ<span lang="EN-US">M), the curve
Line 962: Line 722:
 
                           other iGEM team, as expected, this is a common question. Referring to some materials,
 
                           other iGEM team, as expected, this is a common question. Referring to some materials,
 
                           we give two possible explanations:<o:p></o:p></span></p>
 
                           we give two possible explanations:<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">——<span lang="EN-US">When concentration is too high, light cannot
+
            <p class="MsoNormal">——<span lang="EN-US">When concentration is too high, light cannot
 
                           pass through the sample to cause excitation, thus very high concentrations can
 
                           pass through the sample to cause excitation, thus very high concentrations can
 
                           have very low fluorescence.<o:p></o:p></span></p>
 
                           have very low fluorescence.<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal">——<span lang="EN-US">The surface portion of sample nearest the
+
            <p class="MsoNormal">——<span lang="EN-US">The surface portion of sample nearest the
 
                           light absorbs too much light, little is available for the rest portion of the
 
                           light absorbs too much light, little is available for the rest portion of the
 
                           sample; thus the readings will not be linear, though the measurement will be
 
                           sample; thus the readings will not be linear, though the measurement will be
 
                           within the range of a calibration curve.<o:p></o:p></span></p>
 
                           within the range of a calibration curve.<o:p></o:p></span></p>
    <br>
+
            <br>
    <br>
+
            <br>
    <h2 align="center">Cell measurement</h2>
+
            <h2 align="center" id="cellmeasurement2">Cell measurement</h2>
    <br>
+
            <br>
    <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Raw data link: <a href="https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbnNJRVpOaUJLZVU">https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbnNJRVpOaUJLZVU</a><o:p></o:p></span></p>
+
            <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Raw data link: <a href="https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbnNJRVpOaUJLZVU">https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbnNJRVpOaUJLZVU</a><o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">All the raw data
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">All the raw data
 
                           and following tables refer to the wells arrangement of iGEM protocal below:<o:p></o:p></span></p>
 
                           and following tables refer to the wells arrangement of iGEM protocal below:<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shapetype id="_x0000_t75"
 
                         <v:shapetype id="_x0000_t75"
 
                           coordsize="21600,21600" o:spt="75" o:preferrelative="t" path="m@4@5l@4@11@9@11@9@5xe"
 
                           coordsize="21600,21600" o:spt="75" o:preferrelative="t" path="m@4@5l@4@11@9@11@9@5xe"
Line 1,005: Line 765:
 
                               o:title=""/>
 
                               o:title=""/>
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="476" height="386" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/b/ba/T--Shanghaitech--interlab11.jpg" v:shapes="图片_x0020_12"><!--[endif]--></span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="476" height="386" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/b/ba/T--Shanghaitech--interlab11.jpg" v:shapes="图片_x0020_12"><!--[endif]--></span>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
                <span lang="EN-US">
    <h2><span lang="EN-US">Results:<o:p></o:p></span></h2>
+
                    <o:p></o:p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
                    </span>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 </span>——<span lang="EN-US"> 0h<o:p></o:p></span></b></p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
 +
            <h3 id="results"><span lang="EN-US">Results:<o:p></o:p></span></h3>
 +
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
 +
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 </span>——<span lang="EN-US"> 0h<o:p></o:p></span></b></p>
 +
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_13"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_13"
 
                           o:spid="_x0000_i1035" type="#_x0000_t75" style='width:415.8pt;height:86.4pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1035" type="#_x0000_t75" style='width:415.8pt;height:86.4pt;
Line 1,017: Line 781:
 
                               o:title=""/>
 
                               o:title=""/>
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="115" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/0/05/T--Shanghaitech--interlab12.jpg/799px-T--Shanghaitech--interlab12.jpg" v:shapes="图片_x0020_13"><!--[endif]--></span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="115" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/0/05/T--Shanghaitech--interlab12.jpg/799px-T--Shanghaitech--interlab12.jpg" v:shapes="图片_x0020_13"><!--[endif]--></span>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 </span>——<span lang="EN-US"> 2h<o:p></o:p></span></b></p>
+
                <span lang="EN-US">
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
                    <o:p></o:p>
 +
                    </span>
 +
            </p>
 +
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 </span>——<span lang="EN-US"> 2h<o:p></o:p></span></b></p>
 +
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_14"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_14"
 
                           o:spid="_x0000_i1034" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:85.8pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1034" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:85.8pt;
Line 1,027: Line 795:
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="114" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/9/9a/T--Shanghaitech--interlab13.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab13.jpg" v:shapes="图片_x0020_14"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="114" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/9/9a/T--Shanghaitech--interlab13.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab13.jpg" v:shapes="图片_x0020_14"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 </span>——<span lang="EN-US"> 4h<o:p></o:p></span></b></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 </span>——<span lang="EN-US"> 4h<o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_15"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_15"
 
                           o:spid="_x0000_i1033" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:87pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1033" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:87pt;
Line 1,036: Line 804:
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="116" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/0/0c/T--Shanghaitech--interlab14.jpg/799px-T--Shanghaitech--interlab14.jpg" v:shapes="图片_x0020_15"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="116" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/0/0c/T--Shanghaitech--interlab14.jpg/799px-T--Shanghaitech--interlab14.jpg" v:shapes="图片_x0020_15"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 </span>——<span lang="EN-US"> 6h<o:p></o:p></span></b></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 </span>——<span lang="EN-US"> 6h<o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_16"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_16"
 
                           o:spid="_x0000_i1032" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:86.4pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1032" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:86.4pt;
Line 1,044: Line 812:
 
                               o:title=""/>
 
                               o:title=""/>
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="115" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/7/77/T--Shanghaitech--interlab15.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab15.jpg" v:shapes="图片_x0020_16"><!--[endif]--></span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="115" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/7/77/T--Shanghaitech--interlab15.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab15.jpg" v:shapes="图片_x0020_16"><!--[endif]--></span>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
                <span lang="EN-US">
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence </span>—— <span lang="EN-US">0h<o:p></o:p></span></b></p>
+
                    <o:p></o:p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
                    </span>
 +
            </p>
 +
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
 +
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence </span>—— <span lang="EN-US">0h<o:p></o:p></span></b></p>
 +
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_17"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_17"
 
                           o:spid="_x0000_i1031" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:86.4pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1031" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:86.4pt;
Line 1,055: Line 827:
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="115" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/0/0d/T--Shanghaitech--interlab16.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab16.jpg" v:shapes="图片_x0020_17"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="115" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/0/0d/T--Shanghaitech--interlab16.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab16.jpg" v:shapes="图片_x0020_17"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence </span>—— <span lang="EN-US">2h<o:p></o:p></span></b></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence </span>—— <span lang="EN-US">2h<o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_18"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_18"
 
                           o:spid="_x0000_i1030" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:87pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1030" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:87pt;
Line 1,064: Line 836:
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="116" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/b/bb/T--Shanghaitech--interlab17.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab17.jpg" v:shapes="图片_x0020_18"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="116" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/b/bb/T--Shanghaitech--interlab17.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab17.jpg" v:shapes="图片_x0020_18"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence </span>—— <span lang="EN-US">4h<o:p></o:p></span></b></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence </span>—— <span lang="EN-US">4h<o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_19"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_19"
 
                           o:spid="_x0000_i1029" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:86.4pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1029" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:86.4pt;
Line 1,073: Line 845:
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="115" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/0/0e/T--Shanghaitech--interlab18.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab18.jpg" v:shapes="图片_x0020_19"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="115" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/0/0e/T--Shanghaitech--interlab18.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab18.jpg" v:shapes="图片_x0020_19"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence </span>—— <span lang="EN-US">6h<o:p></o:p></span></b></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence </span>—— <span lang="EN-US">6h<o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_24"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_24"
 
                           o:spid="_x0000_i1028" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:87pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1028" type="#_x0000_t75" style='width:415.2pt;height:87pt;
Line 1,082: Line 854:
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="116" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/c/cf/T--Shanghaitech--interlab19.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab19.jpg" v:shapes="图片_x0020_24"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="554" height="116" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/c/cf/T--Shanghaitech--interlab19.jpg/800px-T--Shanghaitech--interlab19.jpg" v:shapes="图片_x0020_24"><!--[endif]--></span><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><b><span lang="EN-US">&nbsp;</span></b></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><b><span lang="EN-US">&nbsp;</span></b></p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">The curve are
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">The curve are
 
                           shown below:<o:p></o:p></span></p>
 
                           shown below:<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 0</span>——<span lang="EN-US">6 h<o:p></o:p></span></b></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">OD600 0</span>——<span lang="EN-US">6 h<o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_20"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_20"
 
                           o:spid="_x0000_i1027" type="#_x0000_t75" style='width:338.4pt;height:507.6pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1027" type="#_x0000_t75" style='width:338.4pt;height:507.6pt;
Line 1,094: Line 866:
 
                               o:title="OD600"/>
 
                               o:title="OD600"/>
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="451" height="677" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/2/2c/T--Shanghaitech--interlab20.jpg/399px-T--Shanghaitech--interlab20.jpg" v:shapes="图片_x0020_20"><!--[endif]--></span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="451" height="677" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/2/2c/T--Shanghaitech--interlab20.jpg/399px-T--Shanghaitech--interlab20.jpg" v:shapes="图片_x0020_20"><!--[endif]--></span>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">We find that
+
                <span lang="EN-US">
 +
                    <o:p></o:p>
 +
                    </span>
 +
            </p>
 +
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">We find that
 
                           Positive Control and Test Device 1 have a lower OD600 value at 2h and 4h.
 
                           Positive Control and Test Device 1 have a lower OD600 value at 2h and 4h.
 
                           According to the fluorescence curve, we suppose the more efficient GFP
 
                           According to the fluorescence curve, we suppose the more efficient GFP
Line 1,101: Line 877:
 
                           speaking, all the eight kinds of bacteria have the similar growth condition
 
                           speaking, all the eight kinds of bacteria have the similar growth condition
 
                           during 0</span>——<span lang="EN-US">6 h.<o:p></o:p></span></p>
 
                           during 0</span>——<span lang="EN-US">6 h.<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence 0</span>——<span lang="EN-US">6 h<o:p></o:p></span></b></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence 0</span>——<span lang="EN-US">6 h<o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape
 
                         <v:shape
 
                           id="图片_x0020_21" o:spid="_x0000_i1026" type="#_x0000_t75" style='width:315pt;
 
                           id="图片_x0020_21" o:spid="_x0000_i1026" type="#_x0000_t75" style='width:315pt;
Line 1,111: Line 887:
 
                         </v:shape>
 
                         </v:shape>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="420" height="630" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/9/99/T--Shanghaitech--interlab21.jpg/399px-T--Shanghaitech--interlab21.jpg" v:shapes="图片_x0020_21"><!--[endif]--></span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="420" height="630" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/thumb/9/99/T--Shanghaitech--interlab21.jpg/399px-T--Shanghaitech--interlab21.jpg" v:shapes="图片_x0020_21"><!--[endif]--></span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">According to the
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">According to the
 
                           diagram above, we can find distinctly that Positive Control</span>、<span lang="EN-US"> Test Device 1 and Test Device 4 have more efficient GFP expression
 
                           diagram above, we can find distinctly that Positive Control</span>、<span lang="EN-US"> Test Device 1 and Test Device 4 have more efficient GFP expression
 
                           than the others.<o:p></o:p></span></p>
 
                           than the others.<o:p></o:p></span></p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence/OD600 0</span>——<span lang="EN-US">6 h<o:p></o:p></span></b></p>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><b><span lang="EN-US">Fluorescence/OD600 0</span>——<span lang="EN-US">6 h<o:p></o:p></span></b></p>
    <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
+
            <p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;text-indent:21.0pt"><span lang="EN-US"><!--[if gte vml 1]>
 
                         <v:shape id="图片_x0020_22"
 
                         <v:shape id="图片_x0020_22"
 
                           o:spid="_x0000_i1025" type="#_x0000_t75" style='width:305.4pt;height:407.4pt;
 
                           o:spid="_x0000_i1025" type="#_x0000_t75" style='width:305.4pt;height:407.4pt;
Line 1,124: Line 900:
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="407" height="543" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/f/f9/T--Shanghaitech--interlab22.jpg" v:shapes="图片_x0020_22"><!--[endif]-->
 
                         <![endif]--><!--[if !vml]--><img width="407" height="543" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/f/f9/T--Shanghaitech--interlab22.jpg" v:shapes="图片_x0020_22"><!--[endif]-->
 
                     </span>
 
                     </span>
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt">
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Generally speaking,
 
                         Generally speaking,
 
                         the fluorescence/OD600 value means the amount of GFP in each bacterium, thus,
 
                         the fluorescence/OD600 value means the amount of GFP in each bacterium, thus,
Line 1,135: Line 911:
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal">
+
            <p class="MsoNormal">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         the diagram shows the fluorescence/OD600
 
                         the diagram shows the fluorescence/OD600
 
                         results among the six devices:
 
                         results among the six devices:
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal" align="left">
+
            <p class="MsoNormal" align="left">
        <span lang="EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Test Device 1 </span>> <span lang="EN-US">Test
+
                <span lang="EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Test Device 1 </span>> <span lang="EN-US">Test
 
                     Device 2 </span>>
 
                     Device 2 </span>>
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Test Device 3
 
                         Test Device 3
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal" align="left" style="text-indent: 21pt;">
+
            <p class="MsoNormal" align="left" style="text-indent: 21pt;">
        <span lang="EN-US">Test Device 4 </span>> <span lang="EN-US">Test Device 5 </span>>
+
                <span lang="EN-US">Test Device 4 </span>> <span lang="EN-US">Test Device 5 </span>>
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         Test Device 6
 
                         Test Device 6
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
+
            </p>
    <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt">
+
            <p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt">
        <span lang="EN-US">
+
                <span lang="EN-US">
 
                         The results correspond
 
                         The results correspond
 
                         to the prediction, which means that our data is strict and reliable.
 
                         to the prediction, which means that our data is strict and reliable.
 
                         <o:p></o:p>
 
                         <o:p></o:p>
 
                     </span>
 
                     </span>
    </p>
 
 
 
 
 
 
</div>
 
  </div>
 
 
 
 
 
 
  <footer class="footer-distributed">
 
        <div class="footer-left">
 
            <h3>Company<span>logo</span></h3>
 
            <br>
 
            <br>
 
            <p class="footer-links">
 
                <a href="#">Home</a> ·
 
                <a href="#">Drylab</a> ·
 
                <a href="#">Human Practice</a> ·
 
                <a href="#">Modeling</a> ·
 
                <a href="#">Team</a> ·
 
                <a href="#">Judge</a>
 
 
             </p>
 
             </p>
            <br>
 
            <br>
 
            <br>
 
            <br>
 
            <p class="footer-company-name">&copy;Copyright 2017 Shanghaitech_Igem | Made by hyp | All rights reserved</p>
 
 
         </div>
 
         </div>
        <div class="footer-center">
+
    </div>
            <div>
+
                <i class="fa fa-map-marker"></i>
+
                <p><span>393 Middle Huaxia Road</span> Pudong, Shanghai, 201210</p>
+
            </div>
+
            <div>
+
                <i class="fa fa-phone"></i>
+
                <p>+86 189 3077 2686</p>
+
            </div>
+
            <div>
+
                <i class="fa fa-envelope"></i>
+
                <p><a href="mailto:sypongoaoeng+igem@gmail.com">sypongoaoeng+igem@gmail.com</a></p>
+
            </div>
+
        </div>
+
        <div class="footer-right">
+
            <p class="footer-company-about">
+
                <span>About Us</span> Lorem ipsum dolor sit amet, consectateur adispicing elit. Fusce euismod convallis velit, eu auctor lacus vehicula sit amet.
+
            </p>
+
            <div class="footer-icons">
+
                <a href="#"><i class="fa fa-facebook"></i></a>
+
                <a href="#"><i class="fa fa-youtube"></i></a>
+
                <a href="#"><i class="fa fa-wechat"></i></a>
+
                <a href="#"><i class="fa fa-github"></i></a>
+
            </div>
+
        </div>
+
    </footer>
+
 
</body>
 
</body>
<script>
 
function openNav() {
 
    document.getElementById("mySidenav").style.width = "250px";
 
}
 
openNav()
 
 
function closeNav() {
 
    document.getElementById("mySidenav").style.width = "0";
 
}
 
</script>
 
    <style>
 
    .sidenav {
 
        height: 50%;
 
        width: 0;
 
        position: fixed;
 
        z-index: 1;
 
        top: 0;
 
        right: 0;
 
        background-color: #F4E6CF;
 
 
        overflow-x: hidden;
 
        transition: 0.5s;
 
        padding-top: 40px;
 
        margin: 200px -6px 0 100px;
 
    }
 
 
    .sidenav a {
 
    /*侧边栏调整字体距离框的距离*/
 
        padding: 10px 50px 15px 100px;
 
        text-decoration: none;
 
        font-size: 20px;
 
        color: #818181;
 
        display: block;
 
        transition: 0.3s;
 
    }
 
 
    .sidenav a:hover {
 
        color: #f1f1f1;
 
    }
 
 
    .sidenav .closebtn {
 
        position: absolute;
 
        top: -15px;
 
        right: -30px;
 
        font-size: 36px;
 
        margin-left: 50px;
 
    }
 
  
    @media screen and (max-height: 450px) {
 
        .sidenav {
 
            padding-top: 15px;
 
        }
 
        .sidenav a {
 
            font-size: 18px;
 
        }
 
    }
 
    </style>
 
 
 
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 03:51, 2 November 2017

InterLab

Abstract


Repeatability is one of the most important part of biological experiment, however, it’s difficult to repeat the measurement data in different labs. As for the measurement of fluorescence, it can be influenced by various factors: bacterial strain, culture medium, plate reader and so on. Therefore, following a standard protocol strictly is one of the guarantee of the repeatable experimental conclusion. This year, we use plate reader rather than flow cytometry in 2016 (click here to view). Except for individual settings, we follow the standard protocol by iGEM authority completely, the data is reliable.

Plasmids and the prediction of results

All the eight plasmids are shown below:




From the table above, there are three different constitutive promotors (pcons) and two different ribosome binding sites (RBSs), which form six different combinations as Test Device 1-8.





According to the data of iGEM parts, we know that the strength of these three pcons: J23101J23106 J23117. However, there lacks the reliable data of the strength of pcon (J23151) and the comparison of three RBSs (B0032, B0034, J364100). In conclusion, we predict the result of the Interlab fluorescence measurement:

       Test Device 1 Test Device 2 Test Device 3

Test Device 4 Test Device 5 Test Device 6

All the plasmid sequences (.dna file) can be download from: https://drive.google.com/file/d/0Bxb6U-RiSYsgQ1pTU0FsTG1SY1k/view?usp=sharing



Component cell strain & 96 well plate & Plate reader



Component cell strain

Brand: 康为世纪 (cwbiotech)

Strain: E.coli K-12 DH5α

96 well plate

Brand: Corning

-Black plate

-Flat-bottomed wells

Plate reader

Brand: BioTek

Instrument model: Cytation 5

Serial number: 1511021F

Pathlength correction: No

Number of flashes per well: 10

Orbital averaging (mm): 3.5

Fluorescence reading: top optic

Filter: Yes

Excitation wavelength (nm): 485/9

Emission wavelength (nm): 528/9



Protocol

(Some of the following steps are different from standard protocol from iGEM authority, the changes and the reasons are shown as red.)

 

Calibration —— OD600 reference point

Materials

1ml LUDOX

ddH2O

96 well plate

Method

Add 100 µl LUDOX into wells A1, B1, C1, D1

Add 100 µl of H2 O into wells A2, B2, C2, D2

Measure absorbance 600 nm of all samples in all standard measurement modes in instrument

Record the data in the table below

Import data into Excel (OD600 reference point tab ) Sheet_1 provided

 

Calibration —— fluorescein fluorescence standard curve

Materials

fluorescein

10mL 1X PBS

96 well plate

Method

—— Prepare the fluorescein stock solution

Spin down fluorescein stock tube to make sure pellet is at the bottom of tube.

(5000rpm, 5min)

Prepare 2X fluorescein stock solution (100 µM) by resuspending fluorescein in 1 mL of 1X PBS.

Dilute the 2X fluorescein stock solution with 1X PBS to make a 1X fluorescein solution and resulting concentration of fluorescein stock solution 50 µM.

—— Prepare the serial dilutions of fluorescein

Add 100 µl of PBS into wells A2, B2, C2, D2....A12, B12, C12, D12

Add 200 µl of fluorescein 1X stock solution into A1, B1, C1, D1

Transfer 100 µl of fluorescein stock solution from A1 into A2.

Mix A2 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A3…

Mix A3 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A4...

Mix A4 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A5...

Mix A5 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A6...

Mix A6 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A7...

Mix A7 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A8...

Mix A8 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A9...

Mix A9 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A10...

Mix A10 by pipetting up and down 3x and transfer 100 µl into A11...

Mix A11 by pipetting up and down 3X and transfer 100 µl into liquid waste

Repeat dilution series for rows B, C, D

Measure fluorescence of all samples in all standard measurement modes in instrument

Record the data in your notebook

Import data into Excel (fluorescein standard curve tab ) Sheet_1 provided


Cell measurement

Materials

E.coli K-12 DH5α component cells

LB (Luria Bertani) medium

Chloramphenicol (stock concentration 30 mg/mL dissolved in EtOH - working stock 30 ug/mL)

(This concentration refers to one of our PIs, and it’s the common concentration in my lab.)

(The file can be download here:

https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbjEzU0o4eVNYNWc )

14 mL polypropylene round-bottom tube with aluminum foil cover

(Comparing with 50mL falcon tube, it is much more suitable for incubation, the reason is that its cover isn’t completely closed which can make the oxygen entry freely, so the E.coli can be incubated in an aerobic environment.)



 


Incubator at 37

1.5 mL eppendorf tubes for sample storage

Ice bucket with ice

Pipettes

Method

Day 1: Transform E.coli DH5α with eight kinds of plasmids from 2017 iGEM kit, plate 7.

Day 2: Pick 2 colonies from each of plate and inoculate it on 5 mL LB medium + chloramphenicol in 14mL polypropylene round-bottom tube. Grow the cells overnight for 18 hours at 37°C and 220 rpm.

Day 3: Cell growth, sampling, and assay.

Set the instrument to read OD600 (as OD calibration setting)

Measure OD600 of the overnight cultures

Record data in the notebook

Import data into Excel (Dilution Calculation ) Sheet_1 provided

Dilute the cultures to a target OD600 of 0.02 in 5 mL LB medium + Chloramphenicol 14mL polypropylene round-bottom tube with aluminum foil cover.

(Overmuch cultures in tube leads to anaerobic environment. Therefore, about 1/3 cultures here.)

Incubate the cultures at 37°C and 220 rpm.

Take 500 µL samples of the cultures at 0, 2, 4, and 6 hours of incubation.

Place samples on ice.

At the end of sampling point, measure the samples (OD and Fl measurement).

Record data in the notebook.

Import data into Excel (cell measurement tab ) Sheet_1 provided.

Results

Calibration —— OD600 reference point

Raw data link: https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgTFlyeVRGeXlscGs



 

Calibration —— fluorescein fluorescence standard curve


Raw data link: https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgVGl6RG1aQ1dxVFE



       According to the diagram above, we can notice that when the concentration of fluorescein is high (10μM), the curve doesn’t follow linear relation. As for this problem, we have communicated with other iGEM team, as expected, this is a common question. Referring to some materials, we give two possible explanations:

——When concentration is too high, light cannot pass through the sample to cause excitation, thus very high concentrations can have very low fluorescence.

——The surface portion of sample nearest the light absorbs too much light, little is available for the rest portion of the sample; thus the readings will not be linear, though the measurement will be within the range of a calibration curve.



Cell measurement


Raw data link: https://drive.google.com/open?id=0Bxb6U-RiSYsgbnNJRVpOaUJLZVU

All the raw data and following tables refer to the wells arrangement of iGEM protocal below:

 

 

 

Results:

 

OD600 —— 0h

OD600 —— 2h

OD600 —— 4h

OD600 —— 6h

 

Fluorescence —— 0h

Fluorescence —— 2h

Fluorescence —— 4h

Fluorescence —— 6h

 

The curve are shown below:

 

OD600 0——6 h

We find that Positive Control and Test Device 1 have a lower OD600 value at 2h and 4h. According to the fluorescence curve, we suppose the more efficient GFP expression (strong promotor and RBS) leads to the less OD600 value. Generally speaking, all the eight kinds of bacteria have the similar growth condition during 0——6 h.

 

Fluorescence 0——6 h

According to the diagram above, we can find distinctly that Positive Control Test Device 1 and Test Device 4 have more efficient GFP expression than the others.

 

Fluorescence/OD600 0——6 h

Generally speaking, the fluorescence/OD600 value means the amount of GFP in each bacterium, thus, this value can represent the GFP expression strength than fluorescence value.

the diagram shows the fluorescence/OD600 results among the six devices:

       Test Device 1 Test Device 2 Test Device 3

Test Device 4 Test Device 5 Test Device 6

The results correspond to the prediction, which means that our data is strict and reliable.