Difference between revisions of "Template:Freiburg/PageTest3"

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{{Freiburg/Navbar}}
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<html>
 
<html>
−
   
 
 
<head>
 
<head>
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<link href="https://fonts.googleapis.com/css?family=Roboto" rel="stylesheet">
 
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<link rel="stylesheet" type="text/css"
 
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<link rel="stylesheet" type="text/css"
 
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<script type="text/javascript" src="https://2017.igem.org/Template:Team:Freiburg/JS:bootstrap?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
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<style>
 
<style>
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.table, th, td {
 +
border: 1px solid black;
 +
border-collapse: collapse;
 +
}
  
 +
table{
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    width:95%
 +
    }
  
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.well {
+
.th, td {
−
    width: 200px;
+
padding: 5px;
−
    height: 200px;
+
 
}
 
}
−
</style>
 
−
</head>
 
 
      
 
      
−
<body>
+
button.accordion {
 +
    background-color: #eee;
 +
    color: #444;
 +
    cursor: pointer;
 +
    padding: 25px;
 +
    width: 100%;
 +
    border: none;
 +
    text-align: left;
 +
    outline: none;
 +
    font-size: 20px;
 +
    transition: 1s;
 +
    border-radius: 10px 10px 0px 0px;
 +
    font-weight: 600;
 +
    padding-left: 40px;
 +
}
  
 +
button.accordion.active, button.accordion:hover {
 +
    background-color: #ccc;
 +
}
  
−
<div id="header" align="center" margin-top="200px">
+
div.panel {
−
      <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/d/d0/IGEM_Freiburg_CARTEL.jpg" align="center" width="550px">
+
    padding: 0 18px;
−
</div>
+
    background-color: white;
−
 
+
    max-height: 0;
−
<div class="container">
+
     overflow: hidden;
−
<div class="item">
+
    transition: max-height 1s ease-in;
−
     <p>
+
     border-radius: 0px 0px 10px 10px;
−
        <a href="https://2017.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Freiburg/PageTest3#linkpanel"> BLAB BLA BLA</a>
+
}
−
     </p>
+
 
      
 
      
−
     </div>
+
.formula{
−
     <div class="item">
+
    width: 95%;
 +
    float: left;
 +
    clear: left;
 +
    border: 1px solid blue;
 +
      
 +
     }
  
−
<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mi>f</mi><mo>'</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo><mo>=</mo><mi>y</mi><mo>(</mo><mi>z</mi><mo>)</mo><mo>-</mo><mi>k</mi><mn>1</mn><mo>*</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></math>   
+
.num{
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    width: 5%;
 +
    float: right;
 +
    clear: right;
 +
    border: 1px solid red;
 +
    }
  
−
<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mi>z</mi><mo>'</mo><mo>(</mo><mi>x</mi><mo>)</mo><mo>=</mo><mi>k</mi><mn>2</mn><mo>*</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo><mo>-</mo><mi>k</mi><mn>3</mn><mo>*</mo><mi>z</mi><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></math>
+
.centered{
 +
    -webkit-align-self: center; /* Safari 7.0+ */
 +
    align-self: center
 +
    }
 +
   
 +
   
 +
</style>
 +
<script src="https://2017.igem.org/common/MathJax-2.5-latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML">
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</script>
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</head>
  
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mi>k</mi><mn>1</mn></math>
 
  
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><msub><mi>k</mi><mrow><mi>b</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>a</mi><mi>l</mi></mrow></msub></math>
 
−
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><msub><mi>k</mi><mrow><mi>m</mi><mi>a</mi><mi>x</mi></mrow></msub></math>
 
  
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<body>
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mrow><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mi>A</mi><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mrow><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac></math>
+
  
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<div class="container">
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><msub><mi>O</mi><mn>2</mn></msub></math>
+
    <div class="row">
−
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      <div class="col-md-12 text-center">
−
<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mi>f</mi><mo>(</mo><mo>[</mo><msub><mi>O</mi><mn>2</mn></msub><mo>]</mo><mo>)</mo><mo>&#xA0;</mo></math>
+
        <div class="flex-container">
−
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            <div class="item">
  
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mo>&#xA0;</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mo>[</mo><mi>V</mi><mi>E</mi><mi>G</mi><mi>F</mi><mo>/</mo><msup><mi>H</mi><mo>+</mo></msup><mo>]</mo><mo>)</mo></math>
+
<h1 align="center">Modeling</h1>
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<div class="item">
  
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 +
               
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    <div class="item">
  
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        <h2 align="center">Finding the CARTEL<sup>TM</sup> AND gate</h2>
  
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mrow><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mrow><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac><mo>=</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>b</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>a</mi><mi>l</mi></mrow></msub><mo>+</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>m</mi><mi>a</mi><mi>x</mi></mrow></msub><mo>*</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mo>[</mo><mi>V</mi><mi>E</mi><mi>G</mi><mi>F</mi><mo>/</mo><msup><mi>H</mi><mo>+</mo></msup><mo>]</mo><mo>)</mo><mo>-</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>d</mi><mi>e</mi><mi>g</mi></mrow></msub><mo>*</mo><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi><mo>]</mo><mo>-</mo><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi><mo>]</mo><mo>*</mo><mo>&#xA0;</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mo>[</mo><msub><mi>O</mi><mn>2</mn></msub><mo>]</mo><mo>)</mo></math>
+
       
 +
        <div class="formula">
 +
            <div class="centered">
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          <p align="center">This text should be centered </p>
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        </div>
 +
        </div>  
 +
       
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        <div class="num">
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            <p>This text schould be on the right</p>
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        </div>
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 +
       
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        <p>
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        The hypoxia response element (<i>HRE</i>), cAMP response element (<i>CRE</i>) and <i>CTLA4</i> promoter can be utilized for a more specific <i>CAR</i> expression. Combining these three enhancers in an AND gate to allow a specific <i>CAR</i> expression (Brophy et al., 2014) proved to be quite challenging. Using endogenous systems came with a drawback - a knockout or knockdown of either <i>HIF1</i>, <i>VEGFR-2</i> or <i>TDAG8</i> had to be generated.
 +
        </p>
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 +
   
  
  
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mstyle displaystyle="true"><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>B</mi><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mstyle><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac></math>
+
 
 +
        <div class="col-sm-1"></div>
 +
        <div class="col-sm-10">
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          <p>
 +
              <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mi>f</mi><mo>'</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo><mo>=</mo><mi>a</mi><mo>(</mo><mi>z</mi><mo>)</mo><mo>-</mo><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>*</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></math>
 +
          </p>
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        </div>   
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        <div class="col-sm-1"><p>(1)</p></div>
  
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mstyle displaystyle="true"><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi><mi>B</mi><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mstyle><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac></math>
+
        <div class="col-sm-1"></div>
 +
        <div class="col-sm-10">
 +
          <p>
 +
              <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mi>y</mi><mo>'</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo><mo>=</mo><msub><mi>k</mi><mn>2</mn></msub><mo>*</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo><mo>-</mo><msub><mi>k</mi><mn>3</mn></msub><mo>*</mo><mi>y</mi><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></math>
 +
          </p>
 +
        </div>   
 +
        <div class="col-sm-1"><p>(2)</p></div>
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    </div>
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 +
               
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 +
               
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                <!--  Panel 2 ---------------------------------------->
 +
               
 +
               
 +
               
 +
                <!-- END PANEL 2 ------------------------------------------------->
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 +
   
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 +
           
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    </div>   
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    </div>
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    </div>
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    </div>
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    </div>
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<div class="container">
 +
  <div class="row">
 +
      <div class="col-md-12 text-center">
 +
        <div class="flex-container">
 +
<div class="col-sm-6">
 +
<div class="image_box left" style="float:right">
 +
<div class="figure" style="width:195px">
 +
                <div class="figureinner">
 +
                        <div id="cf">
 +
<a href="https://2017.igem.org/Team:Freiburg/Applied_Design"><img class="bottom" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/a/a9/T-FREIBURG-car-red-left3.jpg" style="width:180px;height:50px;">
 +
<img class="top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/b/b6/T-FREIBURG-carleft3.jpg" style="width:180px;height:50px;">
 +
                        </div>
 +
                    <div class="figurecaption-car" style="float:right">
 +
                      <p><strong>Applied Design</strong></p></a>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
  
  
 +
<div class="col-sm-6">
 +
<div class="image_box right" style="float:left">
 +
<div class="figure" style="width:180px">
 +
                <div class="figureinner">
 +
                    <div id="cf">
 +
<a href="https://2017.igem.org/Team:Freiburg/Basic_Part"><img class="bottom" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/9/9a/T-FREIBURG-car-red-right3.jpg" style="width:180px;height:50px;">
 +
<img class="top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/7/73/T-FREIBURG-car-left3.jpg" style="width:180px;height:50px;">
 +
                        </div> 
 +
                    <div class="figurecaption-car" style="float:left">
 +
                 
 +
                      <p><strong>BioBricks</strong></p></a>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
  
−
<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mstyle displaystyle="true"><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>C</mi><mi>A</mi><mi>R</mi><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mstyle><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac></math>
+
</div>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</div>
 +
   
 +
   
 +
        <script>
 +
var acc = document.getElementsByClassName("accordion");
 +
var i;
  
−
<br><br>
+
for (i = 0; i < acc.length; i++) {
−
<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mstyle displaystyle="true"><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>C</mi><mi>A</mi><mi>R</mi><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mstyle><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac><mo>=</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>b</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>a</mi><mi>l</mi></mrow></msub><mo>+</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>m</mi><mi>a</mi><mi>x</mi></mrow></msub><mo>*</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi><mi>B</mi><mo>]</mo><mo>)</mo><mo>-</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>d</mi><mi>e</mi><mi>g</mi></mrow></msub><mo>*</mo><mo>[</mo><mi>C</mi><mi>A</mi><mi>R</mi><mo>]</mo></math>
+
  acc[i].onclick = function() {
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    this.classList.toggle("active");
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    var panel = this.nextElementSibling;
 +
    if (panel.style.maxHeight){
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      panel.style.maxHeight = null;
 +
    } else {
 +
      panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
 +
    }
 +
  }
 +
}
 +
        </script>  
 +
   
  
−
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−
<br><br>
 
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mstyle displaystyle="true"><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mi>A</mi><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mstyle><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac><mo>=</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>b</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>a</mi><mi>l</mi></mrow></msub><mo>-</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>d</mi><mi>e</mi><mi>g</mi></mrow></msub><mo>*</mo><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi><mo>]</mo><mo>-</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mo>[</mo><msub><mi>O</mi><mn>2</mn></msub><mo>]</mo><mo>)</mo><mo>*</mo><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi><mo>]</mo></math>
 
  
−
<br><br>
 
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mstyle displaystyle="true"><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>T</mi><mi>D</mi><mi>A</mi><mi>G</mi><mn>8</mn><mo>/</mo><mi>V</mi><mi>E</mi><mi>G</mi><mi>F</mi><mi>R</mi><mn>2</mn><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mstyle><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac></math>
 
  
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mstyle displaystyle="true"><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>T</mi><mi>D</mi><mi>A</mi><mi>G</mi><mn>8</mn><mo>/</mo><mi>V</mi><mi>E</mi><mi>G</mi><mi>F</mi><mi>R</mi><mn>2</mn><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mstyle><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac><mo>=</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>b</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>a</mi><mi>l</mi></mrow></msub><mo>+</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>m</mi><mi>a</mi><mi>x</mi></mrow></msub><mo>*</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi><mo>]</mo><mo>)</mo><mo>-</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>d</mi><mi>e</mi><mi>g</mi></mrow></msub><mo>*</mo><mo>[</mo><mi>T</mi><mi>D</mi><mi>A</mi><mi>G</mi><mn>8</mn><mo>/</mo><mi>V</mi><mi>E</mi><mi>G</mi><mi>F</mi><mi>R</mi><mn>2</mn><mo>]</mo></math>
 
  
−
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mfrac><mstyle displaystyle="true"><mi>d</mi><mo>[</mo><mi>C</mi><mi>A</mi><mi>R</mi><mo>]</mo><mo>(</mo><mi>t</mi><mo>)</mo></mstyle><mrow><mi>d</mi><mi>t</mi></mrow></mfrac><mo>=</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>b</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>a</mi><mi>l</mi></mrow></msub><mo>+</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>m</mi><mi>a</mi><mi>x</mi></mrow></msub><mo>*</mo><mi>f</mi><mo>(</mo><mi>V</mi><mi>E</mi><mi>G</mi><mi>F</mi><mo>/</mo><mi>H</mi><mo>)</mo><mo>-</mo><msub><mi>k</mi><mrow><mi>d</mi><mi>e</mi><mi>g</mi></mrow></msub><mo>*</mo><mo>[</mo><mi>C</mi><mi>A</mi><mi>R</mi><mo>]</mo></math>
 
  
−
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mi>f</mi><mo>(</mo><mo>[</mo><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi><mo>]</mo><mo>)</mo></math>
 
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<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><msub><mi>k</mi><mrow><mi>m</mi><mi>a</mi><msub><mi>x</mi><mrow><mi>H</mi><mi>I</mi><mi>F</mi><mn>1</mn><mi>A</mi></mrow></msub></mrow></msub></math>
 
−
   
 
  
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  </div>  </div>  </div>  </div>  </div>  </div>  </div>  </div>
 
  
 
</body>
 
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Revision as of 22:50, 30 October 2017


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The hypoxia response element (HRE), cAMP response element (CRE) and CTLA4 promoter can be utilized for a more specific CAR expression. Combining these three enhancers in an AND gate to allow a specific CAR expression (Brophy et al., 2014) proved to be quite challenging. Using endogenous systems came with a drawback - a knockout or knockdown of either HIF1, VEGFR-2 or TDAG8 had to be generated.

f'(t)=a(z)-k1*f(t)

(1)

y'(t)=k2*f(t)-k3*y(t)

(2)

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