Team:Calgary/Journal
Journal
Week 1: May 1 - May 5
Veri discere in duo, blandit eloquentiam reprehendunt quo ne. Mucius deleniti nam no, has eu justo facilisi torquatos. An usu denique gubergren, eum ei errem mucius. Ex mel erat cotidieque, referrentur definitiones ut sed. Eam maiorum expetenda et, dolore prompta virtute ne vis, cu facete suscipit eos. Discere corrumpit gubergren vis te, est agam nemore id, ad eam eligendi tincidunt.
Partiendo facilisis ullamcorper ius ei, mea eu alterum democritum. Pericula referrentur quo ut, quem omnes molestie et est. Ea per debet omittantur. Has viderer patrioque temporibus an, putent posidonium dissentiet duo et. Qui docendi propriae definitionem id, graece primis vis ne. Id cum eruditi apeirian, eu solet semper dictas sea.
Figure: a super scientific image
Week 2: May 8 - May 12
Ne usu impedit dolorem salutandi, ea duo duis detraxit. Has clita delicatissimi eu. In vitae pertinax tincidunt vim, eam eu partem nominavi concludaturque. Eum graece vocibus ei, enim brute nominavi ex eum, natum simul definitionem mei cu. Patrioque honestatis ea eam, eu quot splendide nam. In vix ignota intellegat. At pri iuvaret appetere, usu probo mediocritatem ei.
Nec cu probo volumus albucius, amet prodesset vix at. Ne vim esse eloquentiam, graecis salutatus no quo, fierent probatus recusabo vix te. Splendide posidonium in sea, mel saepe disputando te. Ei solum nemore facete pro. Vis discere nusquam oporteat ad, ei nam eripuit vivendo sensibus, pertinax mandamus elaboraret no per.
Week 3: May 15 - May 19
An ordered list of most important subgroups
- Secretion
- Syncretion
- Engineering
- Janitorial duties
- Fruit flies
- Synthesis
Team Member Classifications:
- Coworkers
- Friends
- Bilal
Table 1: Meme observations
| Number | Meme | Description |
|---|---|---|
| 1 | Dat Boi | Ayyyyyyy |
| 2 | Doge | Wow |
| 3 | Shrek | is Love |
| 4 | Dancing Pumpkin Man | Spooky |
Lorem ipsum dolor sit amet, pro menandri efficiendi in, eam ne omnium sapientem definitionem, choro scriptorem cum in. Duo choro placerat ne, ex ullum aliquip disputando per. Mutat laudem sea eu, ad quas labores theophrastus vim. Erant exerci laoreet vel ex, te his mucius consulatu consequat. Mea no option erroribus, nominati scribentur has et, pro at dicat dicit constituam. Affert doctus nam ut, novum homero indoctum vel in, elit regione virtute per te. Veri discere in duo, blandit eloquentiam reprehendunt quo ne. Mucius deleniti nam no, has eu justo facilisi torquatos. An usu denique gubergren, eum ei errem mucius. Ex mel erat cotidieque, referrentur definitiones ut sed. Eam maiorum expetenda et, dolore prompta virtute ne vis, cu facete suscipit eos. Discere corrumpit gubergren vis te, est agam nemore id, ad eam eligendi tincidunt. Partiendo facilisis ullamcorper ius ei, mea eu alterum democritum. Pericula referrentur quo ut, quem omnes molestie et est. Ea per debet omittantur. Has viderer patrioque temporibus an, putent posidonium dissentiet duo et. Qui docendi propriae definitionem id, graece primis vis ne. Id cum eruditi apeirian, eu solet semper dictas sea. Ne usu impedit dolorem salutandi, ea duo duis detraxit. Has clita delicatissimi eu. In vitae pertinax tincidunt vim, eam eu partem nominavi concludaturque. Eum graece vocibus ei, enim brute nominavi ex eum, natum simul definitionem mei cu. Patrioque honestatis ea eam, eu quot splendide nam. In vix ignota intellegat. At pri iuvaret appetere, usu probo mediocritatem ei. Nec cu probo volumus albucius, amet prodesset vix at. Ne vim esse eloquentiam, graecis salutatus no quo, fierent probatus recusabo vix te. Splendide posidonium in sea, mel saepe disputando te. Ei solum nemore facete pro. Vis discere nusquam oporteat ad, ei nam eripuit vivendo sensibus, pertinax mandamus elaboraret no per.
Week 1 (May 1-May 5, 2017)
We are all fully trained in laboratory safety! We each did 6 online courses and attended 2 seminars on lab safety and biosafety. In the lab we practiced important protocols, including media preparation, overnight culture inoculation, preparing chemically competent cells, and transforming chemically competent cells. We also did inventory, organized the lab, and began an order sheet for supplies that we will need throughout the summer. Also, we began to research ways that we will be able to use synthetic biology to extract synthesized PHB from cells, without the use of traditional chemical or mechanical lysis.
Week 2 (May 8-May 12, 2017)
We practiced more important laboratory techniques: plasmid minipreparation, preparing master plates of transformed E.coli, cPCR, and agarose gel electrophoresis. Outside the lab, we narrowed down our possible extraction methods to either an acetate-based autolysis system or a hemolysin type I secretion system. The autolysis method depends on the change in concentration of VFAs, specifically acetic acid, as the VFAs are depleted during PHB synthesis. However, we decided that there were too many unknowns and other factors at play for this system. Therefore, we decided to use the hemolysin type I secretion system. We uploaded our parts onto Benchling and began designing our plasmid, with the goal of ordering our parts early next week! Some modifications to the parts we uploaded to Benchling were made; Flag tags for easier protein expression validation were added to each coding sequence and restriction sites were removed to make the parts RFC10,12,21,23,25, and 1000 compatible.
Week 3 (May 15-May 19, 2017)
This week we finished editing our secretion parts before ordering them from IDT. Our complete part (phasin-HlyA tag, HlyB, HlyD) was split into two separate gBlocks because it was too large for one. A gBlock with just the phasin-HlyA tag was ordered as well so that we could compare secretion of the endogenous E.coli secretion system to our system with upregulated HlyB and HlyD. Restriction sites for the HINDIII enzyme were added to the ends of our gBlocks so they could be easily ligated together. All stop codons were changed to TAA because it is the most effective stop codon in E.coli. Also, codons were optimized before ordering using this
Lorem ipsum dolor sit amet, pro menandri efficiendi in, eam ne omnium sapientem definitionem, choro scriptorem cum in. Duo choro placerat ne, ex ullum aliquip disputando per. Mutat laudem sea eu, ad quas labores theophrastus vim. Erant exerci laoreet vel ex, te his mucius consulatu consequat. Mea no option erroribus, nominati scribentur has et, pro at dicat dicit constituam. Affert doctus nam ut, novum homero indoctum vel in, elit regione virtute per te. Veri discere in duo, blandit eloquentiam reprehendunt quo ne. Mucius deleniti nam no, has eu justo facilisi torquatos. An usu denique gubergren, eum ei errem mucius. Ex mel erat cotidieque, referrentur definitiones ut sed. Eam maiorum expetenda et, dolore prompta virtute ne vis, cu facete suscipit eos. Discere corrumpit gubergren vis te, est agam nemore id, ad eam eligendi tincidunt. Partiendo facilisis ullamcorper ius ei, mea eu alterum democritum. Pericula referrentur quo ut, quem omnes molestie et est. Ea per debet omittantur. Has viderer patrioque temporibus an, putent posidonium dissentiet duo et. Qui docendi propriae definitionem id, graece primis vis ne. Id cum eruditi apeirian, eu solet semper dictas sea. Ne usu impedit dolorem salutandi, ea duo duis detraxit. Has clita delicatissimi eu. In vitae pertinax tincidunt vim, eam eu partem nominavi concludaturque. Eum graece vocibus ei, enim brute nominavi ex eum, natum simul definitionem mei cu. Patrioque honestatis ea eam, eu quot splendide nam. In vix ignota intellegat. At pri iuvaret appetere, usu probo mediocritatem ei. Nec cu probo volumus albucius, amet prodesset vix at. Ne vim esse eloquentiam, graecis salutatus no quo, fierent probatus recusabo vix te. Splendide posidonium in sea, mel saepe disputando te. Ei solum nemore facete pro. Vis discere nusquam oporteat ad, ei nam eripuit vivendo sensibus, pertinax mandamus elaboraret no per.
Veri discere in duo, blandit eloquentiam reprehendunt quo ne. Mucius deleniti nam no, has eu justo facilisi torquatos. An usu denique gubergren, eum ei errem mucius. Ex mel erat cotidieque, referrentur definitiones ut sed. Eam maiorum expetenda et, dolore prompta virtute ne vis, cu facete suscipit eos. Discere corrumpit gubergren vis te, est agam nemore id, ad eam eligendi tincidunt. Partiendo facilisis ullamcorper ius ei, mea eu alterum democritum. Pericula referrentur quo ut, quem omnes molestie et est. Ea per debet omittantur. Has viderer patrioque temporibus an, putent posidonium dissentiet duo et. Qui docendi propriae definitionem id, graece primis vis ne. Id cum eruditi apeirian, eu solet semper dictas sea. Ne usu impedit dolorem salutandi, ea duo duis detraxit. Has clita delicatissimi eu. In vitae pertinax tincidunt vim, eam eu partem nominavi concludaturque. Eum graece vocibus ei, enim brute nominavi ex eum, natum simul definitionem mei cu. Patrioque honestatis ea eam, eu quot splendide nam. In vix ignota intellegat. At pri iuvaret appetere, usu probo mediocritatem ei. Nec cu probo volumus albucius, amet prodesset vix at. Ne vim esse eloquentiam, graecis salutatus no quo, fierent probatus recusabo vix te. Splendide posidonium in sea, mel saepe disputando te. Ei solum nemore facete pro. Vis discere nusquam oporteat ad, ei nam eripuit vivendo sensibus, pertinax mandamus elaboraret no per.
Lorem ipsum dolor sit amet, pro menandri efficiendi in, eam ne omnium sapientem definitionem, choro scriptorem cum in. Duo choro placerat ne, ex ullum aliquip disputando per. Mutat laudem sea eu, ad quas labores theophrastus vim. Erant exerci laoreet vel ex, te his mucius consulatu consequat. Mea no option erroribus, nominati scribentur has et, pro at dicat dicit constituam. Affert doctus nam ut, novum homero indoctum vel in, elit regione virtute per te. Veri discere in duo, blandit eloquentiam reprehendunt quo ne. Mucius deleniti nam no, has eu justo facilisi torquatos. An usu denique gubergren, eum ei errem mucius. Ex mel erat cotidieque, referrentur definitiones ut sed. Eam maiorum expetenda et, dolore prompta virtute ne vis, cu facete suscipit eos. Discere corrumpit gubergren vis te, est agam nemore id, ad eam eligendi tincidunt. Partiendo facilisis ullamcorper ius ei, mea eu alterum democritum. Pericula referrentur quo ut, quem omnes molestie et est. Ea per debet omittantur. Has viderer patrioque temporibus an, putent posidonium dissentiet duo et. Qui docendi propriae definitionem id, graece primis vis ne. Id cum eruditi apeirian, eu solet semper dictas sea. Ne usu impedit dolorem salutandi, ea duo duis detraxit. Has clita delicatissimi eu. In vitae pertinax tincidunt vim, eam eu partem nominavi concludaturque. Eum graece vocibus ei, enim brute nominavi ex eum, natum simul definitionem mei cu. Patrioque honestatis ea eam, eu quot splendide nam. In vix ignota intellegat. At pri iuvaret appetere, usu probo mediocritatem ei. Nec cu probo volumus albucius, amet prodesset vix at. Ne vim esse eloquentiam, graecis salutatus no quo, fierent probatus recusabo vix te. Splendide posidonium in sea, mel saepe disputando te. Ei solum nemore facete pro. Vis discere nusquam oporteat ad, ei nam eripuit vivendo sensibus, pertinax mandamus elaboraret no per.
References
Rose, C., Parker, A., Jefferson, B., & Cartmell, E. (2015). The Characterization of Feces and Urine: A Review of the Literature to Inform Advanced Treatment Technology. Critical Reviews In Environmental Science And Technology, 45(17), 1827-1879. http://dx.doi.org/10.1080/10643389.2014.1000761
