Difference between revisions of "Team:Wageningen UR/Parts"

(Prototype team page)
 
 
(23 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 1: Line 1:
−
{{Wageningen_UR}}
+
{{Wageningen_UR/Menuv2}}
 +
{{Wageningen_UR/StyleCSSv2}}
 +
{{Wageningen_UR/MobileMenu}}
 +
{{Wageningen_UR/WetLabCSS}}
 +
 
 
<html>
 
<html>
  
 +
<div class="container-fluid OurContent">
  
 +
    <div class="row">
 +
        <div class="col-md-2 hidden-xs Main-Left-Column">
 +
        </div>
  
 +
        <div class="col-lg-8">
  
 +
            <div class="Main-Border">
 +
                <div class="Main-Center-Content-Column Overview">
 +
<div id="breadcrumb-wrapper">
 +
                        <ul class="breadcrumb">
 +
                            <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Wageningen_UR">Home</a></li>
 +
<li><a href="https://2017.igem.org/Team:Wageningen_UR/Wet-lab">Wet-lab</a></li>
 +
                            <li>BioBricks</li>
  
 +
                        </ul>
 +
                    </div>
 +
                    <h1>BioBricks</h1>
  
−
<div class="column full_size">
+
                    <p>Here you can find all parts that were delivered to the iGEM Registry of Standard Biological Parts.
 +
Furthermore, we also submitted biobricks for the <a href="https://2017.igem.org/Team:Wageningen_UR/Composite_Part">best composite part</a> and <a href="https://2017.igem.org/Team:Wageningen_UR/Part_Collection">best collection</a>.
  
−
<h1>Parts</h1>
 
  
−
<p>Each team will make new parts during iGEM and will submit them to the Registry of Standard Biological Parts. The iGEM software provides an easy way to present the parts your team has created. The <code>&lt;groupparts&gt;</code> tag (see below) will generate a table with all of the parts that your team adds to your team sandbox.</p>
+
                                    <table style="width:100%">
−
<p>Remember that the goal of proper part documentation is to describe and define a part, so that it can be used without needing to refer to the primary literature. Registry users in future years should be able to read your documentation and be able to use the part successfully. Also, you should provide proper references to acknowledge previous authors and to provide for users who wish to know more.</p>
+
<tr><th colspan="3"><i>T. brucei</i> Antigens</th></tr> 
 +
                                        <tr>
 +
                                            <th>BioBrick Code</th>
 +
                                            <th>Part Name</th>
 +
                                            <th>Designer</th>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td> <a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387060>BBa_K2387060</a></td>
 +
                                            <td>Double tagged ISG64 of <i>T. brucei gambiense</i></td>
 +
                                            <td>Linda</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387061>BBa_K2387061</a></td>
 +
                                            <td>Double tagged ISG65 of <i>T. brucei gambiense</i></td>
 +
                                            <td>Linda</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
  
 +
           
 +
                                    <table style="width:100%">
 +
<tr><th colspan="3">Cpx System</th></tr>                                       
 +
<tr>
 +
                                            <th>BioBrick Code</th>
 +
                                            <th>Part Name</th>
 +
                                            <th>Designer</th>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387014>BBa_K2387014</a></td>
 +
                                            <td>Cpx system reporter + CpxP inhibitor</td>
 +
                                            <td>Stijn</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387017>BBa_K2387017</a></td>
 +
                                            <td>Cpx system reporter + CpxP-Affinity molecule inhibitor</td>
 +
                                            <td>Stijn</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387018>BBa_K2387018</a></td>
 +
                                            <td>Cpx system reporter + Affinity molecule-CpxP inhibitor</td>
 +
                                            <td>Stijn</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387022>BBa_K2387022</a></td>
 +
                                            <td>Cpx system reporter + tethered CpxP</td>
 +
                                            <td>Stijn</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387023>BBa_K2387023</a></td>
 +
                                            <td>Cpx system reporter + tethered CpxP-Affinity molecule</td>
 +
                                            <td>Stijn</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387024>BBa_K2387024</a></td>
 +
                                            <td>Cpx system reporter + tethered Affinity molecule-CpxP</td>
 +
                                            <td>Stijn</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
  
−
</div>
+
                                    <table style="width:100%">
 +
<tr><th colspan="3">Reporters and Split Reporters</th></tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <th>BioBrick Code</th>
 +
                                            <th>Part Name</th>
 +
                                            <th>Designer</th>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387001>BBa_K2387001</a></td>
 +
                                            <td>Monomeric chromoprotein anm2CP controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>José Manuel</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387045>BBa_K2387045</a></td>
 +
                                            <td>mVenus controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>José Manuel</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387046>BBa_K2387046</a></td>
 +
                                            <td>Split mVenus controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>José Manuel</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387047>BBa_K2387047</a></td>
 +
                                            <td>sfGFP controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>José Manuel</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387048>BBa_K2387048</a></td>
 +
                                            <td>Split sfGFP controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>José Manuel</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387052>BBa_K2387052</a></td>
 +
                                            <td>mCerulean controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>José Manuel</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387053>BBa_K2387053</a></td>
 +
                                            <td>Split mCerulean controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>José Manuel</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387054>BBa_K2387054</a></td>
 +
                                            <td>mRFP controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>José Manuel</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387055>BBa_K2387055</a></td>
 +
                                            <td>Split mRFP controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>José Manuel</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387003>BBa_K2387003</a></td>
 +
                                            <td>eYFP controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387007>BBa_K2387007</a></td>
 +
                                            <td>eYFPn [1-154] controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387008>BBa_K2387008</a></td>
 +
                                            <td>eYFPc [155-238] controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387009>BBa_K2387009</a></td>
 +
                                            <td>eYFPn [1-154] and eYFPc[155-238] controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387062>BBa_K2387062</a></td>
 +
                                            <td>eYFP[155-238]-cLeucine Zipper fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387063>BBa_K2387063</a></td>
 +
                                            <td>eYFP[1-154]-nLeucine Zipper fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387065>BBa_K2387065</a></td>
 +
                                            <td>eYFP[1-154]-nLeucine Zipper and eYFP[155-238]-cLeucine Zipper fusions controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
  
 +
                 
 +
                                    <table style="width:100%">
 +
<tr><th colspan="3">Cpx + BiFC</th></tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <th>BioBrick Code</th>
 +
                                            <th>Part Name</th>
 +
                                            <th>Designer</th>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387010>BBa_K2387010</a></td>
 +
                                            <td>CpxA-eYFPn fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387029>BBa_K2387029</a></td>
 +
                                            <td>CpxR-mVenusn and CpxR-mVenusc fusions controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387030>BBa_K2387030</a></td>
 +
                                            <td>CpxR-eYFPc fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387031>BBa_K2387031</a></td>
 +
                                            <td>CpxR-eYFPn fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387032>BBa_K2387032</a></td>
 +
                                            <td>CpxR-eYFPn and CpxR-eYPFc fusions controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387074>BBa_K2387074</a></td>
 +
                                            <td>TEV protease fused to CpxR controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Bart</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                               
 +
                                    <table style="width:100%">
 +
<tr><th colspan="3">Quorum Sensing System</th></tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <th>BioBrick Code</th>
 +
                                            <th>Part Name</th>
 +
                                            <th>Designer</th>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387066>BBa_K2387066</a></td>
 +
                                            <td>Colicin E7 lytic mechanism controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Natalia</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387068>BBa_K2387068</a></td>
 +
                                            <td>T4 Holin lytic mechanism controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Natalia</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387069>BBa_K2387069</a></td>
 +
                                            <td>T4 Endolysin lytic mechanism controlled by inducible araC/pBAD promoter</td>
 +
                                            <td>Natalia</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387070>BBa_K2387070</a></td>
 +
                                            <td>Repressible aiiA</td>
 +
                                            <td>Natalia</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387071>BBa_K2387071</a></td>
 +
                                            <td>Constitutive TEV protease</td>
 +
                                            <td>Natalia</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387072>BBa_K2387072</a></td>
 +
                                            <td>GFP quenched by REACh2 </td>
 +
                                            <td>Natalia</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href=http://parts.igem.org/Part:BBa_K2387073>BBa_K2387073</a></td>
 +
                                            <td>Inducible GFP quenched by REACh2 </td>
 +
                                            <td>Natalia</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
  
 +
                    </div>
 +
                    <!-- accordion -->
  
 +
                </div>
  
 +
            </div>
 +
        </div>
  
−
<div class="column half_size">
+
        <div class="col-md-2 hidden-xs Main-Right-Column">
−
<div class="highlight">
+
        </div>
−
<h5>Note</h5>
+
−
<p>Note that parts must be documented on the <a href="http://parts.igem.org/Main_Page"> Registry</a>. This page serves to <i>showcase</i> the parts you have made. Future teams and other users and are much more likely to find parts by looking in the Registry than by looking at your team wiki.</p>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
 
+
    </div>
−
 
+
−
 
+
−
<div class="column half_size">
+
−
 
+
−
<h5>Adding parts to the registry</h5>
+
−
<p>You can add parts to the Registry at our <a href="http://parts.igem.org/Add_a_Part_to_the_Registry">Add a Part to the Registry</a> link.</p>
+
−
<p>We encourage teams to start completing documentation for their parts on the Registry as soon as you have it available. The sooner you put up your parts, the better you will remember all the details about your parts. Remember, you don't need to send us the DNA sample before you create an entry for a part on the Registry. (However, you <b>do</b> need to send us the DNA sample before the Jamboree. If you don't send us a DNA sample of a part, that part will not be eligible for awards and medal criteria.)</p>
+
 
</div>
 
</div>
−
 
−
 
−
 
−
 
−
 
−
<div class="column half_size">
 
−
 
−
<h5>What information do I need to start putting my parts on the Registry?</h5>
 
−
<p>The information needed to initially create a part on the Registry is:</p>
 
−
<ul>
 
−
<li>Part Name</li>
 
−
<li>Part type</li>
 
−
<li>Creator</li>
 
−
<li>Sequence</li>
 
−
<li>Short Description (60 characters on what the DNA does)</li>
 
−
<li>Long Description (Longer description of what the DNA does)</li>
 
−
<li>Design considerations</li>
 
−
</ul>
 
−
 
−
<p>
 
−
We encourage you to put up <em>much more</em> information as you gather it over the summer. If you have images, plots, characterization data and other information, please also put it up on the part page. </p>
 
−
 
−
</div>
 
−
 
−
 
−
<div class="column half_size">
 
−
 
−
<h5>Inspiration</h5>
 
−
<p>We have a created  a <a href="http://parts.igem.org/Well_Documented_Parts">collection of well documented parts</a> that can help you get started.</p>
 
−
 
−
<p> You can also take a look at how other teams have documented their parts in their wiki:</p>
 
−
<ul>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:MIT/Parts"> 2014 MIT </a></li>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Heidelberg/Parts"> 2014 Heidelberg</a></li>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Tokyo_Tech/Parts">2014 Tokyo Tech</a></li>
 
−
</ul>
 
−
</div>
 
−
 
−
<div class="column full_size">
 
−
<h5>Part Table </h5>
 
−
 
−
<p>Please include a table of all the parts your team has made during your project on this page. Remember part characterization and measurement data must go on your team part pages on the Registry. </p>
 
−
 
−
<div class="highlight">
 
−
 
  
 
</html>
 
</html>
−
<groupparts>iGEM17 Wageningen_UR</groupparts>
 
  
−
<html>
 
−
</div>
 
−
</div>
 
  
−
 
+
{{Wageningen_UR/PageEnd}}
−
 
+
{{Wageningen_UR/MainJSv2}}
−
 
+
−
</html>
+

Latest revision as of 22:27, 1 November 2017

BioBricks

Here you can find all parts that were delivered to the iGEM Registry of Standard Biological Parts. Furthermore, we also submitted biobricks for the best composite part and best collection.

T. brucei Antigens
BioBrick Code Part Name Designer
BBa_K2387060 Double tagged ISG64 of T. brucei gambiense Linda
BBa_K2387061 Double tagged ISG65 of T. brucei gambiense Linda
Cpx System
BioBrick Code Part Name Designer
BBa_K2387014 Cpx system reporter + CpxP inhibitor Stijn
BBa_K2387017 Cpx system reporter + CpxP-Affinity molecule inhibitor Stijn
BBa_K2387018 Cpx system reporter + Affinity molecule-CpxP inhibitor Stijn
BBa_K2387022 Cpx system reporter + tethered CpxP Stijn
BBa_K2387023 Cpx system reporter + tethered CpxP-Affinity molecule Stijn
BBa_K2387024 Cpx system reporter + tethered Affinity molecule-CpxP Stijn
Reporters and Split Reporters
BioBrick Code Part Name Designer
BBa_K2387001 Monomeric chromoprotein anm2CP controlled by inducible araC/pBAD promoter José Manuel
BBa_K2387045 mVenus controlled by inducible araC/pBAD promoter José Manuel
BBa_K2387046 Split mVenus controlled by inducible araC/pBAD promoter José Manuel
BBa_K2387047 sfGFP controlled by inducible araC/pBAD promoter José Manuel
BBa_K2387048 Split sfGFP controlled by inducible araC/pBAD promoter José Manuel
BBa_K2387052 mCerulean controlled by inducible araC/pBAD promoter José Manuel
BBa_K2387053 Split mCerulean controlled by inducible araC/pBAD promoter José Manuel
BBa_K2387054 mRFP controlled by inducible araC/pBAD promoter José Manuel
BBa_K2387055 Split mRFP controlled by inducible araC/pBAD promoter José Manuel
BBa_K2387003 eYFP controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387007 eYFPn [1-154] controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387008 eYFPc [155-238] controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387009 eYFPn [1-154] and eYFPc[155-238] controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387062 eYFP[155-238]-cLeucine Zipper fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387063 eYFP[1-154]-nLeucine Zipper fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387065 eYFP[1-154]-nLeucine Zipper and eYFP[155-238]-cLeucine Zipper fusions controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
Cpx + BiFC
BioBrick Code Part Name Designer
BBa_K2387010 CpxA-eYFPn fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387029 CpxR-mVenusn and CpxR-mVenusc fusions controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387030 CpxR-eYFPc fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387031 CpxR-eYFPn fusion controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387032 CpxR-eYFPn and CpxR-eYPFc fusions controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
BBa_K2387074 TEV protease fused to CpxR controlled by inducible araC/pBAD promoter Bart
Quorum Sensing System
BioBrick Code Part Name Designer
BBa_K2387066 Colicin E7 lytic mechanism controlled by inducible araC/pBAD promoter Natalia
BBa_K2387068 T4 Holin lytic mechanism controlled by inducible araC/pBAD promoter Natalia
BBa_K2387069 T4 Endolysin lytic mechanism controlled by inducible araC/pBAD promoter Natalia
BBa_K2387070 Repressible aiiA Natalia
BBa_K2387071 Constitutive TEV protease Natalia
BBa_K2387072 GFP quenched by REACh2 Natalia
BBa_K2387073 Inducible GFP quenched by REACh2 Natalia