Difference between revisions of "Team:NEU-China/Design"

 
(9 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 33: Line 33:
 
          
 
          
 
         <body>
 
         <body>
−
                 <header id="header">    
+
                 <header id="header">
 
                         <div class="navbar navbar-inverse" role="banner">
 
                         <div class="navbar navbar-inverse" role="banner">
 
                             <div class="container">
 
                             <div class="container">
Line 45: Line 45:
 
                  
 
                  
 
                                     <a class="navbar-brand" href="index.html">
 
                                     <a class="navbar-brand" href="index.html">
−
                                         <h1><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/4/4d/NEU-China-logo.png" alt="logo"></h1>
+
                                         <h1>
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/4/4d/NEU-China-logo.png" alt="logo">
 +
                                        </h1>
 
                                     </a>
 
                                     </a>
−
                                   
+
               
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="collapse navbar-collapse">
 
                                 <div class="collapse navbar-collapse">
−
                                     <ul class="nav navbar-nav navbar-right">
+
                                     <ul class="nav navbar-nav navbar-right" style="margin-left: 0px;">
−
           
+
               
−
                                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China">Home</a></li>
+
                                         <li>
−
           
+
                                            <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China">Home</a>
−
                                         <li class="dropdown"><a href="#">Project <i class="fa fa-angle-down"></i></a>
+
                                        </li>
 +
               
 +
                                         <li class="dropdown">
 +
                                            <a href="#">Project
 +
                                                <i class="fa fa-angle-down"></i>
 +
                                            </a>
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
−
           
+
               
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Background">Background</a></li>
+
                                                 <li>
−
 
+
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Background">Background</a>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Description">Description</a></li>
+
                                                </li>
−
           
+
               
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Design">Design</a></li>
+
                                                 <li>
−
           
+
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Description">Description</a>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Experiments">Experiment &amp; Results</a></li>
+
                                                </li>
−
           
+
               
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Demonstrate">Demostrate</a></li>
+
                                                 <li>
−
                                                  
+
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Design">Design</a>
 +
                                                </li>
 +
               
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Experiments">Experiment &amp; Results</a>
 +
                                                </li>
 +
               
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Demonstrate">Demostrate</a>
 +
                                                </li>
 +
       
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Model">Model</a>
 +
                                                </li>
 +
               
 
                                             </ul>
 
                                             </ul>
−
                                         </li>  
+
                                         </li>
−
 
+
               
−
                                         <li class="dropdown"><a href="#">Notebook <i class="fa fa-angle-down"></i></a>
+
                                         <li class="dropdown">
 +
                                            <a href="#">Notebook
 +
                                                <i class="fa fa-angle-down"></i>
 +
                                            </a>
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Progress">Progress</a></li>
+
                                                 <li>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Protocol">Protocol</a></li>
+
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Progress">Progress</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Protocol">Protocol</a>
 +
                                                </li>
 
                                             </ul>
 
                                             </ul>
−
                                         </li>  
+
                                         </li>
−
 
+
               
−
                                         <li class="dropdown"><a href="#">Parts <i class="fa fa-angle-down"></i></a>
+
                                         <li class="dropdown">
 +
                                            <a href="#">Parts
 +
                                                <i class="fa fa-angle-down"></i>
 +
                                            </a>
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Parts">Our Parts</a></li>
+
                                                 <li>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/BiobricksForMedal">Biobricks For Medal</a></li>
+
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Parts">Our Parts</a>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Basic_Part">Basic Parts</a></li>
+
                                                </li>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Safety">Safety</a></li>
+
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/BiobricksForMedal">Biobricks For Medal</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Basic_Part">Basic Parts</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Safety">Safety</a>
 +
                                                </li>
 
                                             </ul>
 
                                             </ul>
−
                                         </li>  
+
                                         </li>
−
 
+
               
−
                                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/InterLab">InterLab </a></li>
+
                                         <li>
−
 
+
                                            <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/InterLab">InterLab </a>
−
                                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Collaborations">Collaborations </a></li>
+
                                        </li>
−
                                       
+
               
−
                                         <li class="dropdown"><a href="#">Human Practices <i class="fa fa-angle-down"></i></a>
+
                                         <li>
 +
                                            <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Collaborations">Collaborations </a>
 +
                                        </li>
 +
               
 +
                                         <li class="dropdown">
 +
                                            <a href="#">Human Practices
 +
                                                <i class="fa fa-angle-down"></i>
 +
                                            </a>
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
−
                                                   
+
               
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Human_Practices">Human Practices</a></li>
+
                                                 <li>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/HP/Silver">Silver</a></li>
+
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Human_Practices">Human Practices</a>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/HP/Gold_Integrated">Gold</a></li>
+
                                                </li>
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/HP/Silver">Silver</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/HP/Gold_Integrated">Gold</a>
 +
                                                </li>
 
                                             </ul>
 
                                             </ul>
−
                                         </li>  
+
                                         </li>
−
                                         <li class="dropdown"><a href="#">Lab <i class="fa fa-angle-down"></i></a>
+
                                         <li class="dropdown">
 +
                                            <a href="#">Lab
 +
                                                <i class="fa fa-angle-down"></i>
 +
                                            </a>
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
 
                                             <ul role="menu" class="sub-menu">
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Team">Team</a></li>
+
                                                 <li>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Attributions">Attributions</a></li>
+
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Team">Team</a>
−
                                                 <li><a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/LabLife">Lab Life</a></li>
+
                                                </li>
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/Attributions">Attributions</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                 <li>
 +
                                                    <a href="https://2017.igem.org/Team:NEU-China/LabLife">Lab Life</a>
 +
                                                </li>
 
                                             </ul>
 
                                             </ul>
−
                                         </li>  
+
                                         </li>
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                               
+
               
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </header>
 
                     </header>
 
                     <!--/#header-->
 
                     <!--/#header-->
 +
       
 
      
 
      
 
             <section id="page-breadcrumb">
 
             <section id="page-breadcrumb">
Line 201: Line 263:
 
                                                         </th>
 
                                                         </th>
 
                                                         <th style="text-align: center">
 
                                                         <th style="text-align: center">
−
                                                                 Binding sequence
+
                                                                 Targeting sequence
−
                                                        </th>
+
−
                                                        <th style="text-align: center">
+
−
                                                                Position
+
 
                                                         </th>
 
                                                         </th>
 +
                                                     
 
                                                         <th style="text-align: center">
 
                                                         <th style="text-align: center">
 
                                                                 Function
 
                                                                 Function
Line 214: Line 274:
 
                      
 
                      
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                             <td>GNAL</td>
+
                                                             <td>GNAL-sg#1</td>
 
                                                             <td>GAAACAATTCTCGTGTAAAA</td>
 
                                                             <td>GAAACAATTCTCGTGTAAAA</td>
−
                                                             <td>Sense sequence</td>
+
                                                              
−
                                                             <td colspan="3">cloning into lenti sgRNA(MS2)-puro backbone vector for  CRISPRa（gRNA）</td>
+
                                                             <td rowspan="2" style="vertical-align: middle">
 +
                                                                    Encodes a stimulatory <br>
 +
                                                                    G protein alpha subunit <br>
 +
                                                                    which mediates odorant signaling <br>
 +
                                                                    in the olfactory epithelium.
 +
                                                           
 +
                                                            </td>
 
                                                      
 
                                                      
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                             <td>GNAL</td>
+
                                                             <td>GNAL-sg#2</td>
 
                                                             <td>CGTCTCCGTTCATTGTGCTG</td>
 
                                                             <td>CGTCTCCGTTCATTGTGCTG</td>
−
                                                            <td>Antisense sequence</td>
+
                                                         
 
                                                              
 
                                                              
 
                                                         </tr>
 
                                                         </tr>
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                             <td>RIC8B</td>
+
                                                             <td>RIC8B-sg#1</td>
 
                                                             <td>CAACCCGCCAGCCTCCGCCC</td>
 
                                                             <td>CAACCCGCCAGCCTCCGCCC</td>
−
                                                             <td>Sense sequence</td>
+
                                                             <td rowspan="2" style="vertical-align: middle">
 +
                                                                    Help the olfactory receptor<br>
 +
                                                                to anchor on the cell membrane
 +
                                                           
 +
                                                            </td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                             <td>RIC8B</td>
+
                                                             <td>RIC8B-sg#2</td>
 
                                                             <td>GGGGGCGCGAGGCGTTTACC</td>
 
                                                             <td>GGGGGCGCGAGGCGTTTACC</td>
−
                                                             <td>Antisense sequence</td>
+
                                                              
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                             <td> RTP1</td>
+
                                                             <td> RTP1-sg#1</td>
 
                                                             <td> CTGCAATCTCAGTTCAGGGC</td>
 
                                                             <td> CTGCAATCTCAGTTCAGGGC</td>
−
                                                             <td>Sense sequence</td>
+
                                                             <td rowspan="2" style="vertical-align: middle">
 +
                                                                    Help the olfactory receptor<br>
 +
                                                                to anchor on the cell membrane
 +
                                                           
 +
                                                            </td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                             <td>RTP1</td>
+
                                                             <td>RTP1-sg#2</td>
 
                                                             <td>GGCAACCTGCCTGGTTGCCG</td>
 
                                                             <td>GGCAACCTGCCTGGTTGCCG</td>
−
                                                             <td>Antisense sequence</td>
+
                                                              
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tbody>
 
                                                     </tbody>
 
                                                 </table>
 
                                                 </table>
 +
                                                <p>Table 2: CRISPR/CAS9 gRNA Design</p>
 +
                                               
 +
                                               
 
                                             <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/4/49/NEU-China-DesignPic1.png" alt="" style="margin-left: 150px;"/>
 
                                             <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/4/49/NEU-China-DesignPic1.png" alt="" style="margin-left: 150px;"/>
 
                                             <h2 class="post-title bold"><a href="#" style="color: #03b1f1;">iSmeller system:  </a></h2>
 
                                             <h2 class="post-title bold"><a href="#" style="color: #03b1f1;">iSmeller system:  </a></h2>
Line 281: Line 358:
 
                                 <div class="clients-logo wow fadeIn" data-wow-duration="1000ms" data-wow-delay="600ms">
 
                                 <div class="clients-logo wow fadeIn" data-wow-duration="1000ms" data-wow-delay="600ms">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/7/7e/NEU-China-igem.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/7/7e/NEU-China-igem.png" class="img-responsive" alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/f/fc/NEU-China-NEU.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/f/fc/NEU-China-NEU.png" class="img-responsive" alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
−
                                    <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
                                    <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/1/17/NEU-China-CLHS.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/1/17/NEU-China-CLHS.png" class="img-responsive" alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/4/45/NEU-China-SC.jpeg" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/4/45/NEU-China-SC.jpeg" class="img-responsive" alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/e/e5/NEU-China-BMIE.jpeg" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/e/e5/NEU-China-BMIE.jpeg" class="img-responsive" alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 300: Line 387:
 
                                 <div class="clients-logo wow fadeIn" data-wow-duration="1000ms" data-wow-delay="600ms">
 
                                 <div class="clients-logo wow fadeIn" data-wow-duration="1000ms" data-wow-delay="600ms">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/b/be/NEU-China-genewiz.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/5/5e/NEU-China-addgene.png" class="img-responsive"
 +
                                                alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/d/d9/NEU-China-snapgene.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/d/d9/NEU-China-snapgene.png" class="img-responsive"
 +
                                                alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
−
                                    <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
                                    <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/d/db/NEU-China-sam.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/d/db/NEU-China-sam.png" class="img-responsive" alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
−
                                    <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
−
                                        <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/e/ea/NEU-China-sa.png" class="img-responsive" alt=""></a>
 
−
                                    </div>
 
−
                                    <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
−
                                        <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/e/e5/NEU-China-NCBI.png" class="img-responsive" alt=""></a>
 
−
                                    </div>
 
−
                                   
 
−
                                </div>
 
−
                            </div>
 
−
                            <div class="col-sm-12 bottom-separator" style="margin-bottom: 0px;margin-left: 70px;">
 
−
                                <div class="clients-logo wow fadeIn" data-wow-duration="1000ms" data-wow-delay="600ms">
 
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/a/a8/NEU-China-omega.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/5/5c/NEU-China-igv.png" class="img-responsive" alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
 
                                     <div class="col-xs-3 col-sm-2">
−
                                         <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/5/5c/NEU-China-igv.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
                                         <a href="#">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/e/e5/NEU-China-NCBI.png" class="img-responsive" alt="">
 +
                                        </a>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
−
                                    <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
           
−
                                        <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/8/8c/NEU-China-takara.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
−
                                    </div>
+
−
                                    <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
−
                                        <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/1/14/NEU-China-bioteke.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
−
                                    </div>
+
−
                                    <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
−
                                        <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/b/b2/NEU-China-atcc.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
−
                                    </div>
+
−
                                   
+
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                            <div class="col-sm-12 bottom-separator" style="margin-left: 70px;">
+
                         
−
                                    <div class="clients-logo wow fadeIn" data-wow-duration="1000ms" data-wow-delay="600ms">
+
−
                                        <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
−
                                            <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/8/82/NEU-China-sangong.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
−
                                        </div>
+
−
                                        <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
−
                                            <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/5/5e/NEU-China-addgene.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
−
                                        </div>
+
−
                                        <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
−
                                            <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/d/d4/NEU-China-bi.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
−
                                        </div>
+
−
                                        <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
−
                                            <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/7/70/NEU-China-ys.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
−
                                        </div>
+
−
                                        <div class="col-xs-3 col-sm-2">
+
−
                                            <a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/4/4b/NEU-China-byt.png" class="img-responsive" alt=""></a>
+
−
                                        </div>
+
−
                                       
+
−
                                    </div>
+
−
                                </div>
+
 
                             <div class="col-sm-12">
 
                             <div class="col-sm-12">
 
                                 <div class="copyright-text text-center">
 
                                 <div class="copyright-text text-center">
 
                                     <p>Copyright &copy; 2017 NEU-CHINA Team. All Rights Reserved.</p>
 
                                     <p>Copyright &copy; 2017 NEU-CHINA Team. All Rights Reserved.</p>
−
                                   
+
           
−
                                   
+
           
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 368: Line 428:
 
                 </footer>
 
                 </footer>
 
                 <!--/#footer-->
 
                 <!--/#footer-->
−
       
+
              
−
             <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/jquery?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
                <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/jquery?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
−
            <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/bootstrap_min?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
                <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/bootstrap_min?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
−
            <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/lightbox_min?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
                <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/lightbox_min?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
−
            <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/wow_min?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
                <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/wow_min?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
−
            <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/main?action=raw&ctype=text/javascript"></script>  
+
                <script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:NEU-China/js/main?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
−
       
+
           
−
        </body>
+
            </body>
−
        </html>
+
           
 +
            </html>

Latest revision as of 10:06, 30 October 2017


Design

Generally, the project design can be divided into three portions:

Cloning ORs into pcDNA3.1+ respectively CRISPR/CAS9 system iSmeller system

Cloning ORs into pcDNA3.1+ respectively

In order to express olfactory receptors in HEK293, we cloned OR1A1 and OR1D2 in pcDNA3.1+, which is a constitutive-expression vector.

Name Specific odor molecule Forward primer Reverse primer
OR1A1 β- citronellol cgtaagcttatgaccgagacatctcaggtggcccctgccggcggcagggaaaataac tatggatccttacgaggagattctcttgttg
OR1D2 bourgeonal cgtaagcttatgaccgagacatctcaggtggcccctgccggcggcgatggaggcaac tatctcgagttatgtcagcctcttaaagtgtttatctaggagtcttcc

Table 1: cloning ORs into pcDNA3.1+ respectively

CRISPR/CAS9 gRNA Design:

To achieve an intensified downstream signaling to enhance the detection sensitivity, we employed the CRISPR activation (CRISPRa) system to simultaneously increase the expression of the core components of olfactory receptor signaling via lentiviral transduction, including GNAL, RTP1 and RIC8B. At the endpoint, a cAMP-activated reporter gene (luciferase) is transfected to read out the signaling strength in response to specific and different range of odors.

Gene Targeting sequence Function
GNAL-sg#1 GAAACAATTCTCGTGTAAAA Encodes a stimulatory
G protein alpha subunit
which mediates odorant signaling
in the olfactory epithelium.
GNAL-sg#2 CGTCTCCGTTCATTGTGCTG
RIC8B-sg#1 CAACCCGCCAGCCTCCGCCC Help the olfactory receptor
to anchor on the cell membrane
RIC8B-sg#2 GGGGGCGCGAGGCGTTTACC
RTP1-sg#1 CTGCAATCTCAGTTCAGGGC Help the olfactory receptor
to anchor on the cell membrane
RTP1-sg#2 GGCAACCTGCCTGGTTGCCG

Table 2: CRISPR/CAS9 gRNA Design

iSmeller system:

As a proof-of-principle, we choose two odor compound/receptor pairs (β-citronellol/OR1A1 and bourgeonal/OR1D2) to construct the iSmeller odor sensors and evaluate their sensitivity and specificity. We also designed multiple sgRNAs targeting three signal pathway core genes GNAL, RTP1 and RIC8B. When a specific odor molecule binds to the corresponding olfactory receptor, it will open the downstream cAMP pathway, resulting in a certain amount of cAMP at the end point, which can be used for the final signal detection.

Copyright © 2017 NEU-CHINA Team. All Rights Reserved.