Difference between revisions of "Team:Uppsala/Experiments"

Line 55: Line 55:
  
 
<div class="container-fluid txet content" style="padding:0%;">
 
<div class="container-fluid txet content" style="padding:0%;">
−
<div class="potroloc"><h1>Lorem ipsum</h1></div>
+
<div class="potroloc"><h1>3A Assembly</h1></div>
 
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/f/f3/Uppsala_protocol_top.svg" class="img-responsive" style="width:100%;"> </img>
 
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/f/f3/Uppsala_protocol_top.svg" class="img-responsive" style="width:100%;"> </img>
 
 
Line 61: Line 61:
 
<div class="row ">
 
<div class="row ">
 
<div class="col-sm-6">
 
<div class="col-sm-6">
−
<p>Duis rhoncus, ex ac varius aliquet, justo justo commodo augue,
 
−
vel dictum enim tortor id elit. Duis sagittis, enim non sodales viverra,
 
−
lacus purus congue quam, nec tempus metus mi vitae sem. Vivamus dapibus
 
−
id leo vitae volutpat. Sed vulputate fermentum facilisis.
 
−
Nullam gravida dictum accumsan. Etiam tincidunt vehicula tincidunt.
 
−
Mauris faucibus ultrices purus, at cursus erat. Sed at varius dui.
 
−
Nunc accumsan nunc congue volutpat faucibus. Praesent mollis
 
−
tincidunt auctor. Ut aliquet risus eros, nec accumsan sem congue quis.
 
−
Vivamus pulvinar aliquet turpis, ac sodales arcu feugiat id.
 
−
Sed ullamcorper mauris purus. Sed cursus quam iaculis metus
 
−
efficitur, eu auctor ipsum posuere.</p>
 
  
−
<p>Aenean vulputate tellus id egestas volutpat.  
+
<h3>1. Digestion</h3>
−
Vivamus consectetur fermentum varius. Suspendisse sed diam et erat
+
<p>
−
ultricies tincidunt. Etiam tempus, libero non varius tempor, lacus
+
A 25 µL master mix was prepared for both of the inserts. The backbone plasmid was already precut, but to cut backbone plasmids EcoRI-HF and PstI would be used (the same volume).
−
tortor cursus metus, ac semper metus dui eu tellus. Mauris maximus
+
</p>
−
odio urna, vitae eleifend turpis bibendum a. Quisque nec posuere urna.
+
−
Aliquam enim neque, convallis ut dignissim sit amet, mattis sit amet
+
−
urna. Etiam ultricies risus vitae elit gravida, ac aliquam nibh
+
−
venenatis. Vivamus posuere eget tellus ullamcorper condimentum.</p>
+
−
<div class="container" style="width:inherit;">
+
 
   
 
   
−
<table class="table table-bordered">
+
<p><b>Enzyme Master Mix for the first insert:</b></p>
−
<thead>
+
<table>
−
<tr><td>Sample</td>
+
  <tr>
−
<td>Value</td>
+
    <td>NEB Buffer 2</td>
−
<td>Statistic</td>
+
    <td>5 µL</td>
−
<td>Number</td>
+
  </tr>
−
<td>Lies</td>
+
  <tr>
−
</tr>
+
    <td>EcoRI-HF </td>
−
</thead>
+
    <td>0.5 µL</td>
−
<tbody>
+
  </tr>
−
<tr>
+
  <tr>
−
<td><a href="#"></a></td>
+
    <td>SpeI</td>
−
<td></td>
+
    <td>0.5 µL</td>
−
<td></td>
+
  </tr>
−
<td></td>
+
  <tr>
−
<td></td>
+
    <td>Milliq</td>
−
</tr>
+
    <td>19 µL</td>
−
<tr>
+
  </tr>
−
<td><a href="#"></a></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
</tr>
+
−
<tr>
+
−
<td><a href="#"></a></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
</tr>
+
−
<tr>
+
−
<td><a href="#"></a></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
</tr>
+
−
<tr>
+
−
<td><a href="#"></a></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
</tr>
+
−
</tbody>
+
 
</table>
 
</table>
−
</div>
 
−
 
−
<p>Mauris nulla libero, rhoncus eget ante at, sollicitudin posuere ante.
 
−
Class aptent taciti sociosqu ad litora torquent per conubia nostra,
 
−
per inceptos himenaeos. Vivamus felis risus, faucibus at diam id,
 
−
accumsan ultricies tortor. Aenean vitae libero massa.
 
−
Donec pellentesque mi non libero varius, ac luctus magna lobortis.
 
−
Nulla vehicula eros erat, ac pharetra enim fringilla vel.
 
−
Nullam euismod pellentesque ante, a elementum mi efficitur non.
 
−
Maecenas lobortis malesuada leo, eget cursus dui sodales a.
 
−
Quisque ullamcorper porttitor lacus, ac dictum justo faucibus eget.
 
−
Vestibulum purus lorem, vehicula vel vehicula sit amet,
 
−
sagittis non leo. Proin consectetur sollicitudin est et laoreet.
 
−
Suspendisse potenti. Cras nec pretium ligula. Praesent placerat
 
−
ipsum leo, mattis imperdiet nisi imperdiet feugiat.
 
−
 
−
</div>
 
−
<div class="col-sm-6">
 
−
<p>
 
−
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.
 
−
Ut lobortis, sem a sagittis rhoncus, enim metus sollicitudin purus,
 
−
quis porttitor enim leo at nunc. Aenean maximus metus in feugiat viverra.
 
−
Aenean a luctus lectus. Aenean sollicitudin ex sed ipsum accumsan aliquam.
 
−
Pellentesque ultricies aliquam ipsum, sed fringilla nunc hendrerit vel.
 
−
Proin sagittis feugiat nunc at pulvinar. Fusce id pellentesque tellus,
 
−
tempor tincidunt ipsum. Sed dignissim mattis dolor a placerat.
 
−
Morbi leo libero, lobortis volutpat rutrum ac, volutpat ac purus.
 
−
Aenean finibus libero in metus fermentum commodo. Curabitur feugiat
 
−
enim nec cursus hendrerit. Morbi vel nibh elementum, eleifend magna
 
−
cursus, facilisis massa. Nulla lobortis tincidunt venenatis. Vestibulum
 
−
id nibh est. Mauris lobortis felis quis libero facilisis, sit
 
−
amet convallis ipsum pretium. Suspendisse potenti.</p>
 
  
−
<p>Aenean vulputate tellus id egestas volutpat.
+
<p>4 µL of the master mix was then mixed with 4 µL of the enzyme.</p>
−
Vivamus consectetur fermentum varius. Suspendisse sed diam et erat
+
−
ultricies tincidunt. Etiam tempus, libero non varius tempor, lacus
+
−
tortor cursus metus, ac semper metus dui eu tellus. Mauris maximus
+
−
odio urna, vitae eleifend turpis bibendum a. Quisque nec posuere urna.
+
−
Aliquam enim neque, convallis ut dignissim sit amet, mattis sit amet
+
−
urna. Etiam ultricies risus vitae elit gravida, ac aliquam nibh
+
−
venenatis. Vivamus posuere eget tellus ullamcorper condimentum.</p>
+
  
−
<p>Duis rhoncus, ex ac varius aliquet, justo justo commodo augue,
+
<p><b></b></p>
−
vel dictum enim tortor id elit. Duis sagittis, enim non sodales viverra,
+
<table>
−
lacus purus congue quam, nec tempus metus mi vitae sem. Vivamus dapibus
+
  <tr>
−
id leo vitae volutpat. Sed vulputate fermentum facilisis.
+
    <td>NEB Buffer 2</td>
−
Nullam gravida dictum accumsan. Etiam tincidunt vehicula tincidunt.
+
    <td>5 µL</td>
−
Mauris faucibus ultrices purus, at cursus erat. Sed at varius dui.
+
  </tr>
−
Nunc accumsan nunc congue volutpat faucibus. Praesent mollis
+
  <tr>
−
tincidunt auctor. Ut aliquet risus eros, nec accumsan sem congue quis.
+
    <td>XBaI </td>
−
Vivamus pulvinar aliquet turpis, ac sodales arcu feugiat id.
+
    <td>0.5 µL</td>
−
Sed ullamcorper mauris purus. Sed cursus quam iaculis metus
+
  </tr>
−
efficitur, eu auctor ipsum posuere.</p>
+
  <tr>
 +
    <td>PstI</td>
 +
    <td>0.5 µL</td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
    <td>Milliq</td>
 +
    <td>19 µL</td>
 +
  </tr>
 +
</table>
  
−
<p>Curabitur porta sagittis ultricies.
+
<p>4 µL of the master mix was then mixed with 4 µL of the enzyme.</p>
−
Suspendisse dictum iaculis justo. Fusce consequat tristique mi,
+
 
−
vel tempus neque bibendum ac. Ut ac dui risus. Ut mattis laoreet
+
<p>Both digestion mixtures were digested at 37 °C for 30 minutes.
−
est, eu venenatis ligula vehicula ut. Donec ex tellus,
+
The mixtures were then left at 80 °C for 20 minutes to heat kill the enzymes.
−
auctor quis arcu laoreet, rutrum facilisis odio. Donec condimentum,
+
These steps were performed in a PCR machine.
−
felis id ultrices dictum, elit nunc fermentum neque,
+
</p>
−
  vel tempor nulla ex sit amet neque. Aenean semper turpis nec erat sodales semper.</p>
+
 
 +
  </div>
 +
<div class="col-sm-6">
 +
<p>
  
−
<p>Mauris nulla libero, rhoncus eget ante at, sollicitudin posuere ante.
 
−
Class aptent taciti sociosqu ad litora torquent per conubia nostra,
 
−
per inceptos himenaeos. Vivamus felis risus, faucibus at diam id,
 
−
accumsan ultricies tortor. Aenean vitae libero massa.
 
−
Donec pellentesque mi non libero varius, ac luctus magna lobortis.
 
−
Nulla vehicula eros erat, ac pharetra enim fringilla vel.
 
−
Nullam euismod pellentesque ante, a elementum mi efficitur non.
 
−
Maecenas lobortis malesuada leo, eget cursus dui sodales a.
 
−
Quisque ullamcorper porttitor lacus, ac dictum justo faucibus eget.
 
−
Vestibulum purus lorem, vehicula vel vehicula sit amet,
 
−
sagittis non leo. Proin consectetur sollicitudin est et laoreet.
 
−
Suspendisse potenti. Cras nec pretium ligula. Praesent placerat
 
−
ipsum leo, mattis imperdiet nisi imperdiet feugiat.
 
 
</p>
 
</p>
 
</div>
 
</div>

Revision as of 17:00, 30 October 2017

3A Assembly

1. Digestion

A 25 µL master mix was prepared for both of the inserts. The backbone plasmid was already precut, but to cut backbone plasmids EcoRI-HF and PstI would be used (the same volume).

Enzyme Master Mix for the first insert:

NEB Buffer 2 5 µL
EcoRI-HF 0.5 µL
SpeI 0.5 µL
Milliq 19 µL

4 µL of the master mix was then mixed with 4 µL of the enzyme.

NEB Buffer 2 5 µL
XBaI 0.5 µL
PstI 0.5 µL
Milliq 19 µL

4 µL of the master mix was then mixed with 4 µL of the enzyme.

Both digestion mixtures were digested at 37 °C for 30 minutes. The mixtures were then left at 80 °C for 20 minutes to heat kill the enzymes. These steps were performed in a PCR machine.

Lorem ipsum

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Ut lobortis, sem a sagittis rhoncus, enim metus sollicitudin purus, quis porttitor enim leo at nunc. Aenean maximus metus in feugiat viverra. Aenean a luctus lectus. Aenean sollicitudin ex sed ipsum accumsan aliquam. Pellentesque ultricies aliquam ipsum, sed fringilla nunc hendrerit vel. Proin sagittis feugiat nunc at pulvinar. Fusce id pellentesque tellus, tempor tincidunt ipsum. Sed dignissim mattis dolor a placerat. Morbi leo libero, lobortis volutpat rutrum ac, volutpat ac purus. Aenean finibus libero in metus fermentum commodo. Curabitur feugiat enim nec cursus hendrerit. Morbi vel nibh elementum, eleifend magna cursus, facilisis massa. Nulla lobortis tincidunt venenatis. Vestibulum id nibh est. Mauris lobortis felis quis libero facilisis, sit amet convallis ipsum pretium. Suspendisse potenti.

Aenean vulputate tellus id egestas volutpat. Vivamus consectetur fermentum varius. Suspendisse sed diam et erat ultricies tincidunt. Etiam tempus, libero non varius tempor, lacus tortor cursus metus, ac semper metus dui eu tellus. Mauris maximus odio urna, vitae eleifend turpis bibendum a. Quisque nec posuere urna. Aliquam enim neque, convallis ut dignissim sit amet, mattis sit amet urna. Etiam ultricies risus vitae elit gravida, ac aliquam nibh venenatis. Vivamus posuere eget tellus ullamcorper condimentum.

Duis rhoncus, ex ac varius aliquet, justo justo commodo augue, vel dictum enim tortor id elit. Duis sagittis, enim non sodales viverra, lacus purus congue quam, nec tempus metus mi vitae sem. Vivamus dapibus id leo vitae volutpat. Sed vulputate fermentum facilisis. Nullam gravida dictum accumsan. Etiam tincidunt vehicula tincidunt. Mauris faucibus ultrices purus, at cursus erat. Sed at varius dui. Nunc accumsan nunc congue volutpat faucibus. Praesent mollis tincidunt auctor. Ut aliquet risus eros, nec accumsan sem congue quis. Vivamus pulvinar aliquet turpis, ac sodales arcu feugiat id. Sed ullamcorper mauris purus. Sed cursus quam iaculis metus efficitur, eu auctor ipsum posuere.

Curabitur porta sagittis ultricies. Suspendisse dictum iaculis justo. Fusce consequat tristique mi, vel tempus neque bibendum ac. Ut ac dui risus. Ut mattis laoreet est, eu venenatis ligula vehicula ut. Donec ex tellus, auctor quis arcu laoreet, rutrum facilisis odio. Donec condimentum, felis id ultrices dictum, elit nunc fermentum neque, vel tempor nulla ex sit amet neque. Aenean semper turpis nec erat sodales semper.

Mauris nulla libero, rhoncus eget ante at, sollicitudin posuere ante. Class aptent taciti sociosqu ad litora torquent per conubia nostra, per inceptos himenaeos. Vivamus felis risus, faucibus at diam id, accumsan ultricies tortor. Aenean vitae libero massa. Donec pellentesque mi non libero varius, ac luctus magna lobortis. Nulla vehicula eros erat, ac pharetra enim fringilla vel. Nullam euismod pellentesque ante, a elementum mi efficitur non. Maecenas lobortis malesuada leo, eget cursus dui sodales a. Quisque ullamcorper porttitor lacus, ac dictum justo faucibus eget. Vestibulum purus lorem, vehicula vel vehicula sit amet, sagittis non leo. Proin consectetur sollicitudin est et laoreet. Suspendisse potenti. Cras nec pretium ligula. Praesent placerat ipsum leo, mattis imperdiet nisi imperdiet feugiat.

Curabitur porta sagittis ultricies. Suspendisse dictum iaculis justo. Fusce consequat tristique mi, vel tempus neque bibendum ac. Ut ac dui risus. Ut mattis laoreet est, eu venenatis ligula vehicula ut. Donec ex tellus, auctor quis arcu laoreet, rutrum facilisis odio. Donec condimentum, felis id ultrices dictum, elit nunc fermentum neque, vel tempor nulla ex sit amet neque. Aenean semper turpis nec erat sodales semper.