Difference between revisions of "Team:SDSZ-China"

 
(43 intermediate revisions by 3 users not shown)
Line 3: Line 3:
  
 
<head>
 
<head>
     <title>Background - TAS Taipei iGEM Wiki</title>
+
     <title>Project</title>
 +
 
 
     <style type='text/css'>
 
     <style type='text/css'>
 
         #top_title, #sideMenu {
 
         #top_title, #sideMenu {
Line 35: Line 36:
 
         #bg {
 
         #bg {
 
             position: fixed;
 
             position: fixed;
             z-index:-1;
+
             z-index: -1;
 
             top: 0;
 
             top: 0;
 
             left: 0;
 
             left: 0;
 
         }
 
         }
  
         .bgwidth {
+
         #bodycontainer {
             width: 100%;
+
             background: rgba(255, 255, 255, 0.5);
        }
+
 
+
        .bgheight {
+
            height: 100%;
+
 
         }
 
         }
 
     </style>
 
     </style>
 +
    <link href='http://fonts.googleapis.com/css?family=Lato' rel='stylesheet' type='text/css'>
 +
    <!-- 最新版本的 Bootstrap 核心 CSS 文件 -->
 +
    <link rel="stylesheet" href="https://cdn.bootcss.com/bootstrap/3.3.7/css/bootstrap.min.css"
 +
          integrity="sha384-BVYiiSIFeK1dGmJRAkycuHAHRg32OmUcww7on3RYdg4Va+PmSTsz/K68vbdEjh4u" crossorigin="anonymous">
 +
 +
 +
    <script>localStorage.clear();</script>
 +
    <!-- 最新的 Bootstrap 核心 JavaScript 文件 -->
 +
    <script src="https://cdn.bootcss.com/bootstrap/3.3.7/js/bootstrap.min.js"
 +
            integrity="sha384-Tc5IQib027qvyjSMfHjOMaLkfuWVxZxUPnCJA7l2mCWNIpG9mGCD8wGNIcPD7Txa"
 +
            crossorigin="anonymous"></script>
 +
 +
    <script type="text/javascript" async
 +
            src="https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML"></script>
 +
    <script type="text/x-mathjax-config">
 +
MathJax.Hub.Config({tex2jax: {inlineMath: [['$','$'], ['\\(','\\)']]}});
 +
 +
 +
 +
 +
    </script>
 +
 +
    <script type="text/javascript">
 +
 +
        $(document).ready(function () {
 +
            $("#category_navbar a").on('click', function (event) {
 +
                // Make sure this.hash has a value before overriding default behavior
 +
                if (this.hash !== "") {
 +
                    // Prevent default anchor click behavior
 +
                    event.preventDefault();
 +
 +
                    // Store hash0
 +
                    var hash = this.hash;
 +
 +
                    // Using jQuery's animate() method to add smooth page scroll
 +
                    // The optional number (800) specifies the number of milliseconds it takes to scroll to the specified area
 +
                    $('html, body').animate({
 +
                        scrollTop: $(hash).offset().top
 +
                    }, 800, function () {
 +
 +
                        // Add hash (#) to URL when done scrolling (default click behavior)
 +
                        window.location.hash = hash;
 +
                    });
 +
                }  // End if
 +
            });
 +
        });
 +
 +
 +
    </script>
 +
 +
</head>
 
</head>
 
</head>
  
 
<body data-spy="scroll" data-target="#category_navbar">
 
<body data-spy="scroll" data-target="#category_navbar">
<link href='http://fonts.googleapis.com/css?family=Lato' rel='stylesheet' type='text/css'>
 
<!-- 最新版本的 Bootstrap 核心 CSS 文件 -->
 
<link rel="stylesheet" href="https://cdn.bootcss.com/bootstrap/3.3.7/css/bootstrap.min.css"
 
      integrity="sha384-BVYiiSIFeK1dGmJRAkycuHAHRg32OmUcww7on3RYdg4Va+PmSTsz/K68vbdEjh4u" crossorigin="anonymous">
 
  
 +
<div class="container" style='z-index:10;position:relative;'>
  
<div class="container" style='z-index:10;position:relative;'>
 
    <!--   
 
        <div class="row center-block" style="text-align: left;">
 
            <nav style='font-family:Lato;font-size:22px;background-color:#1C77C3;-webkit-transform: translateZ(0);z-index: 100;position: fixed;box-shadow: 0px 0px 10px black;'>
 
                <ul style='margin-left:0px'>
 
                    <li class="dropdown">
 
                        <a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Background"><h4 class="dropdown-toggle disabled"
 
                                                                                      data-toggle="dropdown"><b>PROJECT</b>
 
                        </h4></a>
 
                        <div class="dropdown-menu">
 
                            <div class='subcategories_container'>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Background">Background</a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Achievements">Achievements</a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Collaborations">Collaborations</a>
 
                                    </h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Parts">Parts</a></h5>
 
                                </div>
 
                            </div>
 
                            <div style='height:140px;'>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/11/T--TAS_Taipei--TAS_Icon_Project.png">
 
                                <h4><b>Cataracts</b> - the leading cause of blindness. Find out how we can non-invasively
 
                                    <b>treat</b> and <b>prevent</b> cataract formation.</b></h4>
 
                            </div>
 
   
 
                        </div>
 
                    </li>
 
                    <li class="dropdown">
 
                        <a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Experimental_Summary"><h4
 
                                class='dropdown-toggle disabled' data-toggle="dropdown"><b>EXPERIMENTAL</b></h4></a>
 
                        <div class="dropdown-menu">
 
                            <div class='subcategories_container'>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Experimental_Summary#lensmodel">Lens
 
                                        Cataract Model</a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Experimental_Summary#construct">Prevention
 
                                        and Treatment Constructs </a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Experimental_Summary#prototype">Delivery
 
                                        Prototype</a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Notebook">Notebook</a></h5>
 
                                </div>
 
                            </div>
 
                            <div style='height:140px;'>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b0/T--TAS_Taipei--TAS_Icon_Experiments.png">
 
                                <h4>We build <b>constructs</b> to make our great ideas become reality. Follow along our
 
                                    discovery of exciting science!</h4>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </li>
 
                    <li class="dropdown">
 
                        <a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Model"><h4 class='dropdown-toggle disabled'
 
                                                                                data-toggle="dropdown"><b>MODEL</b></h4>
 
                        </a>
 
                        <div class="dropdown-menu">
 
                            <div class='subcategories_container'>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Model#GSRFunc">GSR Function</a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Model#prototype">Prototype
 
                                        Delivery</a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Model#treatment">CH25H Treatment</a>
 
                                    </h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Model#software">Calculator</a></h5>
 
                                </div>
 
   
 
                            </div>
 
                            <div style='height:140px;'>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ca/T--TAS_Taipei--TAS_Icon_Model.png">
 
                                <h4><b>Computational Biology</b> provides us models that we cannot easily test
 
                                    experimentally. Click to find out the results of our modeling, and the math behind it!
 
                                </h4>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </li>
 
                    <li class="dropdown">
 
                        <a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Human_Practices"><h4 class='dropdown-toggle disabled'
 
                                                                                          data-toggle="dropdown"><b>HUMAN
 
                            PRACTICE</b></h4></a>
 
                        <div class="dropdown-menu">
 
                            <div class='subcategories_container'>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Human_Practices#research">Research</a>
 
                                    </h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Human_Practices#outreach">Outreach</a>
 
                                    </h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Human_Practices#impact">Impact</a>
 
                                    </h5>
 
                                </div>
 
                            </div>
 
                            <div style='height:140px;'>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b9/T--TAS_Taipei--TAS_Icon_HP.png">
 
                                <h4>We don't just grow cool bacteria. We make a <b>difference</b>. Find out how we tackled
 
                                    <b>social aspects</b> of this project.</h4>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </li>
 
                    <li class="dropdown">
 
                        <a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Safety"><h4 class='dropdown-toggle disabled'
 
                                                                                  data-toggle="dropdown"><b>SAFETY</b></h4>
 
                        </a>
 
                        <div class="dropdown-menu">
 
                            <div style='height:100px;'>
 
                                <div class='subcategories_container'>
 
                                    <div>
 
                                        <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Safety#overview">Overview</a></h5>
 
                                    </div>
 
                                    <div>
 
                                        <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Safety#biosafety">Biosafety</a>
 
                                        </h5>
 
                                    </div>
 
                                    <div>
 
                                        <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Safety#riskreduction">Risk
 
                                            Reduction Methods</a></h5>
 
                                    </div>
 
                                    <div>
 
                                        <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Safety#furtherquestion">Further
 
                                            Questions</a></h5>
 
                                    </div>
 
                                </div>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7e/T--TAS_Taipei--TAS_Icon_Safety.png">
 
                                <h4><b>Safety first.</b> Especially in a lab. Here's how we maintained and investigated the
 
                                    integrity and security of our work environment.</h4>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </li>
 
                    <li class="dropdown">
 
                        <a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Team"><h4 class='dropdown-toggle disabled'
 
                                                                                data-toggle="dropdown"><b>TEAM</b></h4></a>
 
                        <div class="dropdown-menu">
 
                            <div class='subcategories_container'>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Team#members">Members</a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Team#about">About</a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Attributions">Attributions</a></h5>
 
                                </div>
 
                                <div>
 
                                    <h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Wiki_Standard_Pages">Wiki Standard
 
                                        Pages</a></h5>
 
                                </div>
 
                            </div>
 
                            <div style='height:140px;'>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c6/T--TAS_Taipei--TAS_Icon_Team.png">
 
                                <h4>Every iGEM project is the accumulation of an entire year's hard work by a group of
 
                                    cheerful students. <b>Meet the team!</b></h4>
 
                            </div>
 
                        </div>
 
                    </li>
 
                </ul>
 
            </nav>
 
        </div>
 
        <br>
 
        <br>
 
        <br>
 
    -->
 
    <!--
 
        <div class="row center-block" style="padding:10px;width:90%;background-color:#07BEB8;box-shadow:0px 0px 5px black">
 
            <div class="row" style="text-align:center;">
 
                <div class="col-sm-2">
 
                    <a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei" style='text-decoration: none'><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c6/T--TAS_Taipei--TAS_iGEM_Logo.png
 
    " alt="" style="width: 100px;"></a>
 
                </div>
 
                <div class="col-sm-8" style='text-align:center;'>
 
                    <a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei" style='text-decoration: none;'>
 
                        <h2 style="font-family:'Lato';letter-spacing:10px;color: white; font-size: 60px;  margin-top: 0;  margin-bottom: 0;">
 
                            <b>
 
                                C&#9678;UNTERACTS</b></h2>
 
                    </a>
 
                </div>
 
                <div class="col-sm-2">
 
                    <a href="https://igem.org/HS"><img
 
                            src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/6e/T--TAS_Taipei--TAS_Icon_Logo2.png" alt=""
 
                            style="width: 100px;"></a>
 
                </div>
 
            </div>
 
        </div>
 
        <br>
 
    -->
 
  
 
     <div class="row card" id='bodycontainer' class='row'>
 
     <div class="row card" id='bodycontainer' class='row'>
        <div class="col-sm-2" style='padding-left:5% padding-right:10%'>
 
            <div id="category_navbar">
 
                <ul class="nav nav-list" data-spy="affix" data-offset-top="160"
 
                    style='-webkit-transform: translateZ(0);width:160px;margin-left:0'>
 
  
                     <li><a href="#Background">Background</a></li>
+
        <nav class="navbar navbar-default navbar-static-top">
                     <li><a href="#Purpose">Purpose</a></li>
+
            <!-- Brand and toggle get grouped for better mobile display -->
                     <li><a href="#Overview">Overview of the project</a></li>
+
            <div class="navbar-header">
                     <li><a href="#Goal">Our goal</a></li>
+
                <button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse"
 +
                        data-target="#bs-example-navbar-collapse-1" aria-expanded="false">
 +
                     <span class="sr-only">Toggle navigation</span>
 +
                    <span class="icon-bar"></span>
 +
                    <span class="icon-bar"></span>
 +
                    <span class="icon-bar"></span>
 +
                </button>
 +
                <a class="navbar-brand" href="#"><img
 +
                        src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/8/8c/%E5%91%80%E5%95%8A%E5%93%88.jpeg" width="100"></a>
 +
            </div>
 +
 
 +
            <!-- Collect the nav links, forms, and other content for toggling -->
 +
            <div class="collapse navbar-collapse" id="bs-example-navbar-collapse-1">
 +
                <ul class="nav navbar-nav">
 +
                    <li><a href="/Team:SDSZ-China">Home</a></li>
 +
                     <li><a href="/Team:SDSZ-China/Project">Project</a></li>
 +
                     <li><a href="/Team:SDSZ-China/Experiment">Experiment</a></li>
 +
                     <li><a href="/Team:SDSZ-China/Parts">Parts</a></li>
 +
                    <li><a href="/Team:SDSZ-China/Human_Practices">Human Practices</a></li>
 +
                    <li><a href="/Team:SDSZ-China/Safety">Safety</a></li>
 +
                    <li><a href="/Team:SDSZ-China/Hardware"> Hardware </a></li>
  
 
                 </ul>
 
                 </ul>
             </div>
+
                <ul class="nav navbar-nav navbar-right">
 +
                    <li><a href="/Team:SDSZ-China/Team">Team and attributions</a></li>
 +
                    <li><a href="#">By SDSZ</a></li>
 +
                </ul>
 +
             </div><!-- /.navbar-collapse -->
 +
        </nav>
  
        </div>
 
  
         <div class="col-sm-10" style="padding-right:5%">
+
         <div class="col-sm-12" style="padding-right:5%">
            <div class="row">
+
                <div class="col-sm-12">
+
                    <h1 id='Background'>Background</h1>
+
                    <p>Bear bile, one of the most famous animal drugs in Traditional Chinese Medicine (TCM), has been
+
                        recorded in ancient Chinese medicine book as a significant method to treat hepatic and biliary
+
                        disorders. UDCA, the effective ingredient of bear bile.Aside from the traditional use of bear
+
                        bile in Chinese medicine, UDCA(ursodeoxycholic acid), the effective ingredient of bear bile
+
                        acid, has a much larger pharmaceutical application. As well as the usage of UDCA in dissolving
+
                        gallstone, its efficacy in primary biliary cirrhosis and primary sclerosing cholangitis (PSC) as
+
                        an adjunct to medical therapy has been well established. Newer indications include its use in
+
                        the management of chronic hepatitis, cirrhosis, post liver transplant rejection,
+
                        graft-versus-host disease and acute viral hepatitis, where it not only relieves symptoms of
+
                        cholestasis but also arrests ongoing hepatocyte necrosis. However, the increasing demand for
+
                        bear bile has caused bears to be in an endangered state: bear poaching and illegal animal trade
+
                        have greatly dwindled the number of the wild Asiatic black bear. Apart from that, bear bile
+
                        farming industry in Asia extracts bile through “milking” from the bears, which is operated
+
                        through surgically implanting a permanent catheter in the animal's gallbladder to obtain the
+
                        drips. It is unquestionable that the bear bile farming process will lead to both physical and
+
                        psychological damage in bears. </p>
+
                </div>
+
            </div>
+
  
             <div class="row">
+
             <br>
                <div class="col-sm-12">
+
             <br>
                    <h1 id='Purpose'>Purpose</h1>
+
                    <p>To find substitute or alternative for bear bile farming, our team will be working on the
+
                        biological synthesis of the main effective component of this important medicine,
+
                        UDCA(Ursodeoxycholic Acid). This biological approach will not only be more efficient but also be
+
                        cheaper than the original chemical approach, which is widely used in the current UDCA synthesis
+
                        industry. </p>
+
                </div>
+
             </div>
+
  
             <div class="row">
+
             <div class="text-center">
                <div class="col-sm-12">
+
                    <h1 class="text-danger">SDSZ - China</h1>
                    <h1 id='Overview'>Overview of the project</h1>
+
                     <h4 class="text-default">Automatic Synthesize of UDCA(effective ingredient of bear bile) using immobilized enzymes.</h4>
                     <p>We found that it is possible to convert the main component of poultry bile, CDCA(Chenodeoxycholic
+
                        Acid), into UDCA, by employing two enzyme-catalyzed the reactions. First, two enzymes was
+
                        employed to manage the transformation of CDCA to 7oxo-LCA. In the present of
+
                        7a-HSD(7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase), CDCA is transformed in to 7oxo-LCA by loosing a
+
                        pair of hydrogen(2H+ and 2e-), the pair of hydrogen is added to NAD+, the cofactor and the
+
                        acceptor. The NAD+ is transformed into NADH during the reaction. To regenerate the NAD+ and
+
                        recycle the reaction, to , the LDH(Lactate dehydrogenase) works on pyruvate and take the pair of
+
                        hydrogen from NADH and transform the pyruvate to lactate and NADH to NAD+.</p>
+
                    <p>In the second step, the 7oxo-LCA is transformed to UDCA by 7β-HSDH(7beta-hydroxysteroid
+
                        dehydrogenase)and GDH(glutamate dehydrogenase).The 7β-HSDH works on 7oxo-LCA and take a pair of
+
                        hydrogen from NADPH(the cofactor for the second step)and add it to 7oxo-LCA and form a beta
+
                        position 7-hydroxyl group, which is our target product UDCA. The GDH works on glucose and take a
+
                        pair of hydrogen from it and add it to the NADP+, to form NADPH to manage the regeneration of
+
                        cofactor NADPH for the second step.</p>
+
                </div>
+
 
             </div>
 
             </div>
  
             <div class="row">
+
             <br>
                <div class="col-sm-12">
+
            <br>
                    <h1 id='Goal'>Our goal</h1>
+
             <br>
                    <p>Our mission is to expression of the four enzymes 7α-HSDH (from ecoli DH5a), 7β-HSDH (from
+
                        Ruminococcus Torques), GDH (from Bacillus subtilis), and LDH from (Lactobacillus delbruechii
+
                        subsp. Bulgaricus)and test their activities. By adding the CBD( cellulose binding
+
                        domain)sequnence to the plasmid we construct, we manage to bind our enzyme on gauze. This
+
                        specific design excels in 3 specific ways: first, by controlling the presence of the gauze in
+
                        the solution, we can control the process of the reaction. Second, when the target enzyme is
+
                        bound to cellulose we manage to purify the protein we express. Third, the enzyme binding gauze
+
                        is employed to a machine including the reaction efficiency measuring system and the enzyme
+
                        addition controlling system .</p>
+
                </div>
+
             </div>
+
 
             <br>
 
             <br>
 
             <br>
 
             <br>
Line 351: Line 159:
  
 
     <div class="backgroundpic">
 
     <div class="backgroundpic">
         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e5/T--TAS_Taipei--Taipei_Background_1.0.jpg" width="100%" height="100%" id="bg" alt="">
+
         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/6/62/%E8%83%8C%E6%99%AF1.jpeg" width="100%"
 +
            height="100%" id="bg" alt="">
 
     </div>
 
     </div>
 
</div>
 
</div>
 
<script>localStorage.clear();</script>
 
<!-- 最新的 Bootstrap 核心 JavaScript 文件 -->
 
<script src="https://cdn.bootcss.com/bootstrap/3.3.7/js/bootstrap.min.js"
 
        integrity="sha384-Tc5IQib027qvyjSMfHjOMaLkfuWVxZxUPnCJA7l2mCWNIpG9mGCD8wGNIcPD7Txa"
 
        crossorigin="anonymous"></script>
 
 
<script type="text/javascript" async
 
        src="https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML"></script>
 
<script type="text/x-mathjax-config">
 
    MathJax.Hub.Config({tex2jax: {inlineMath: [['$','$'], ['\\(','\\)']]}});
 
 
</script>
 
 
<script type="text/javascript">
 
    $("#category_navbar a").on('click', function (event) {
 
        // Make sure this.hash has a value before overriding default behavior
 
        if (this.hash !== "") {
 
            // Prevent default anchor click behavior
 
            event.preventDefault();
 
 
            // Store hash0
 
            var hash = this.hash;
 
 
            // Using jQuery's animate() method to add smooth page scroll
 
            // The optional number (800) specifies the number of milliseconds it takes to scroll to the specified area
 
            $('html, body').animate({
 
                scrollTop: $(hash).offset().top
 
            }, 800, function () {
 
 
                // Add hash (#) to URL when done scrolling (default click behavior)
 
                window.location.hash = hash;
 
            });
 
        }  // End if
 
    });
 
 
</script>
 
  
 
</body>
 
</body>
  
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 03:24, 2 November 2017


Project



SDSZ - China

Automatic Synthesize of UDCA(effective ingredient of bear bile) using immobilized enzymes.