Difference between revisions of "Team:Stuttgart/InterLab"

Line 1: Line 1:
 +
{{Template:Home}}
 
<html>
 
<html>
 
<!--- THIS IS WHERE THE HTML BEGINS --->
 
 
<head>
 
    <link href="https://netdna.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.0.0/css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet"
 
          id="bootstrap-css">
 
    <style>
 
 
 
        /***************************************************** DEFAULT WIKI SETTINGS  ****************************************************/
 
 
        /* Clear the default wiki settings */
 
 
        #home_logo, #sideMenu {
 
            display: none;
 
        }
 
 
        #sideMenu, #top_title, .patrollink {
 
            display: none;
 
        }
 
 
        #content {
 
            width: 100%;
 
            padding: 0px;
 
            margin-top: -7px;
 
            margin-left: 0px;
 
        }
 
 
        body {
 
            background: white;
 
        }
 
 
        #bodyContent h1, #bodyContent h2, #bodyContent h3, #bodyContent h4, #bodyContent h5 {
 
            margin-bottom: 0;
 
            color: #F8CE63;
 
        }
 
 
        table {;
 
        }
 
 
        /**************************************************************** MENU ***************************************************************/
 
        /* Wrapper for the menu */
 
        .igem_2017_menu_wrapper {
 
            width: 15%;
 
            height: 100vh;
 
            position: fixed;
 
            right: 0;
 
            padding: 0;
 
            float: right;
 
            border-left: 1px solid #F8CE63;
 
            background-color: white;
 
            text-align: left;
 
            font-family: Tahoma, Geneva, sans-serif;
 
            overflow-y: auto;
 
            overflow-x: hidden;
 
        }
 
 
        /* this hides the scrollbar to keep view consistency */
 
        .igem_2017_menu_wrappe::-webkit-scrollbar {
 
            display: none;
 
        }
 
 
        /* styling for links in the menu, removes the line under text */
 
        .igem_2017_menu_wrapper a {
 
            text-decoration: none;
 
        }
 
 
        /* styling for the images in the menu */
 
        .igem_2017_menu_wrapper img {
 
            width: 100%;
 
        }
 
 
        /* styling for the menu buttons */
 
        .igem_2017_menu_wrapper .menu_button {
 
            width: 100%;
 
            padding: 10px 0px 10px 15px;
 
            float: left;
 
            border-bottom: 1px solid #F8CE63;
 
            font-size: 16px;
 
            font-weight: bold;
 
            color: #F8CE63;
 
            cursor: pointer;
 
        }
 
 
        .igem_2017_menu_wrapper .menu_bottom_padding {
 
            width: 100%;
 
            height: 30px;
 
            float: left;
 
        }
 
 
        .menu_button.direct_to_page {
 
            padding-left: 36px;
 
        }
 
 
        .igem_2017_menu_wrapper .menu_button .expand_collapse_icon {
 
            width: 10%;
 
            float: left;
 
        }
 
 
        .igem_2017_menu_wrapper .menu_button .expand_collapse_icon::before {
 
            content: "+";
 
        }
 
 
        /* styling for the menu buttons on hover */
 
        .igem_2017_menu_wrapper .menu_button:hover, .igem_2017_menu_wrapper .submenu_button:hover, .submenu_button.current_page:hover {
 
            background-color: #F8CE63;
 
            text-decoration: none;
 
            color: #190707;
 
        }
 
 
        /* styling for the menu button when it is the current page */
 
        .current_page {
 
            background-color: white !important;
 
            color: #F8CE63 !important;
 
        }
 
 
        /* styling for the submenu buttons */
 
        .igem_2017_menu_wrapper .submenu_button {
 
            width: 100%;
 
            padding: 10px 0px 10px 34px;
 
            float: left;
 
            background-color: white;
 
            border-bottom: 1px solid #F8CE63;
 
            font-size: 15px;
 
            color: #F8CE63;
 
            cursor: pointer;
 
        }
 
 
        /* wrapper for the submenu items, they are hidden by default*/
 
        .igem_2017_menu_wrapper .submenu_wrapper {
 
            display: none;
 
        }
 
 
        /* when the page size is bigger than 800px, this show/hide control is hidden by default */
 
        .igem_2017_menu_wrapper #display_menu_control {
 
            display: none;
 
            text-align: center;
 
        }
 
 
        /***************************************************** CONTENT OF THE PAGE ****************************************************/
 
 
        /* Wrapper for the content */
 
        .igem_2017_content_wrapper {
 
            width: 83%;
 
            margin: 0;
 
            display: block;
 
            float: left;
 
            background-color: white;
 
            font-family: Tahoma, Geneva, sans-serif;
 
        }
 
 
        /********************************* HTML STYLING  *********************************/
 
 
        /* styling for the titles h1 h2 */
 
        .igem_2017_content_wrapper h1, .igem_2017_content_wrapper h2 {
 
            color: #F8CE63;
 
            padding: 15px 0 25px 0;
 
            border-bottom: 0;
 
        }
 
 
        /* styling for the titles  h3 h4 h5 h6*/
 
        .igem_2017_content_wrapper h3, .igem_2017_content_wrapper h4, .igem_2017_content_wrapper h5, .igem_2017_content_wrapper h6 {
 
            padding: 5px 15px;
 
            border-bottom: 0;
 
        }
 
 
        /* font and text */
 
        .container p,
 
        #HQ_page p {
 
            line-height: 24px;
 
            font-size: 16px;
 
            color: #333;
 
        }
 
 
        .igem_2017_content_wrapper img {
 
            padding: 15px 0;
 
        }
 
 
        /* Links */
 
        .igem_2017_content_wrapper a {
 
            font-weight: bold;
 
            text-decoration: underline;
 
            text-decoration-color: #190707;
 
            color: #3399ff;
 
            -webkit-transition: all 0.4s ease;
 
            -moz-transition: all 0.4s ease;
 
            -ms-transition: all 0.4s ease;
 
            -o-transition: all 0.4s ease;
 
            transition: all 0.4s ease;
 
        }
 
 
        /* hover for the links */
 
        .igem_2017_content_wrapper a:hover {
 
            text-decoration: none;
 
            color: #000000;
 
        }
 
 
        /* non numbered lists */
 
        .igem_2017_content_wrapper ul {
 
            padding: 0px 20px;
 
            font-size: 15px;
 
            font-family: Tahoma, Geneva, sans-serif;
 
        }
 
 
        /* numbered lists */
 
        .igem_2017_content_wrapper ol {
 
            padding: 0px;
 
            font-size: 15px;
 
            font-family: Tahoma, Geneva, sans-serif;
 
        }
 
 
        /* Table */
 
        .igem_2017_content_wrapper table {
 
            width: 97%;
 
            margin: 15px 10px;
 
            border: 2px solid #190707;
 
            border-collapse: collapse;
 
        }
 
 
        /* table cells */
 
        .igem_2017_content_wrapper td {
 
            padding: 10px;
 
            vertical-align: text-top;
 
            border: 1px solid #190707;
 
            border-collapse: collapse;
 
        }
 
 
        /* table headers */
 
        .igem_2017_content_wrapper th {
 
            padding: 10px;
 
            vertical-align: text-top;
 
            border: 1px solid #190707;
 
            border-collapse: collapse;
 
 
        }
 
 
        /**********************************LAYOUT CLASSES **********************************/
 
 
        /* general class for column divs */
 
        .igem_2017_content_wrapper .column {
 
            padding: 10px 0px;
 
            float: left;
 
        }
 
 
        /* class for a full width column */
 
        .column .full_size {
 
            width: 100%;
 
        }
 
 
        /* styling for images in a full width column*/
 
        .column.full_size img {
 
            width: 97%;
 
            padding: 10px 15px;
 
        }
 
 
        /* class for a half width column */
 
        .column.half_size {
 
            width: 50%;
 
        }
 
 
        /* styling for images in a half width column*/
 
        .column.half_size img {
 
            width: 94.5%;
 
            padding: 10px 15px;
 
        }
 
 
        /********************************* SUPPORT CLASSES ********************************/
 
 
        /* class that clears content below*/
 
        .igem_2017_content_wrapper .clear {
 
            clear: both;
 
        }
 
 
        /* adds extra spacing when clearing content */
 
        .igem_2017_content_wrapper .clear.extra_space {
 
            height: 30px;
 
        }
 
 
        /* highlight class, makes content slightly smaller */
 
        .igem_2017_content_wrapper .highlight {
 
            margin: 0px 15px;
 
            padding: 15px 0px;
 
        }
 
 
        /* highlight class, adds a gray background */
 
        .igem_2017_content_wrapper .highlight.gray {
 
            background-color: #190707;
 
        }
 
 
        /* highlight with decoration blue line on top */
 
        .igem_2017_content_wrapper .highlight.blue_top {
 
            border-top: 4px solid #190707;
 
        }
 
 
        /* highlight with a full blue border decoration */
 
        .igem_2017_content_wrapper .highlight.blue_border {
 
            border: 4px solid #190707;
 
        }
 
 
        /* button class */
 
        .igem_2017_content_wrapper .button {
 
            max-width: 35%;
 
            margin: 30px auto;
 
            padding: 12px 10px;
 
            background-color: #190707;
 
            text-align: center;
 
            color: #F8CE63;
 
            -webkit-transition: all 0.4s ease;
 
            -moz-transition: all 0.4s ease;
 
            -ms-transition: all 0.4s ease;
 
            -o-transition: all 0.4s ease;
 
            transition: all 0.4s ease;
 
        }
 
 
        /* styling for button on hover */
 
        .igem_2017_content_wrapper .button:hover {
 
            background-color: #190707;
 
            color: #F8CE63;
 
        }
 
 
        /***************************************************** RESPONSIVE STYLING ****************************************************/
 
 
        *, *:before, *:after {
 
            -webkit-box-sizing: border-box;
 
            -moz-box-sizing: border-box;
 
            box-sizing: border-box;
 
        }
 
 
        body {
 
            overflow-x: hidden;
 
            margin-top: 80px;
 
            letter-spacing: 0.02em;
 
        }
 
 
        /* IF THE SCREEN IS LESS THAN 1200PX */
 
        @media only screen and (max-width: 1024px) {
 
 
            #content {
 
                width: 100%;
 
            }
 
 
            .igem_2017_content_wrapper {
 
                width: 100%;
 
            }
 
 
            .igem_2017_menu_wrapper {
 
                width: 100%;
 
                height: 15%;
 
                position: relative;
 
                left: 0;
 
            }
 
 
            .highlight {
 
                padding: 10px 0px;
 
            }
 
 
            .igem_2017_menu_wrapper #display_menu_control {
 
                display: none;
 
            }
 
 
            #menu_content {
 
                display: block;
 
            }
 
 
            .menu_button.direct_to_page {
 
                padding-left: 17px;
 
            }
 
        }
 
 
        /* IF THE SCREEN IS LESS THAN 800PX */
 
        @media only screen and (max-width: 800px) {
 
 
            .igem_2017_content_wrapper {
 
                width: 100%;
 
                margin-left: 0;
 
            }
 
 
            .column.half_size {
 
                width: 100%;
 
            }
 
 
            .column.full_size img, .column.half_size img {
 
                width: 100%;
 
                padding: 10px 0;
 
            }
 
 
            .highlight {
 
                padding: 15px 5px;
 
            }
 
 
            .igem_2017_menu_wrapper #display_menu_control {
 
                display: block;
 
            }
 
 
            #menu_content {
 
                display: none;
 
            }
 
 
            .igem_2017_menu_wrapper .menu_button .expand_collapse_icon {
 
                width: 5%;
 
            }
 
 
            .menu_bottom_padding {
 
                display: none;
 
            }
 
 
            .menu_button.direct_to_page {
 
                padding-left: 36px;
 
            }
 
        }
 
 
       
 
        }
 
 
        /* CUSTOM BS NAVBAR STYLES */
 
        .navbar {
 
            border: 0;
 
        }
 
 
        .navbar-default {
 
            margin-top: 15px;
 
            background-color: #333;
 
        }
 
 
        .navbar-brand {
 
            padding: 0;
 
            padding-left: 25px;
 
            padding-right: 25px;
 
        }
 
 
        .navbar-brand img {
 
            height: 49px;
 
        }
 
 
        .navbar-default .navbar-nav > li > a {
 
            color: white;
 
        }
 
 
        .navbar-default .navbar-nav > li > a:focus,
 
        .navbar-default .navbar-nav > li > a:hover,
 
        .navbar-default .navbar-nav > .dropdown > a .caret:hover {
 
            color: #F8CE63;
 
        }
 
 
        .navbar-default .navbar-nav > .open > a,
 
        .navbar-default .navbar-nav > .open > a:hover,
 
        .navbar-default .navbar-nav > .open > a:focus {
 
            color: #F8CE63;
 
            background-color: #444;
 
        }
 
 
        .navbar-default .navbar-nav > .dropdown > a .caret {
 
            border-top-color: #eee;
 
            border-bottom-color: #eee;
 
        }
 
 
        .dropdown-menu {
 
            border: 0;
 
        }
 
        .dropdown-menu > li > a {
 
            color: white;
 
        }
 
 
        .dropdown-menu > li > a:hover,
 
        .dropdown-menu > li > a:focus {
 
            color: #111;
 
            text-decoration: none;
 
            background-color: #F8CE63;
 
        }
 
 
        .navbar-default .navbar-nav > .dropdown > a:hover .caret,
 
        .navbar-default .navbar-nav > .dropdown > a:focus .caret {
 
            border-top-color: white;
 
            border-bottom-color: white;
 
        }
 
 
        @media (max-width: 767px) {
 
            .navbar-default .navbar-nav .open .dropdown-menu>li>a {
 
                color: #ddd;
 
            }
 
            .navbar-default .navbar-nav .open .dropdown-menu>li>a:focus,
 
            .navbar-default .navbar-nav .open .dropdown-menu>li>a:hover {
 
                color: #F8CE63;
 
            }
 
        }
 
 
        .navbar-nav>li>.dropdown-menu {
 
            background-color: #444;
 
        }
 
 
        .section {
 
            margin: 25px 0;
 
        }
 
 
    </style>
 
    <script src="https://code.jquery.com/jquery-1.10.2.min.js"></script>
 
    <script src="https://netdna.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.0.0/js/bootstrap.min.js"></script>
 
 
    <script>
 
        $(document).ready(function(){
 
            $("#mw-content-text").removeClass("mw-content-ltr");
 
        });
 
    </script>
 
 
 
    <!-- This tells the browser that your page is responsive -->
 
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
 
 
</head>
 
<body>
 
 
<!--MENU-->
 
<nav class="navbar navbar-default navbar-fixed-top">
 
    <div class="container-fluid">
 
        <!-- Brand and toggle get grouped for better mobile display -->
 
        <div class="navbar-header">
 
            <button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse"
 
                    data-target="#bs-example-navbar-collapse-1" aria-expanded="false">
 
                <span class="sr-only">Toggle navigation</span>
 
                <span class="icon-bar"></span>
 
                <span class="icon-bar"></span>
 
                <span class="icon-bar"></span>
 
            </button>
 
            <a class="navbar-brand" href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart">
 
                <img alt="Team:Stuttgart"
 
                    src="https://static.igem.org/mediawiki/2017/1/18/UNISTUTTGARTLOGO.png">
 
            </a>
 
        </div>
 
 
        <!-- Collect the nav links, forms, and other content for toggling -->
 
        <div class="collapse navbar-collapse" id="bs-example-navbar-collapse-1">
 
            <ul class="nav navbar-nav">
 
                <li>
 
                    <a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart">Home</a>
 
                </li>
 
                <li class="dropdown">
 
                    <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-haspopup="true"
 
                      aria-expanded="false">Team <span class="caret"></span></a>
 
                    <ul class="dropdown-menu">
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Team">Team</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Attributions">Attributions</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Sponsoring">Sponoring</a></li>
 
                        <!--<li role="separator" class="divider"></li>-->
 
                    </ul>
 
                </li>
 
                <li class="dropdown">
 
                    <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-haspopup="true"
 
                      aria-expanded="false">Project <span class="caret"></span></a>
 
                    <ul class="dropdown-menu">
 
                        <!--<li class="navbar-text navbar-left">Dry Lab</li>-->
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Description">Description</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Background-Information">Background
 
                            Information</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Protocols">Protocols & Experiments</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Notebook">Notebook</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/InterLab">Interlab Study</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Model">Modelling</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Results">Results</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Parts">Parts</a></li>
 
                        <!--<li role="separator" class="divider"></li>-->
 
                    </ul>
 
                </li>
 
                <li>
 
                    <a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Safety">Safety</a>
 
                </li>
 
                <li class="dropdown">
 
                    <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-haspopup="true"
 
                      aria-expanded="false">Human Practices <span class="caret"></span></a>
 
                    <ul class="dropdown-menu">
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Engagement">Public Engagement</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/HP/Gold_Integrated">Integrated and Gold</a>
 
                        </li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/HP/Silver">Silver HP</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Collaborations">Collaborations</a></li>
 
                    </ul>
 
                </li>
 
                <li class="dropdown">
 
                    <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-haspopup="true"
 
                      aria-expanded="false">Awards <span class="caret"></span></a>
 
                    <ul class="dropdown-menu">
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Applied_Design">Applied Design</a></li>
 
                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Stuttgart/Measurement">Measurement</a></li>
 
                    </ul>
 
                </li>
 
                <li>
 
                    <a href="https://igem.org/2017_Judging_Form?team=Stuttgart">Judging Form</a>
 
                </li>
 
            </ul>
 
        </div><!-- /.navbar-collapse -->
 
    </div><!-- /.container-fluid -->
 
</nav>
 
  
 
<!-- start of content -->
 
<!-- start of content -->
Line 732: Line 142:
  
  
</body>
+
 
 
</html>
 
</html>

Revision as of 19:21, 29 October 2017

Interlab Study

Introduction


Reproducibility of an experiment and reliable measurement results are important parts of synthetic biology but it is very complicated to find a significant number of laboratories that are able to work on a identical protocol to produce comparable results. Being in many places in the world iGEM seems to be the perfect platform to compare results of one experiment in many different laboratories. iGEM Stuttgart also took part at the fourth InterLab Measurement Study in 2017. The aim of this years study was to measure GFP fluorescence of 6 different test devices (+negative and positive control). The following eight constructs on the right side (iGEM-kit plate 7) were transformed into chemo-competent DH5α E.coli cells. First step of the experiment is the calibration of the available plate reader with LUDOX SH40 and the generation of a standard curve with fluorescein (both provided in the iGEM-Measurement Kit). The next step is the transformation of the mentioned plasmids into DH5alpha E.coli cells followed by the procedure explained in the picture below. Results of the measurements of OD600 and fluorescence after 0, 2, 4 and 6 hours will be compared and used to establish a precise GFP measurement protocol. We used a BioTek Synergy 2 plate reader and clear 96-well plates for both measurements. You can find the protocol, the detailed description of the experiment and information about the InterLab Study itself here.




Positive Control (BBa_120270)
Negative Control (BBa_R0040)
Test Device 1 (BBa_J364000)
Test Device 2 (BBa_J364001)
Test Device 3 (BBa_J364002)
Test Device 4 (BBa_J364003)
Test Device 5 (BBa_J364004)
Test Device 6 (BBa_J364005)


Results and Discussion



LUDOX-OD600 Measurement (calibration)


HIER TEXT REINKOPIEREN







LUDOX-HS40H2O
Replicate 10,040,026
Replicate 20,0410,027
Replicate 30,0430,026
Replicate 40,040,028
Arith. Mean 0,041
Corrected Abs6000,0143
Reference OD6000,043
OD600/Abs6002,98

Fluorescein-Fluorescence-Measurement (standard curve)


Measurement of different fluorescein concentrations. excitation wavelength: 485nm; emission wavelength: 528nm






Transformation


We had at least two colonies of every test device except for test device 1 (transformation not successful). All of the following measurements are without test device 1. Agar-plates with colonies after transformation.





Cell Measurement


OD600-measurement - growth of E.coli cells





Fluorescence Measurement of E.coli cells


Excitation wavelength: 485nm; emission wavelength: 528nm