Difference between revisions of "Team:Vilnius-Lithuania/Description"

 
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                 <svg class="shape-overlays" viewBox="0 0 100 100" preserveAspectRatio="none">
 
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−
                     <h1>DESCRIPTION PAGE</h1>
+
                     <h1>Description</h1>
−
                     <div class="category">Students</div>
+
                     <div class="category"></div>
−
                     <p>This is even more likely to occur when the plasmid copy number is low. When the cell divides, lower
+
                     <p>Find out why plasmid copy number control and multiple plasmid systems are so important, what is SynORI, how does it work, and where you can apply it.</p>
−
                        copy plasmids tend to be lost in next generations.</p>
+
                     <div class="readmore" data-modal="1">Read more</div>
−
                     <div class="readmore" data-modal="1">read more</div>
+
 
                 </div>
 
                 </div>
 
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                 <div class="slide-right-content slide-right-content-2 hidden">
−
                     <h1>Trumpas title, per dvi eilutes</h1>
+
                     <h1>Overview of the project</h1>
 
                     <div class="category">Students</div>
 
                     <div class="category">Students</div>
 
                     <p>This is even more likely to occur when the plasmid copy number is low. When the cell divides, lower
 
                     <p>This is even more likely to occur when the plasmid copy number is low. When the cell divides, lower
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         </div>
 
         </div>
 
         <ul class="navigation">
 
         <ul class="navigation">
−
             <li><a href="#"class="active">Description</a></li>
+
             <li><a href="/Team:Vilnius-Lithuania/Description" class="active">Description</a></li>
 
             <li>
 
             <li>
−
                 <a href="#">Silver</a>
+
                 <a href="/Team:Vilnius-Lithuania/Design">Design and Results</a>
−
                <ul>
+
−
                    <li class="is-current"><div class="sli-item sli-item-1">High schools</div></li>
+
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-2">Lab training</div></li>
+
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-3">Biotech sessions</div></li>
+
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-4">Science Espresso</div></li>
+
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-5">DIY workshops</div></li>
+
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-6">Public speeches</div></li>
+
−
                </ul>
+
 
             </li>
 
             </li>
−
             <li><a href="#">Integrated</a>
+
             <li><a href="/Team:Vilnius-Lithuania/Model">Modelling</a></li>
−
                <ul>
+
            <li><a href="/Team:Vilnius-Lithuania/Demonstrate">Proof of concept</a></li>
−
                    <li class="is-current"><div class="sli-item sli-item-1">High schools</div></li>
+
             <li><a href="/Team:Vilnius-Lithuania/InterLab">Interlab</a></li>
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-2">aasd</div></li>
+
             <li><a href="/Team:Vilnius-Lithuania/Safety">Safety</a></li>
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-3">asfasfsessions</div></li>
+
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-4">asfasfasEspresso</div></li>
+
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-5">DIY asf</div></li>
+
−
                    <li><div class="sli-item sli-item-6">asfasfspeeches</div></li>
+
−
                </ul>
+
−
 
+
−
</li>
+
−
             <li><a href="#">Education & Public Engagement</a></li>
+
−
             <li><a href="#">Collaborations</a></li>
+
 
         </ul>
 
         </ul>
 
     </div>
 
     </div>
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     <div class="modal-close"></div>
 
     <div class="modal-close"></div>
 
     <div class="modal-content">
 
     <div class="modal-content">
−
         <h1>Trumpas title, per dvi eilutes</h1>
+
         <h1>Description</h1>
−
         <h5>Izangos teksto stilius. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor
+
         <p></p>
−
            incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco
+
      <p></p>
−
            laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit
+
        <h2>What is SynORI?</h2>
−
            esse cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non proident.</h5>
+
         <p>SynORI stands for synthetic origin of replication. It is a framework designed to make working with single and multi-plasmid systems precise, easy and on top of that - more functional.</p>
−
         <p>Phasellus et maximus purus, sit amet mollis neque. Maecenas finibus nec magna sit amet auctor. Ut sed sapien
+
<p>The SynORI framework enables scientists to build a multi-plasmid system in a standardized manner by:</p>
−
            quis quam auctor dictum. In sit amet eros fermentum, scelerisque lorem sit amet, aliquet est. Integer vitae
+
<ol>
−
            eros quis velit hendrerit tempor. Aliquam odio nibh, vulputate id gravida vitae, pulvinar commodo urna.
+
                      <li>Selecting the number of plasmid groups</li>
−
            Suspendisse potenti. Duis tristique molestie elementum. Donec risus mi, condimentum nec justo id, tempus
+
                        <li>Choosing the copy number of each group</li>
−
            pretium sem. Donec quis sodales mauris. Maecenas sit amet felis sit amet quam commodo semper sed vel libero.
+
                        <li>Picking the type of copy number control (specific to one group or regulating all of them at once).</li>
−
            Phasellus euismod faucibus sapien nec tempus. Aenean pulvinar sagittis turpis, non rutrum nibh vulputate
+
                   
−
            cursus. Phasellus suscipit enim at tincidunt vehicula. Nam imperdiet, magna id fringilla elementum, sem ex
+
                    </ol></p>
−
            finibus sapien, at mollis eros ante id massa.</p>
+
 
−
        <h2>H2 title</h2>
+
      <p></p>
−
        <p>Praesent pulvinar enim consequat dolor efficitur viverra. Curabitur tempus auctor tellus at fermentum.
+
      <p>The framework also includes a possibility of adding a selection system that reduces the usage of antibiotics (only 1 antibiotic for up to 5 different plasmids!) and an active partitioning system to make sure that low copy number plasmid groups are not lost during the division.
−
            Integer ut sem mollis, scelerisque dolor vehicula, posuere massa. Praesent vitae metus ut sem finibus
+
</p>
−
            ultrices. Aenean metus mi, fringilla at ex id, vehicula pulvinar diam. Etiam commodo ex nec vulputate
+
  <p></p>
−
            facilisis. Nam efficitur sapien ac augue tincidunt dapibus. Vestibulum vitae sagittis lacus, sed sagittis
+
−
            nibh. Duis fringilla diam vel gravida hendrerit. Ut eu nunc placerat, venenatis arcu vel, rhoncus justo.</p>
+
−
        <p>In consectetur, nibh at laoreet lobortis, ipsum odio gravida velit, a bibendum nibh urna vel lorem. Aliquam
+
−
            luctus porttitor commodo. Nam efficitur rutrum erat id pharetra. Suspendisse interdum commodo egestas. Nulla
+
−
            sed posuere dolor. Vivamus malesuada mollis velit ac hendrerit. Suspendisse nec sem eu mauris tristique
+
−
            luctus.</p>
+
 
         <div class="img-cont">
 
         <div class="img-cont">
−
             <img src="http://placehold.it/800x450" alt="img">
+
             <img src="https://static.igem.org/mediawiki/parts/8/84/Collect.png" alt="img">
−
             <div class="img-label">Foto aprasymas it anim id est laborum. Sed ut perspiciatis unde omnis iste natus error
+
             <div class="img-label">
−
                sit voluptatem.
+
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
         <h2>H2 title</h2>
+
         <h2>Applications</h2>
−
         <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Curabitur non urna pharetra, rutrum nibh vitae,
+
         <p>
−
            pellentesque erat. Curabitur fringilla ipsum id sapien imperdiet sagittis. Nulla vestibulum arcu neque, et
+
                        <h5>Everyday lab work</h5><p>
−
            iaculis lorem vulputate interdum. Nunc accumsan velit ligula, ac euismod felis sagittis quis. Aenean varius
+
A multi-plasmid system that is easy to assemble and control. With our framework the need to limit your research to a particular plasmid copy number just because there are not enough right replicons to choose from, is eliminated. With SynORI you can easily create a vector with a desired copy number that suits your needs.</li></p>
−
            mollis aliquet. Nam sodales malesuada porttitor. In sed magna sed neque hendrerit ultrices.</p>
+
                         <h5>Biological computing</h5><p>
−
        <ul>
+
The ability to choose a wide range of copy number options and their control types will make the synthetic biology engineering much more flexible and predictable. Introduction of plasmid copy number regulation is equivalent to adding a global parameter to a computer system. It enables the coordination of multiple gene group expression.
−
            <li>List item</li>
+
</p>
−
            <li>List item</li>
+
                        <h5>Smart assembly of large protein complexes</h5><p>
−
            <li>List item</li>
+
The co-expression of multi-subunit complexes using different replicons brings incoherency to an already chaotic cell system. This can be avoided by using SynORI, as in this framework every plasmid group uses the same type of control, and in addition can act in a group-specific manner.</p>
−
            <li>List item</li>
+
 
−
        </ul>
+
<h5>Metabolic engineering</h5><p>
−
        <div class="plotly">
+
A big challenge for heterologous expression of multiple gene pathways is to accurately adjust the levels of each enzyme to achieve optimal production efficiency. Precise promoter tuning in transcriptional control and synthetic ribosome binding sites in translational control are already widely used to maintain expression levels. In addition to current approaches, our framework allows a simultaneous multiple gene control. Furthermore, an inducible regulation that we offer, can make the search for perfect conditions a lot easier.
−
            <script>
+
 
−
trace1 = {
+
 
−
  x: ['Wildtype ORI', '0.15 Anderson', '0.36 Anderson', '0.86 Anderson', '1.0 Anderson'],
+
 
−
  y: ['53.92', '38.23', '173.18', '52.43', '38.23'],
+
</p>
−
  error_y: {
+
−
    array: ['3.30', '6', '5.46', '5.46', '6'],
+
−
    arraysrc: 'laurynas.karpus:0:e7cb99'
+
−
  },
+
−
  marker: {color: 'rgb(227, 218, 177)'},
+
−
  name: 'B',
+
−
  type: 'bar',
+
−
  uid: '6a45cd',
+
−
  xsrc: 'laurynas.karpus:0:2c46ab',
+
−
  ysrc: 'laurynas.karpus:0:92440e'
+
−
};
+
−
data = [trace1];
+
−
layout = {
+
−
  autosize: true,
+
−
  bargap: 0.34,
+
−
  bargroupgap: 0.32,
+
−
  dragmode: 'select',
+
−
  font: {color: 'rgb(255, 255, 255)'},
+
−
  hovermode: 'closest',
+
−
  legend: {
+
−
    orientation: 'v',
+
−
    traceorder: 'normal'
+
−
  },
+
−
  paper_bgcolor: 'rgb(69, 194, 189)',
+
−
  plot_bgcolor: 'rgba(23, 190, 207, 0)',
+
−
  showlegend: false,
+
−
  title: 'RNA I gene with a set of constitutive (Anderson) promoters with specific relative strength',
+
−
  titlefont: {color: 'rgb(255, 255, 255)'},
+
−
  xaxis: {
+
−
    autorange: true,
+
−
    range: [-0.5, 4.5],
+
−
    showspikes: true,
+
−
    title: '',
+
−
    type: 'category'
+
−
  },
+
−
  yaxis: {
+
−
    autorange: true,
+
−
    range: [0, 188.042105263],
+
−
    showspikes: true,
+
−
    title: 'Plasmid copy number (PCN)',
+
−
    type: 'linear'
+
−
  }
+
−
};
+
−
Plotly.plot('plotly-div', {
+
−
  data: data,
+
−
  layout: layout
+
−
});
+
−
</script>
+
−
</div>
+
−
            <div id="laurynas.karpus" style="width:100%;height:auto;"></div>
+
−
     
+
−
        <p>Phasellus et maximus purus, sit amet mollis neque. Maecenas finibus nec magna sit amet auctor. Ut sed sapien
+
−
            quis quam auctor dictum. In sit amet eros fermentum, scelerisque lorem sit amet, aliquet est. Integer vitae
+
−
            eros quis velit hendrerit tempor. Aliquam odio nibh, vulputate id gravida vitae, pulvinar commodo urna.
+
−
            Suspendisse potenti. Duis tristique molestie elementum. Donec risus mi, condimentum nec justo id, tempus
+
−
            pretium sem. Donec quis sodales mauris. Maecenas sit amet felis sit amet quam commodo semper sed vel libero.
+
−
            Phasellus euismod faucibus sapien nec tempus. Aenean pulvinar sagittis turpis, non rutrum nibh vulputate
+
−
            cursus. Phasellus suscipit enim at tincidunt vehicula. Nam imperdiet, magna id fringilla elementum, sem ex
+
−
            finibus sapien, at mollis eros ante id massa.</p>
+
−
        <div class="accordeon">
+
−
            <div class="acc-line">
+
−
                <div class="acc-head">Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur</div>
+
−
                <div class="acc-body">
+
−
                    <h2>H2 title</h2>
+
−
                    <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Curabitur non urna pharetra, rutrum nibh vitae,
+
−
                        pellentesque erat. Curabitur fringilla ipsum id sapien imperdiet sagittis. Nulla vestibulum arcu neque, et
+
−
                        iaculis lorem vulputate interdum. Nunc accumsan velit ligula, ac euismod felis sagittis quis. Aenean varius
+
−
                        mollis aliquet. Nam sodales malesuada porttitor. In sed magna sed neque hendrerit ultrices.</p>
+
−
                    <ol>
+
−
                        <li>Ordered list item</li>
+
−
                        <li>Ordered list item</li>
+
−
                        <li>Ordered list item</li>
+
−
                        <li>Ordered list item</li>
+
−
                    </ol>
+
−
                </div>
+
−
            </div>
+
−
            <div class="acc-line">
+
−
                <div class="acc-head">Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur</div>
+
−
                <div class="acc-body">
+
−
                    <h2>H2 title</h2>
+
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                    <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Curabitur non urna pharetra, rutrum nibh vitae,
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Latest revision as of 13:28, 15 December 2017

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Description

Find out why plasmid copy number control and multiple plasmid systems are so important, what is SynORI, how does it work, and where you can apply it.

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Description

What is SynORI?

SynORI stands for synthetic origin of replication. It is a framework designed to make working with single and multi-plasmid systems precise, easy and on top of that - more functional.

The SynORI framework enables scientists to build a multi-plasmid system in a standardized manner by:

  1. Selecting the number of plasmid groups
  2. Choosing the copy number of each group
  3. Picking the type of copy number control (specific to one group or regulating all of them at once).

The framework also includes a possibility of adding a selection system that reduces the usage of antibiotics (only 1 antibiotic for up to 5 different plasmids!) and an active partitioning system to make sure that low copy number plasmid groups are not lost during the division.

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Applications

Everyday lab work

A multi-plasmid system that is easy to assemble and control. With our framework the need to limit your research to a particular plasmid copy number just because there are not enough right replicons to choose from, is eliminated. With SynORI you can easily create a vector with a desired copy number that suits your needs.

Biological computing

The ability to choose a wide range of copy number options and their control types will make the synthetic biology engineering much more flexible and predictable. Introduction of plasmid copy number regulation is equivalent to adding a global parameter to a computer system. It enables the coordination of multiple gene group expression.

Smart assembly of large protein complexes

The co-expression of multi-subunit complexes using different replicons brings incoherency to an already chaotic cell system. This can be avoided by using SynORI, as in this framework every plasmid group uses the same type of control, and in addition can act in a group-specific manner.

Metabolic engineering

A big challenge for heterologous expression of multiple gene pathways is to accurately adjust the levels of each enzyme to achieve optimal production efficiency. Precise promoter tuning in transcriptional control and synthetic ribosome binding sites in translational control are already widely used to maintain expression levels. In addition to current approaches, our framework allows a simultaneous multiple gene control. Furthermore, an inducible regulation that we offer, can make the search for perfect conditions a lot easier.