Difference between revisions of "Team:BostonU/Protocols"

Line 216: Line 216:
 
       <tr>
 
       <tr>
 
         <th>Extension Time</th>
 
         <th>Extension Time</th>
−
         <th>If target size is: <BR>&lt 500 bp run 10 sec/kb<BR>500-1000 bp run 15 sec/kb<BR>1000-3000 bp run 20 sec/kb<BR>< 3000 bp run 20 sec/kp</th>
+
         <th>If target size is: <BR>< 500 bp run 10 sec/kb<BR>500-1000 bp run 15 sec/kb<BR>1000-3000 bp run 20 sec/kb<BR>< 3000 bp run 20 sec/kp</th>
 
       </tr>
 
       </tr>
 +
    </table>
 
   </div>
 
   </div>
 
   <h3 class="inline-heading-type">Overlap Extension PCR</h3>
 
   <h3 class="inline-heading-type">Overlap Extension PCR</h3>

Revision as of 15:35, 28 October 2017

OUR TEAM

Below is an interactive list of the laboratory techniques employed by the team. Click to expand for details.

KOD PCR

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

Colony PCR

Materials

  • 5% DMSO
  • 2x KOD Hot Start Master Mix
  • PCR Tubes
  • Forward Primers(s) [10 uM]
  • Reverse Primer(s) [10 uM]
  • DNA Template
  • Deionized water

Procedure

  1. Add 18.5 uL of deionized water to PCR tube
  2. Add 1.5 µl of both the requisite Forward and Reverse Primers to PCR tube
  3. Add 1 ul of DNA template
  4. Add 27.5 µl of KOD Hot start Master Mix to PCR tube
  5. Centrifuge for 10 seconds to remove air bubbles
  6. Place in Thermocycler

Thermocycler Conditions

Number of Cycles From 20 - 40
Annealing Temperature Set temperature to the lowest primer melt temperature
Extension Time If target size is:
< 500 bp run 10 sec/kb
500-1000 bp run 15 sec/kb
1000-3000 bp run 20 sec/kb
< 3000 bp run 20 sec/kp

Overlap Extension PCR

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Agarose Gel Preparation

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Agarose Gel Electrophoresis

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Agarose Gel Extraction

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Cell Stock Preparation

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

PCR Cleanup

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Miniprep

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Ligation

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Transformation

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Liquid Culture

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Restriction Digestion

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Test Cut Digestion

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Gibson Assembly

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Recombination Reaction

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Cell-Free TX-TL Reaction

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three

Cell-Free TX-TL Master Mix Preparation

Nam enim risus, molestie et, porta ac, aliquam ac, risus. Quisque lobortis. Phasellus pellentesque purus in massa. Aenean in pede. Phasellus ac libero ac tellus pellentesque semper. Sed ac felis. Sed commodo, magna quis lacinia ornare, quam ante aliquam nisi, eu iaculis leo purus venenatis dui.

  • List item one
  • List item two
  • List item three